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万見
- PDB-8a8s: 30S ribosomal protein S24e from Thermococcus kodakarensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8s
タイトル30S ribosomal protein S24e from Thermococcus kodakarensis
要素30S ribosomal protein S24e
キーワードGENE REGULATION / high pressure adaptation protein dynamics structural constituent of ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS24
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.659 Å
データ登録者Calio, A. / Hoh, F.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)17-CE11-0012-01 フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)MITI OriginsUnderPressure et LifeAdapt フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 30S ribosomal protein S24e from Thermococcus kodakarensis
著者: Calio, A. / Hoh, F.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S24e


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2001
ポリマ－11,2001
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.551, 55.272, 37.579
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S24e


分子量: 11199.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: rps24e, TK1696 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JIY8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0,1M sodium acetate pH 4,6 30% PEG 300 / PH範囲: 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.69 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.69 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.659→37.1 Å / Num. obs: 9962 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 1.6 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.659→1.687 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Num. unique obs: 453 / CC1/2: 0.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS2020417データ削減
Aimless0.74データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXV1.20.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V94

2v94


解像度: 1.659→30.81 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 --
Rwork0.22 --
obs-9956 88 %
原子変位パラメータBiso max: 58.93 Å2 / Biso mean: 22.696 Å2 / Biso min: 9.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.659→30.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数785 0 0 82 867

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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