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- PDB-8a98: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : snoRNA MUTANT -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8a98
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : snoRNA MUTANT
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 15
  • (60S ribosomal protein ...) x 10
  • (Putative 40S ribosomal protein ...) x 15
  • (Putative 60S ...) x 21
  • (Putative ribosomal protein ...) x 7
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • 5.8S_rRNA_chain_7
  • 5S_rRNA_chain_8
  • E-site_tRNA_chain_S4
  • LSUa_rRNA_chain_1
  • LSUb_rRNA_chain_2
  • Putative RNA binding protein
  • SR1_chain_3
  • SR2_chain_4
  • SR4_chain_5
  • SR6_chain_6
  • SSU_rRNA_chain_S1
  • Small ribosomal subunit protein RACK1
  • eL13_chain_I
キーワードRIBOSOME / CRYO-EM / LEISHMANIA MAJOR / 80S RIBOSOME snoRNA MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary transition zone / ciliary plasm / nuclear lumen / negative regulation of translational frameshifting / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome ...ciliary transition zone / ciliary plasm / nuclear lumen / negative regulation of translational frameshifting / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / kinase activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14, KOW motif / : / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e ...Ribosomal protein L14, KOW motif / : / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein S19e / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L39e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / : / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / : / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S7 / Putative ribosomal protein L1a / Putative 60S ribosomal protein L13 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S7 / Putative ribosomal protein L1a / Putative 60S ribosomal protein L13 / 40S ribosomal protein S19-like protein / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L30 / Putative 60S ribosomal protein L5 / Putative 60S ribosomal subunit protein L31 / Putative 60S ribosomal protein L27A/L29 / Putative 60S ribosomal protein L23 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Putative 60S ribosomal protein L2 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Putative 40S ribosomal protein S27-1 / 60S ribosomal protein L29 / 40S ribosomal protein S24 / Putative ribosomal protein L24 / Putative 40S ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein L3 / Putative 60S ribosomal protein L44 / Putative 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S3 / Putative 60S ribosomal protein L6 / Putative ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L18a / Putative RNA binding protein / Ribosomal protein L15 / 40S ribosomal protein S30 / Activated protein kinase c receptor / Putative 40S ribosomal protein S17 / Putative ribosomal protein S29 / Putative ribosomal protein S20 / 40S ribosomal protein S14 / 40S ribosomal protein S26 / Putative 60S ribosomal protein L35 / Putative ribosomal protein L38 / Putative 40S ribosomal protein S33 / Ribosomal protein S16 / Putative 60S ribosomal protein L7 / 40S ribosomal protein S25 / Putative 60S ribosomal protein L26 / Putative 60S ribosomal protein L17 / Putative 40S ribosomal protein L14 / Putative 40S ribosomal protein S15 / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L32 / Putative 40S ribosomal protein S23 / Putative 60S ribosomal protein L9 / Putative 60S Ribosomal protein L36 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Putative 60S ribosomal protein L34 / Putative 60S ribosomal protein L39 / Putative 60S ribosomal protein L21 / Putative 60S ribosomal protein L13a / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S12 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Putative 40S ribosomal protein S15A / Putative 60S ribosomal protein L28 / Putative 40S ribosomal protein S21 / Putative ribosomal protein l35a / Putative 40S ribosomal protein S9 / 60S ribosomal protein L7a / Putative 60S ribosomal protein L23a / Putative 60S ribosomal protein L19 / 40S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein eS6
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Rajan, K.S. / Yonath, A. / Bashan, A.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation イスラエル
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic insights into the function of Leishmania ribosome lacking a single pseudouridine modification.
著者: K Shanmugha Rajan / Saurav Aryal / Disha-Gajanan Hiregange / Anat Bashan / Hava Madmoni / Mika Olami / Tirza Doniger / Smadar Cohen-Chalamish / Pascal Pescher / Masato Taoka / Yuko Nobe / ...著者: K Shanmugha Rajan / Saurav Aryal / Disha-Gajanan Hiregange / Anat Bashan / Hava Madmoni / Mika Olami / Tirza Doniger / Smadar Cohen-Chalamish / Pascal Pescher / Masato Taoka / Yuko Nobe / Aliza Fedorenko / Tanaya Bose / Ella Zimermann / Eric Prina / Noa Aharon-Hefetz / Yitzhak Pilpel / Toshiaki Isobe / Ron Unger / Gerald F Späth / Ada Yonath / Shulamit Michaeli /
要旨: Leishmania is the causative agent of cutaneous and visceral diseases affecting millions of individuals worldwide. Pseudouridine (Ψ), the most abundant modification on rRNA, changes during the ...Leishmania is the causative agent of cutaneous and visceral diseases affecting millions of individuals worldwide. Pseudouridine (Ψ), the most abundant modification on rRNA, changes during the parasite life cycle. Alterations in the level of a specific Ψ in helix 69 (H69) affected ribosome function. To decipher the molecular mechanism of this phenotype, we determine the structure of ribosomes lacking the single Ψ and its parental strain at ∼2.4-3 Å resolution using cryo-EM. Our findings demonstrate the significance of a single Ψ on H69 to its structure and the importance for its interactions with helix 44 and specific tRNAs. Our study suggests that rRNA modification affects translation of mRNAs carrying codon bias due to selective accommodation of tRNAs by the ribosome. Based on the high-resolution structures, we propose a mechanism explaining how the ribosome selects specific tRNAs.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
SW: Putative 40S ribosomal protein S15
SZ: 40S ribosomal protein S24
SY: Putative 40S ribosomal protein S21
SX: 40S ribosomal protein S19-like protein
SV: Putative 40S ribosomal protein S17
SU: Putative 40S ribosomal protein S11
ST: Putative 40S ribosomal protein S13
SS: Putative ribosomal protein S29
SR: Putative 40S ribosomal protein S18
SB: 40S ribosomal protein SA
SC: Putative 40S ribosomal protein S3
SD: Putative 40S ribosomal protein S9
SE: 40S ribosomal protein S4
SK: 40S ribosomal protein S8
S4: E-site_tRNA_chain_S4
Sg: Small ribosomal subunit protein RACK1
Sa: 40S ribosomal protein S25
Sc: Putative 40S ribosomal protein S27-1
Se: 40S ribosomal protein S30
S1: SSU_rRNA_chain_S1
SQ: 40S ribosomal protein S12
SP: Putative 40S ribosomal protein S23
SO: 40S ribosomal protein S14
SN: Putative 40S ribosomal protein S10
Sd: Putative 40S ribosomal protein S33
SM: Putative ribosomal protein S20
SL: Putative 40S ribosomal protein S16
SJ: Putative 40S ribosomal protein S15A
SI: 40S ribosomal protein S7
SH: 40S ribosomal protein S5
SG: 40S ribosomal protein S6
SF: 40S ribosomal protein S2
SA: 40S ribosomal protein S3a
Sb: 40S ribosomal protein S26
Sh: Putative RNA binding protein
f: 60S ribosomal protein L32
d: 60S ribosomal protein L30
c: Putative 60S ribosomal protein L7
a: Putative 60S ribosomal protein L35
b: 60S ribosomal protein L29
1: LSUa_rRNA_chain_1
2: LSUb_rRNA_chain_2
4: SR2_chain_4
7: 5.8S_rRNA_chain_7
B: Putative ribosomal protein L3
8: 5S_rRNA_chain_8
5: SR4_chain_5
A: Putative 60S ribosomal protein L2
O: Putative 60S ribosomal protein L5
G: 60S ribosomal protein L7a
H: Putative 60S ribosomal protein L13a
M: Ribosomal protein L15
I: eL13_chain_I
P: 60S ribosomal protein L18
Q: Putative 60S ribosomal protein L19
R: 60S ribosomal protein L18a
E: Putative 60S ribosomal protein L9
6: SR6_chain_6
T: Putative 60S ribosomal protein L17
S: Putative 60S ribosomal protein L21
K: Putative 40S ribosomal protein L14
D: 60S ribosomal protein L11
L: Putative 60S ribosomal protein L27A/L29
Y: 60S ribosomal protein L27
Z: Putative 60S ribosomal protein L28
F: Putative 60S ribosomal protein L6
h: Putative 60S ribosomal protein L34
g: Putative ribosomal protein l35a
J: Putative 60S ribosomal protein L23
V: Putative 60S ribosomal protein L23a
W: Putative 60S ribosomal protein L26
U: Putative 60S ribosomal protein L22
i: Putative 60S Ribosomal protein L36
p: Putative 60S ribosomal protein L44
o: 60S ribosomal protein L37a
X: Putative ribosomal protein L24
k: Putative ribosomal protein L38
l: Putative 60S ribosomal protein L39
n: 60S ribosomal protein L41
C: Putative ribosomal protein L1a
3: SR1_chain_3
e: Putative 60S ribosomal subunit protein L31
j: Ribosomal protein L37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,486,329227
ポリマ－3,482,64683
非ポリマー3,683144
水41,2002287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Putative 40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 SWSYSVSUSTSRSCSDScSPSNSdSLSJK

#1: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S15


分子量: 17472.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QBV0
#3: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S21


分子量: 17035.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QH01
#5: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S17


分子量: 16551.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q806
#6: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S11


分子量: 20023.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#7: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S13


分子量: 17482.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q3M1
#9: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18


分子量: 17433.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q1Y3
#11: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S3


分子量: 24511.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: BPK282A1 / 参照: UniProt: Q4Q4A0
#12: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S9


分子量: 22188.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QIM3
#18: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S27-1


分子量: 9819.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: BPK282A1 / 参照: UniProt: Q4Q140
#22: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S23


分子量: 15969.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: BPK282A1 / 参照: UniProt: Q4QC89
#24: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S10


分子量: 18681.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q1X7
#25: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S33


分子量: 9763.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q931
#27: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16


分子量: 16718.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: BPK282A1 / 参照: UniProt: Q4Q9A5
#28: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S15A


分子量: 14719.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QGW3
#61: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein L14


分子量: 19948.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QBJ1

-
40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 SZSXSBSESKSaSeSQSOSISHSGSFSASb

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15808.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q1D2
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S19-like protein


分子量: 18144.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AEE8
#10: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 27536.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q0Q0
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 30742.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QG31
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24984.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: P25204
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13071.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q9X4
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7394.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q7P0
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15627.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QG97
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 15623.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q8H1
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 23765.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AC32
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S5A / 40S ribosomal protein S5B


分子量: 21336.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q868B1
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28370.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q9NE83
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 28791.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QDL5
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / LmS3a-related protein / LmS3arp


分子量: 30062.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4FX73
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 12794.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q8L6

-
Putative ribosomal protein ... , 7種, 7分子 SSSMBgXkC

#8: タンパク質 Putative ribosomal protein S29


分子量: 6696.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q817
#26: タンパク質 Putative ribosomal protein S20


分子量: 13031.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: BPK282A1 / 参照: UniProt: Q4Q8G4
#45: タンパク質 Putative ribosomal protein L3


分子量: 47593.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q2Q6
#68: タンパク質 Putative ribosomal protein l35a


分子量: 16492.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QHL3
#76: タンパク質 Putative ribosomal protein L24


分子量: 14608.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q1W6
#77: タンパク質 Putative ribosomal protein L38


分子量: 9479.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: BPK282A1 / 参照: UniProt: Q4Q8X0
#80: タンパク質 Putative ribosomal protein L1a


分子量: 41096.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9ADW5

-
RNA鎖 , 10種, 10分子 S4S112478563

#15: RNA鎖 E-site_tRNA_chain_S4


分子量: 6106.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#20: RNA鎖 SSU_rRNA_chain_S1


分子量: 710459.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#41: RNA鎖 LSUa_rRNA_chain_1


分子量: 577004.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#42: RNA鎖 LSUb_rRNA_chain_2


分子量: 492524.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#43: RNA鎖 SR2_chain_4


分子量: 59144.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: GenBank: 321438308
#44: RNA鎖 5.8S_rRNA_chain_7


分子量: 54952.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: GenBank: 1207899567
#46: RNA鎖 5S_rRNA_chain_8


分子量: 39451.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
#47: RNA鎖 SR4_chain_5


分子量: 43481.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: GenBank: 321438308
#58: RNA鎖 SR6_chain_6


分子量: 23336.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: GenBank: 321438308
#81: RNA鎖 SR1_chain_3


分子量: 69146.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: GenBank: 321438308

-
タンパク質 , 3種, 3分子 SgShI

#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein RACK1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein


分子量: 34441.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q7Y7
#35: タンパク質 Putative RNA binding protein


分子量: 25229.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q5K7
#53: タンパク質 eL13_chain_I


分子量: 24805.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AEA8

-
60S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 fdbGPRDYon

#36: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15458.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QC11
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 11370.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AEK1
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 8001.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: MHOM/GT/2001/U1103 / 参照: UniProt: Q4Q178
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 29824.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QIP1
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 22071.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QG98
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20852.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q5J4
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 21694.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: P48157
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q504
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Putative 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10337.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QC01
#79: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 4390.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)

+
Putative 60S ... , 21種, 21分子 caAOHQETSLZFhJVWUiple

#38: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L7


分子量: 28900.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q9H4
#39: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L35


分子量: 15262.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q8V7
#48: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L2


分子量: 28331.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: MHOM/GT/2001/U1103 / 参照: UniProt: Q4FWX5
#49: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L5


分子量: 34058.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AF09
#51: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L13a


分子量: 25509.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QFG2
#55: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L19


分子量: 28896.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QJ37
#57: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L9


分子量: 21594.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QC91
#59: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L17


分子量: 19124.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: MHOM/GT/2001/U1103 / 参照: UniProt: Q4QAX6
#60: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L21


分子量: 18068.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QEX4
#63: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L27A/L29


分子量: 16135.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AFK0
#65: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L28


分子量: 16314.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QGW7
#66: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L6


分子量: 21126.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q4D3
#67: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L34


分子量: 19335.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QDP9
#69: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L23


分子量: 14982.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AFK3
#70: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L23a


分子量: 16372.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QJ20
#71: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L26


分子量: 16217.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QAC5
#72: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L22


分子量: 15030.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q0X2
#73: タンパク質 Putative 60S Ribosomal protein L36


分子量: 11975.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QCE1
#74: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L44


分子量: 12302.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q3L3
#78: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L39


分子量: 6504.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: BPK282A1 / 参照: UniProt: Q4QEQ0
#82: タンパク質 Putative 60S ribosomal subunit protein L31


分子量: 21316.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AFF2

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 Mj

#52: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24497.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q6S3
#83: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 9862.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AEH2

-
非ポリマー , 5種, 2431分子

#84: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#85: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#86: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#87: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#88: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME snoRNA MUTANT
タイプ: RIBOSOME
詳細: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME snoRNA MUTANT
Entity ID: #1-#83 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
2100 mMKOAc1
310 mMMg(OAc)21
410 mMNH4OAc1
51 mMDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.20.1_4487:phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 345376 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16AZ1

6az1

16AZ11PDBexperimental model
26AZ3

6az3

16AZ32PDBexperimental model
35T2A

5t2a

15T2A3PDBexperimental model
精密化交差検証法: THROUGHOUT
原子変位パラメータBiso max: 271.93 Å2 / Biso mean: 50.2839 Å2 / Biso min: 0 Å2

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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