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- PDB-8ab3: Crystal Structure of the Lactate Dehydrogenase of Cyanobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ab3
タイトルCrystal Structure of the Lactate Dehydrogenase of Cyanobacterium Aponinum in complex with oxamate, NADH and FBP.
要素L-lactate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / allostery / lactate dehydrogenase / crystallophore / XO4
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / glycolytic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / OXAMIC ACID / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanobacterium aponinum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.616 Å
データ登録者Robin, A.Y. / Girard, E. / Madern, D.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Other governmentprogram CrysFrag R&D booster region AuRA フランス
Other governmentProgram XO4_2.0 Pack ambition recherche region AuRA フランス
引用ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2023
タイトル: Deciphering Evolutionary Trajectories of Lactate Dehydrogenases Provides New Insights into Allostery.
著者: Robin, A.Y. / Brochier-Armanet, C. / Bertrand, Q. / Barette, C. / Girard, E. / Madern, D.
履歴
登録2022年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase
B: L-lactate dehydrogenase
C: L-lactate dehydrogenase
D: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,84114
ポリマ－148,1434
非ポリマー3,69810
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-malls performed before addition of 3 ligands for co-crystallization experiment., light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29110 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area42480 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.369, 111.504, 101.793
Angle α, β, γ (deg.)90, 99.78, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase / L-LDH


分子量: 37035.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The four chains of this entry are identical and correspond to the the entered sequence. The sequence is the one of C.aponinum LDH with a fixed 6 histidine tag in Cterminus. For chains A and ...詳細: The four chains of this entry are identical and correspond to the the entered sequence. The sequence is the one of C.aponinum LDH with a fixed 6 histidine tag in Cterminus. For chains A and C, there is no electronic density for the last residue and the histag.
由来: (組換発現) Cyanobacterium aponinum (バクテリア)
株: PCC 10605 / 遺伝子: ldh, Cyan10605_1816 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9Z684, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18.5 % peg 3350 0.24 M sodium malonate dibasic monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.616→100.314 Å / Num. obs: 46537 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.31 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.983 / CC1/2 anomalous: -0.127 / Rmerge(I) obs: 0.1946 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.222 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.745 / Net I/σ(I): 5.62 / Num. measured all: 200506 / % possible anomalous: 95.8 / Redundancy anomalous: 2.23
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalousRedundancy anomalous% possible all
7.1-100.3144.030.080911.2993689368232423240.991-0.3710.04460.09290.584942.1396.1
5.636-7.14.050.12078.6495309530235523550.981-0.1080.06750.1390.69295.32.1299.5
4.923-5.6363.880.12588.0290449044233323330.983-0.0950.07150.14530.72593.22.0498.9
4.473-4.9234.010.12478.993399339233123310.98-0.160.07010.14370.7496.52.0699.1
4.153-4.4734.110.12358.9794729472230723070.98-0.0860.06860.14190.7596.82.1199.2
3.908-4.1534.180.13598.3496669666231423140.981-0.0990.07490.15580.78996.42.1598.9
3.712-3.9084.230.1477897919791231623160.98-0.1750.08060.16880.75595.72.1898.9
3.55-3.7124.310.18416.941005510055233423340.972-0.070.09980.21020.79896.32.2299.2
3.414-3.554.290.20736.1999969996232823280.966-0.0680.11140.23610.76695.52.2399.4
3.296-3.4144.320.24255.531008110081233423340.962-0.0730.13020.27610.79395.32.2499.5
3.193-3.2964.350.27484.81005210052230923090.952-0.0950.14610.31230.76194.32.2799.3
3.102-3.1934.390.32054.311023210232233123310.943-0.0650.16940.36380.77194.62.2999.8
3.02-3.1024.430.37943.761031110311233023300.916-0.0790.20010.43050.77295.62.399.7
2.946-3.024.480.41643.491028010280229722970.883-0.0770.21880.47190.76395.92.3299.7
2.879-2.9464.480.43613.281059410594236523650.909-0.0790.22830.49390.73895.92.3299.7
2.818-2.8794.510.48582.91037510375229922990.892-0.0220.25370.54980.74996.72.3299.7
2.762-2.8184.510.55892.621048810488232723270.846-0.0880.29270.6330.75396.22.3399.8
2.71-2.7624.570.63552.361065710657233123310.794-0.0480.330.71820.73996.52.3599.7
2.661-2.714.510.67692.181050010500233023300.749-0.0670.35290.76580.72396.52.3399.9
2.616-2.6614.560.75441.991067510675234223420.726-0.030.39140.85250.731982.33100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5 20220608data processing
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
TRUNCATE7.1.011data processing
BUSTER2.10.4 (8-JUN-2022)精密化
BUSTER2.10.4 (8-JUN-2022)精密化
PHENIX1.19.2-4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ojn

4ojn


解像度: 2.616→100.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU R Cruickshank DPI: 0.803 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.832 / SU Rfree Blow DPI: 0.286 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.29
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 2317 -RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.1884 46528 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.5699 Å20 Å20.3017 Å2
2---8.3056 Å20 Å2
3----7.2643 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.616→100.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9900 0 240 491 10631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00710326HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9314070HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3636SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1788HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10326HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1492SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8145SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.55
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.63 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3712 51 -
Rwork0.2444 --
obs0.2514 931 100 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04690.0071-0.23660.19620.06660.3663-0.018-0.0081-0.0032-0.00810.0348-0.0386-0.0032-0.0386-0.0169-0.04860.0069-0.0214-0.11350.05530.0963-44.9073-3.5494-16.5158
20.74570.1155-0.02060.2515-0.05680.46780.0051-0.0167-0.0107-0.01670.01260.0981-0.01070.0981-0.0177-0.05080.01020.0101-0.0796-0.0740.0833-15.756615.5827-7.0299
30.9576-0.1132-0.06270.1079-0.30850.44250.03690.0007-0.01160.0007-0.01090.0509-0.01160.0509-0.026-0.02640.0035-0.0278-0.1157-0.05190.0742-11.07991.8561-36.5737
40.87930.1006-0.00990.1538-0.08190.6198-0.01040.0381-0.08270.03810.0529-0.0588-0.0827-0.0588-0.0425-0.0390.0164-0.0113-0.14450.06030.1344-40.891322.5891-36.4415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 332
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A401
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B3 - 330
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B401
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C3 - 332
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C401
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D4 - 331
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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