PDB-8a9d: Multicrystal room temperature structure of Lysozyme collected usi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a9d

タイトル

Multicrystal room temperature structure of Lysozyme collected using a double multilayer monochromator.

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / Lysozyme / Multi-crystal / DMM / Multilayer mmonochromator

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Sandy, J. / Cheruvara, H. / Mikolajek, H. / Sanchez-Weatherby, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2023
タイトル: Protein-to-structure pipeline for ambient-temperature in situ crystallography at VMXi.
著者: Mikolajek, H. / Sanchez-Weatherby, J. / Sandy, J. / Gildea, R.J. / Campeotto, I. / Cheruvara, H. / Clarke, J.D. / Foster, T. / Fujii, S. / Paulsen, I.T. / Shah, B.S. / Hough, M.A.

履歴

登録	2022年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年5月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2023年7月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a9d.cif.gz	48.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a9d.ent.gz	26.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a9d_validation.pdf.gz	546.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a9d_full_validation.pdf.gz	546.4 KB	表示
XML形式データ	8a9d_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	8a9d_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zckC 8ar6C 8ar9C 8brkC 8brlC 8cifC 2lyzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.6772044 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.485, 78.485, 38.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-338- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 21

-
試料調製

結晶

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	2	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	3	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	4	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	5	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	6	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	7	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	8	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	9	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	10	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	11	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	12	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	13	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	14	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	15	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	16	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	17	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	18	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	19	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	20	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.
293	21	脂質キュービック相法	4.5	1M NaCl, 0.1 Na Acetate pH 4.5, 30% (v/v) PEG 400.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: VMXi / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月9日
放射	モノクロメーター: Double multilayer monochromator (DMM) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→78.49 Å / Num. obs: 7390 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.63 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.524 / R_pim(I) all: 0.137 / R_rim(I) all: 0.543 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 15.99 % / R_merge(I) obs: 3.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 371 / CC_1/2: 0.299 / R_pim(I) all: 0.834 / R_rim(I) all: 3.369 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
PHENIX	1.20_4459	精密化
xia2.multiplex		データ削減
xia2.multiplex		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2LYZ

2lyz

解像度: 2.1→55.5 Å / SU ML: 0.262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9021
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	735	10 %
R_work	0.1935	6614	-
obs	0.199	7349	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→55.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	977	0	1	72	1050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	1003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3612	1361
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0372	145
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	178
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.3548	142

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.26	0.3348	142	0.2796	1279	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.26-2.49	0.306	144	0.2498	1295	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.49-2.85	0.2678	145	0.2312	1298	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.85-3.59	0.2534	147	0.1835	1326	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.59-55.5	0.2052	157	0.1539	1416	X-RAY DIFFRACTION	99.94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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