PDB-8a8x: TRIM7 PRYSPRY in complex with a MNV1-NS3 peptide HDDFGLQ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a8x

タイトル

TRIM7 PRYSPRY in complex with a MNV1-NS3 peptide HDDFGLQ

要素

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7
MNV1-NS3 C term peptide

キーワード

PROTEIN BINDING / TRIM / LIGASE / PRYSPRY

機能・相同性

機能・相同性情報

antiviral innate immune response / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / innate immune response / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Luptak, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: TRIM7 Restricts Coxsackievirus and Norovirus Infection by Detecting the C-Terminal Glutamine Generated by 3C Protease Processing.
著者: Luptak, J. / Mallery, D.L. / Jahun, A.S. / Albecka, A. / Clift, D. / Ather, O. / Slodkowicz, G. / Goodfellow, I. / James, L.C.

履歴

登録	2022年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a8x.cif.gz	148.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a8x.ent.gz	113.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a8x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a5lSC 8a5mC 7ovx 7ow2 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (13) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7

B: MNV1-NS3 C term peptide

C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7

D: MNV1-NS3 C term peptide

42.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7

B: MNV1-NS3 C term peptide

登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
21.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7

D: MNV1-NS3 C term peptide

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.252, 53.668, 73.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.550, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7 / Glycogenin-interacting protein / RING finger protein 90 / Tripartite motif-containing protein 7 分子量: 20335.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM7, GNIP, RNF90 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9C029, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド	MNV1-NS3 C term peptide 分子量: 831.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1 M DL-Malic Acid pH 5, 0.1 M BIS-TRIS Propane pH 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→70.91 Å / Num. obs: 15418 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.37→2.43 Å / Num. unique obs: 712 / CC_1/2: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2	FastDP	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8A5L

8a5l

解像度: 2.37→28.337 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 10.12 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.434 / ESU R Free: 0.283 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2637	712	4.618 %
R_work	0.1885	14706	-
all	0.192	-	-
obs	-	15418	97.33 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.428 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.572 Å²	0 Å²	-2.211 Å²
2-	-	-0.828 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.287 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→28.337 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2813	0	0	56	2869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.653	1.644	3940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.242	1.577	6116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.867	5	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.592	19.653	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.204	15	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.409	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	746
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	482
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.225	2.883	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.224	2.883	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.428	4.316	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.427	4.316	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.855	3.2	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.855	3.2	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.407	4.686	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.407	4.685	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.952	32.003	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.952	32.009	2989

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.37-2.432	0.318	50	0.318	813	X-RAY DIFFRACTION	74.3325
2.432-2.498	0.35	64	0.269	1039	X-RAY DIFFRACTION	99.2799
2.498-2.57	0.244	49	0.242	1068	X-RAY DIFFRACTION	99.1127
2.57-2.649	0.326	51	0.236	1001	X-RAY DIFFRACTION	99.8102
2.649-2.736	0.275	47	0.227	971	X-RAY DIFFRACTION	99.4141
2.736-2.832	0.306	55	0.216	971	X-RAY DIFFRACTION	99.2263
2.832-2.939	0.307	34	0.209	917	X-RAY DIFFRACTION	99.5812
2.939-3.059	0.311	46	0.198	883	X-RAY DIFFRACTION	99.5713
3.059-3.194	0.306	36	0.181	857	X-RAY DIFFRACTION	99.5541
3.194-3.35	0.309	37	0.189	827	X-RAY DIFFRACTION	99.4246
3.35-3.531	0.283	36	0.177	765	X-RAY DIFFRACTION	99.1337
3.531-3.744	0.218	35	0.172	728	X-RAY DIFFRACTION	98.8342
3.744-4.002	0.19	29	0.162	684	X-RAY DIFFRACTION	98.0743
4.002-4.321	0.238	44	0.151	645	X-RAY DIFFRACTION	98.4286
4.321-4.732	0.19	27	0.145	592	X-RAY DIFFRACTION	99.8387
4.732-5.288	0.209	16	0.144	549	X-RAY DIFFRACTION	98.9492
5.288-6.1	0.31	23	0.194	477	X-RAY DIFFRACTION	99.4036
6.1-7.457	0.312	16	0.194	415	X-RAY DIFFRACTION	99.5381
7.457-10.488	0.131	13	0.148	323	X-RAY DIFFRACTION	97.6744

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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