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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a8j | ||||||
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タイトル | Complex of RecF and DNA from Thermus thermophilus. | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA Repair pathway / RecFOR pathway / Thermus thermophilus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SOS response / single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA repair / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Nirwal, S. / Czarnocki-Cieciura, M. / Chaudhary, A. / Zajko, W. / Skowronek, K. / Chamera, S. / Figiel, M. / Nowotny, M. | ||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Mechanism of RecF-RecO-RecR cooperation in bacterial homologous recombination. 著者: Shivlee Nirwal / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Anuradha Chaudhary / Weronika Zajko / Krzysztof Skowronek / Sebastian Chamera / Małgorzata Figiel / Marcin Nowotny / 要旨: In bacteria, one type of homologous-recombination-based DNA-repair pathway involves RecFOR proteins that bind at the junction between single-stranded (ss) and double-stranded (ds) DNA. They ...In bacteria, one type of homologous-recombination-based DNA-repair pathway involves RecFOR proteins that bind at the junction between single-stranded (ss) and double-stranded (ds) DNA. They facilitate the replacement of SSB protein, which initially covers ssDNA, with RecA, which mediates the search for homologous sequences. However, the molecular mechanism of RecFOR cooperation remains largely unknown. We used Thermus thermophilus proteins to study this system. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of the RecF-dsDNA complex, and another reconstruction that shows how RecF interacts with two different regions of the tetrameric RecR ring. Lower-resolution reconstructions of the RecR-RecO subcomplex and the RecFOR-DNA assembly explain how RecO is positioned to interact with ssDNA and SSB, which is proposed to lock the complex on a ssDNA-dsDNA junction. Our results integrate the biochemical data available for the RecFOR system and provide a framework for its complete understanding. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a8j.cif.gz | 149.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a8j.ent.gz | 112.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a8j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a8j_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a8j_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a8j_validation.xml.gz | 38.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a8j_validation.cif.gz | 54.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a8j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37933.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: recF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express / 参照: UniProt: Q5SLM9 #2: DNA鎖 | | 分子量: 7661.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 12395.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 化合物 | #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of RecF and DNA from Thermus thermophilus. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.0956 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: ArcticExpress strain | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample fixed with 0.05% glutaraldehyde and concentrated prior to vitrification; exact concentration cannot be estimated accurately. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 41.71 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7217 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2381100 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122950 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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