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- PDB-8a9m: Hippeastrum hybrid agglutinin, HHA, complex with beta-mannose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a9m
タイトルHippeastrum hybrid agglutinin, HHA, complex with beta-mannose
要素Agglutinin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Agglutinin / mannose / lectin / hippeastrum hybrid
機能・相同性Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / response to other organism / beta-D-mannopyranose / PHOSPHATE ION / Agglutinin
機能・相同性情報
生物種Hippeastrum hybrid cultivar (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rizkallah, P.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 1996
タイトル: X-ray structure solution of amaryllis lectin by molecular replacement with only 4% of the total diffracting matter.
著者: Chantalat, L. / Wood, S.D. / Rizkallah, P. / Reynolds, C.D.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin
B: Agglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4719
ポリマ－23,6362
非ポリマー8357
水82946
1
A: Agglutinin
ヘテロ分子

A: Agglutinin
ヘテロ分子

B: Agglutinin
ヘテロ分子

B: Agglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,94218
ポリマ－47,2724
非ポリマー1,67014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area12070 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.370, 100.318, 62.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 137.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 107 / Label seq-ID: 1 - 108

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Agglutinin


分子量: 11818.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hippeastrum hybrid cultivar (植物) / 参照: UniProt: Q7Y041
#2: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50mM PBS, 2M Ammonium sulphate / PH範囲: 5.0 - 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.8975 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→23.82 Å / Num. obs: 15296 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.274.70.389632913350.8960.1910.4363.899.5
9.07-23.814.20.0988482040.9260.0590.11613.889.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.98 Å23.81 Å
Translation2.98 Å23.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MSA

1msa


解像度: 2.2→23.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 10.791 / SU ML: 0.128 / SU R Cruickshank DPI: 0.1866 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2191 765 5 %RANDOM
Rwork0.1665 ---
obs0.1691 14531 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.2 Å2 / Biso mean: 39.862 Å2 / Biso min: 27.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å21.3 Å2
2---5.34 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→23.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1658 0 49 46 1753
Biso mean--48.8 47.12 -
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0131802
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.6522470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2181.5973658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6015226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67424.04394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.38615270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.191158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02436
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3288 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 53 -
Rwork0.222 1070 -
obs--99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5305-0.6243-0.3121.64650.06941.1570.0695-0.3123-0.07620.1455-0.11350.13420.0609-0.00310.04390.0243-0.02870.02130.0513-0.01780.036526.316437.83535.7948
23.5036-0.64530.60231.7585-0.15071.09990.0049-0.27510.12240.1857-0.1033-0.1218-0.0583-0.00320.09840.0247-0.0189-0.00990.0410.0170.077910.309715.82365.8998
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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