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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a8e | ||||||
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タイトル | PPSA C terminal octahedral structure | ||||||
![]() | Phosphoenolpyruvate synthase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / enzyme / phosphorylation of pyruvate | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyruvate, water dikinase / pyruvate, water dikinase activity / pyruvate metabolic process / phosphorylation / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
![]() | Song, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Survival strategies in the heat Lysine acetylation stabilizes the quaternary structure of a Mega-Dalton hyperthermophilic PEP-synthase 著者: Song, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15230MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 90600.922 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: ppsA, PF0043 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Phosphoenolpyruvate synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 2.3 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
EM embedding | 詳細: The sample was plunged freeze in ethane-propane and transfer to liquid nitrogen. Material: Ice | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142247 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |