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- PDB-8aaa: Crystal structure of SARS-CoV-2 S RBD in complex with a stapled p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aaa
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 S RBD in complex with a stapled peptide
要素
  • Spike protein S1
  • Stapled peptide
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / sRBD / Stapled peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-29N / スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Brear, P. / Chen, L. / Gaynor, K. / Harman, M. / Dods, R. / Hyvonen, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Multivalent bicyclic peptides are an effective antiviral modality that can potently inhibit SARS-CoV-2.
著者: Gaynor, K.U. / Vaysburd, M. / Harman, M.A.J. / Albecka, A. / Jeffrey, P. / Beswick, P. / Papa, G. / Chen, L. / Mallery, D. / McGuinness, B. / Van Rietschoten, K. / Stanway, S. / Brear, P. / ...著者: Gaynor, K.U. / Vaysburd, M. / Harman, M.A.J. / Albecka, A. / Jeffrey, P. / Beswick, P. / Papa, G. / Chen, L. / Mallery, D. / McGuinness, B. / Van Rietschoten, K. / Stanway, S. / Brear, P. / Lulla, A. / Ciazynska, K. / Chang, V.T. / Sharp, J. / Neary, M. / Box, H. / Herriott, J. / Kijak, E. / Tatham, L. / Bentley, E.G. / Sharma, P. / Kirby, A. / Han, X. / Stewart, J.P. / Owen, A. / Briggs, J.A.G. / Hyvonen, M. / Skynner, M.J. / James, L.C.
履歴
登録2022年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Stapled peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0923
ポリマ－23,8372
非ポリマー2551
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.2, 112.2, 35.534
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-642-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 22074.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: タンパク質・ペプチド Stapled peptide /


分子量: 1762.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-29N / 1,1',1''-(1,3,5-triazinane-1,3,5-triyl)tripropan-1-one / 1,1',1''-(1,3,5-triazinane-1,3,5-triyl)triprop-2-en-1-one, bound form / 1,3,5-トリプロパノイルヘキサヒドロ-s-トリアジン


分子量: 255.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% PEGSM, 2% Glycerol, 0.01M CoCl2, 0.2M MgCl2, 0.1M Bis TRIS
PH範囲: 8 / Temp details: l

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.848→97.168 Å / Num. obs: 13749 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 19.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.247 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.254 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 266723
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.848-2.06815.51.693106446860.8630.4421.7511.965.2
6.039-97.168180.093123516850.9980.0220.09623.7100
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CJF

7cjf


解像度: 1.9→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.145
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 924 -RANDOM
Rwork0.2267 ---
obs0.2272 18189 88.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6688 Å20 Å20 Å2
2--0.6688 Å20 Å2
3----1.3377 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1667 0 0 104 1771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081733HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.932358HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d568SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes297HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1733HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion213SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1576SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.76
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.94 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.9356 4 -
Rwork0.8111 --
obs0.8137 396 29.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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