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- PDB-8a6h: Small molecule stabilizer (compound 7) for C-RAF and 14-3-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a6h
タイトルSmall molecule stabilizer (compound 7) for C-RAF and 14-3-3
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / 14-3-3 / C-RAF / Stabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / regulation of cell motility / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway ...death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / regulation of cell motility / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway / GP1b-IX-V activation signalling / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / regulation of cell differentiation / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / keratinization / face development / regulation of cell-cell adhesion / pseudopodium / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / MAP kinase kinase kinase activity / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / establishment of skin barrier / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of protein-containing complex assembly / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Schwann cell development / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of protein localization / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / response to muscle stretch / myelination / protein export from nucleus / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of cell adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / : / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / RAF activation / negative regulation of protein kinase activity / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Stimuli-sensing channels / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / protein localization / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of MAPK cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein kinase activity / cadherin binding / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / 14-3-3 protein sigma / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / 14-3-3 protein sigma / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L6L / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kenanova, D.N. / Visser, E.J. / Virta, J. / Sijbesma, E. / Centorrino, F. / Zhong, M. / Vickery, H. / Neitz, J. / Brunsveld, L. / Ottmann, C. / Arkin, M.R.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.001.035 オランダ
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: A Systematic Approach to the Discovery of Protein-Protein Interaction Stabilizers.
著者: Kenanova, D.N. / Visser, E.J. / Virta, J.M. / Sijbesma, E. / Centorrino, F. / Vickery, H.R. / Zhong, M. / Neitz, R.J. / Brunsveld, L. / Ottmann, C. / Arkin, M.R.
履歴
登録2022年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2706
ポリマ－27,7492
非ポリマー5214
水6,395355
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,53912
ポリマ－55,4984
非ポリマー1,0418
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area23850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.499, 112.234, 62.756
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 1206.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 4種, 359分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-L6L / 3-[2-(dimethylamino)ethyldisulfanyl]-1-[4-oxidanyl-4-[3-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl]propan-1-one


分子量: 436.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H27F3N2O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES pH 7.7, 0.19 M CaCl2, 24 % (v/v) PEG 400 and 5% (v/v) glycerol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.63 Å / Num. obs: 522752 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 42.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 1878 / CC1/2: 0.995

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3iqu

3iqu


解像度: 1.6→45.63 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1738 3762 5.08 %
Rwork0.1527 70230 -
obs0.1537 73992 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.96 Å2 / Biso mean: 19.1275 Å2 / Biso min: 4.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1935 0 43 355 2333
Biso mean--27.18 28.45 -
残基数----247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.620.18861690.14792595276498
1.62-1.640.1831170.14762566268399
1.64-1.660.17981690.14732562273199
1.66-1.690.17821410.14612581272299
1.69-1.710.16471410.141626122753100
1.71-1.740.16911340.154226492783100
1.74-1.770.1651260.14862576270299
1.77-1.80.18611120.1572643275599
1.8-1.830.27021610.16225772738100
1.83-1.870.16271250.159726022727100
1.87-1.90.2231270.15926212748100
1.9-1.950.19131640.150425862750100
1.95-1.990.1931300.149926552785100
1.99-2.040.15741330.153125752708100
2.04-2.10.19341300.142326122742100
2.1-2.160.20271460.143925972743100
2.16-2.230.14391240.14292629275399
2.23-2.310.15911370.13852540267798
2.31-2.40.17571510.134226322783100
2.4-2.510.1431310.150926012732100
2.51-2.640.15611290.145926132742100
2.64-2.810.15471440.150926012745100
2.81-3.020.18851410.158926352776100
3.02-3.330.19731820.15325772759100
3.33-3.810.13781290.149626102739100
3.81-4.80.1651320.14612556268898
4.8-45.630.17861370.198526272764100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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