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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a9r | ||||||
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タイトル | Tetragonal Hen Egg-White (HEW) Lysozyme soaked in reduced resazurin in a glovebox and flash-cooled using a miniature-airlock | ||||||
要素 | Lysozymeリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / anaerobic crystallisation / glove box / methodology | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | van der Linden, P. / Engilberge, S. / Atta, M. / Carpentier, P. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2022 タイトル: A miniature airlock system to aid the cryo-cooling of protein crystals grown under anoxic conditions 著者: Engilberge, S. / Atta, M. / Carpentier, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a9r.cif.gz | 43 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a9r.ent.gz | 28.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a9r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2xbrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6, 1M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 15200 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 2299 / CC1/2: 0.597 / Rrim(I) all: 1.27 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2XBR 解像度: 1.6→33 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 74.91 Å2 / Biso mean: 28.8354 Å2 / Biso min: 17.13 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→33 Å
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