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- PDB-8ab2: Crystal Structure of the Lactate Dehydrogenase of Cyanobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ab2
タイトルCrystal Structure of the Lactate Dehydrogenase of Cyanobacterium Aponinum in its apo form.
要素L-lactate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / allostery / lactate dehydrogenase / crystallophore / XO4
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / glycolytic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tb-Xo4 / TERBIUM(III) ION / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanobacterium aponinum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Robin, A.Y. / Girard, E. / Madern, D.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Other governmentprogram CrysFrag R&D booster region AuRA フランス
Other governmentProgram XO4_2.0 Pack ambition recherche region AuRA フランス
引用ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2023
タイトル: Deciphering Evolutionary Trajectories of Lactate Dehydrogenases Provides New Insights into Allostery.
著者: Robin, A.Y. / Brochier-Armanet, C. / Bertrand, Q. / Barette, C. / Girard, E. / Madern, D.
履歴
登録2022年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1316
ポリマ－37,0361
非ポリマー1,0955
水3,405189
1
A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,52424
ポリマ－148,1434
非ポリマー4,38120
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area21260 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area51870 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)103.797, 103.797, 197.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 L-lactate dehydrogenase / L-LDH


分子量: 37035.699 Da / 分子数: 1 / 変異: Cter 6 histidine tag / 由来タイプ: 組換発現
詳細: numbering in coordinates files start at 3 for the first residue (to match canonical numbering). two last residues and histag not defined in electronic density.
由来: (組換発現) Cyanobacterium aponinum (バクテリア)
株: PCC 10605 / 遺伝子: ldh, Cyan10605_1816 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9Z684, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-7MT / Tb-Xo4


分子量: 556.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N5O4Tb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 % / 解説: bipyramid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 21 % Peg MME 550, 0.1 M NaCl, 0.1 M bicine pH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.19 Å / Num. obs: 31611 / % possible obs: 98.98 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 40.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.026 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 19.35
反射 シェル解像度: 2.1→2.176 Å / Num. unique obs: 2966 / CC1/2: 0.913 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CRANK2位相決定
MxCuBEデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→37.96 Å / SU ML: 0.2618 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.8123
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 1580 5 %
Rwork0.183 30014 -
obs0.185 31594 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 37 189 2704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00182593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45193526
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0437422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8209955
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.170.36871340.28362544X-RAY DIFFRACTION93.93
2.17-2.250.30941410.23942690X-RAY DIFFRACTION98.85
2.25-2.340.28791410.24042656X-RAY DIFFRACTION98.24
2.34-2.440.2821420.21942690X-RAY DIFFRACTION99.44
2.44-2.570.26611420.20972723X-RAY DIFFRACTION99.48
2.57-2.730.27031440.21312731X-RAY DIFFRACTION99.76
2.73-2.940.26271440.22822739X-RAY DIFFRACTION99.76
2.94-3.240.25061450.20872736X-RAY DIFFRACTION99.86
3.24-3.710.23521450.18712764X-RAY DIFFRACTION99.97
3.71-4.670.19451480.1412804X-RAY DIFFRACTION100
4.67-37.960.15661540.14792937X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05644622043040.1798149702980.04711017310040.121790569965-0.1177298616280.05154354116150.03552006100470.035296855542-0.0926991221570.0006983881389590.0659905315771-0.1326465745620.2130596585140.03710752699150.008290641324990.325879490070.080283147794-0.01884894564360.3629012506860.04301152759870.35185071781668.560952054-9.675228832763.6600867047
20.152846664527-0.2405696155470.008994361390450.0793593310040.0760086664390.4285228306680.0433724487341-0.08139674836480.04413751158250.05637438305360.07122999349880.0299073871078-0.06035620929740.3267108595350.001008135927030.234363372507-0.009269089490920.002466569423770.397591044876-0.03562054732120.31188196224678.62264626735.6833238725444.4631500148
3-0.04710374216790.03845811421530.3335107923720.2806927499530.008434802639160.47031807291-0.02236821889180.04522094108550.0121554108113-0.1393764792670.078354338362-0.01715877751-0.07914835702770.2061231176283.59121980703E-60.320320110407-0.0121673911580.02218261666290.313119671653-0.00459806747320.29367249140564.76891977767.7113258500225.1949602254
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 31 )3 - 311 - 29
22chain 'A' and (resid 32 through 153 )32 - 15330 - 151
33chain 'A' and (resid 154 through 330 )154 - 330152 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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