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万見
- PDB-8a8e: PPSA C terminal octahedral structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8e
タイトルPPSA C terminal octahedral structure
要素Phosphoenolpyruvate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / enzyme / phosphorylation of pyruvate
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate, water dikinase / pyruvate, water dikinase activity / pyruvate metabolic process / phosphorylation / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate synthase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain ...Phosphoenolpyruvate synthase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / ATP-grasp fold, subdomain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoenolpyruvate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Song, W.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Survival strategies in the heat Lysine acetylation stabilizes the quaternary structure of a Mega-Dalton hyperthermophilic PEP-synthase
著者: Song, W.
履歴
登録2022年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate synthase
B: Phosphoenolpyruvate synthase
C: Phosphoenolpyruvate synthase
D: Phosphoenolpyruvate synthase
E: Phosphoenolpyruvate synthase
F: Phosphoenolpyruvate synthase
G: Phosphoenolpyruvate synthase
H: Phosphoenolpyruvate synthase
I: Phosphoenolpyruvate synthase
J: Phosphoenolpyruvate synthase
K: Phosphoenolpyruvate synthase
L: Phosphoenolpyruvate synthase
M: Phosphoenolpyruvate synthase
N: Phosphoenolpyruvate synthase
O: Phosphoenolpyruvate synthase
P: Phosphoenolpyruvate synthase
Q: Phosphoenolpyruvate synthase
R: Phosphoenolpyruvate synthase
S: Phosphoenolpyruvate synthase
T: Phosphoenolpyruvate synthase
U: Phosphoenolpyruvate synthase
V: Phosphoenolpyruvate synthase
W: Phosphoenolpyruvate synthase
X: Phosphoenolpyruvate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,174,42224
ポリマ－2,174,42224
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Phosphoenolpyruvate synthase / PEP synthase / Pyruvate / water dikinase


分子量: 90600.922 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: ppsA, PF0043 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: P42850, pyruvate, water dikinase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Phosphoenolpyruvate synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 2.3 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium ChlorideNaCl1
22 mMMagnesium chlorideMgCl21
325 mMHEPES sodium saltHEPES1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embedding詳細: The sample was plunged freeze in ethane-propane and transfer to liquid nitrogen.
Material: Ice
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142247 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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