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万見
- EMDB-15230: PPSA C terminal octahedral structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15230
タイトルPPSA C terminal octahedral structure
マップデータ
試料
  • 複合体: Phosphoenolpyruvate synthase
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoenolpyruvate synthase
キーワードenzyme / phosphorylation of pyruvate / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate, water dikinase / pyruvate, water dikinase activity / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate synthase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain ...Phosphoenolpyruvate synthase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / ATP-grasp fold, subdomain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoenolpyruvate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Song W
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Survival strategies in the heat Lysine acetylation stabilizes the quaternary structure of a Mega-Dalton hyperthermophilic PEP-synthase
著者: Song W
履歴
登録2022年6月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15230.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15230.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 240 pix.
= 316.8 Å		1.32 Å/pix.
x 240 pix.
= 316.8 Å		1.32 Å/pix.
x 240 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0709
最小 - 最大-0.08230619 - 0.26874745
平均 (標準偏差)0.0033085863 (±0.014292836)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 316.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15230_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15230_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15230_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Phosphoenolpyruvate synthase

全体名称: Phosphoenolpyruvate synthase
要素
  • 複合体: Phosphoenolpyruvate synthase
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoenolpyruvate synthase

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超分子 #1: Phosphoenolpyruvate synthase

超分子名称: Phosphoenolpyruvate synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
分子量理論値: 2.3 MDa

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分子 #1: Phosphoenolpyruvate synthase

分子名称: Phosphoenolpyruvate synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: pyruvate, water dikinase
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
分子量理論値: 90.600922 KDa
組換発現生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
配列文字列: MAYRFIKWFE ELSKNDVPLV GGKGANLGEM TNAGIPVPPG FCVTAEAYKY FVENVKVSKE DVKRILGEKV NKGTISEVLA QAPDEPRPL QDWIMDIISK TDVDDSKMLQ ENTEAIRTLI KSLDMPSEIA EEIKQAYKEL SQRFGQEEVY VAVRSSATAE D LPEASFAG ...文字列:
MAYRFIKWFE ELSKNDVPLV GGKGANLGEM TNAGIPVPPG FCVTAEAYKY FVENVKVSKE DVKRILGEKV NKGTISEVLA QAPDEPRPL QDWIMDIISK TDVDDSKMLQ ENTEAIRTLI KSLDMPSEIA EEIKQAYKEL SQRFGQEEVY VAVRSSATAE D LPEASFAG QQETYLDVLG ADDVIDKVKR CWASLWTARA TFYRAKQGFD HSKVYLSAVV QKMVNSEKSG VMFTANPVTN NR NEIMINA SWGLGEAVVS GAVTPDEYIV EKGTWKIKEK VIAKKEVMVI RNPETGRGTV MVKVAEYLGP EWVEKQVLTD EQI IEVAKM GQKIEDHYGW PQDIEWAYDK DDGKLYIVQS RPITTLKEEA TAEEAEEVEE AEVILKGLGA SPGIGAGRVV VIFD ASEID KVKEGDILVT TMTNPDMVPA MKRAAAIVTD EGGRTSHAAI VSRELGIPCV VGTKEATKKL KTGMYVTVDG TRGLV YKGI VKSLVKKKEE AKAEGGQVVV AGAPLVTGTM VKVNVSMPEV AERAAATGAD GVGLLRAEHM ILSIGQHPIK FIKEGK EEE LVEKLAEGIE KVAAAFYPRP VWYRTLDAPT NEFREMPGGE DEPEERNPML GWRGIRRGLD QPELLRAEFK AIKKVVE KG YNNIGVMLPL VSHPEQIREA KRIAREVGLE PHKDVAWGVM IEVPAAAIII EDLIKEGIDF VSFGTNDLTQ YTLAIDRD N ERVAKLYDET HPAVLKLIKH VIKVCKRYGV ETSICGQAGS DPKMARILVR LGIDSISANP DAVQLIRQVV AQEERKLML EAARKQLFEE EEEEELF

UniProtKB: Phosphoenolpyruvate synthase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
25.0 mMHEPESHEPES sodium salt
糖包埋材質: Ice
詳細: The sample was plunged freeze in ethane-propane and transfer to liquid nitrogen.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142247
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8a8e:
PPSA C terminal octahedral structure

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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