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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a67 | ||||||||||||
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タイトル | Branched Lys48- and Lys63-linked tri-ubiquitin (K48-K63-Ub3) in complex with matured synthetic nanobody NbSL3.3Q (3rd generation) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Branched Ubiquitin / Nanobody / complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lange, S.M. / Kulathu, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: VCP/p97-associated proteins are binders and debranching enzymes of K48-K63-branched ubiquitin chains. 著者: Lange, S.M. / McFarland, M.R. / Lamoliatte, F. / Carroll, T. / Krshnan, L. / Perez-Rafols, A. / Kwasna, D. / Shen, L. / Wallace, I. / Cole, I. / Armstrong, L.A. / Knebel, A. / Johnson, C. / ...著者: Lange, S.M. / McFarland, M.R. / Lamoliatte, F. / Carroll, T. / Krshnan, L. / Perez-Rafols, A. / Kwasna, D. / Shen, L. / Wallace, I. / Cole, I. / Armstrong, L.A. / Knebel, A. / Johnson, C. / De Cesare, V. / Kulathu, Y. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Comprehensive approach to study branched ubiquitin chains reveals roles for K48-K63 branches in VCP/p97-related processes 著者: Lange, S.M. / McFarland, M.R. / Lamoliatte, F. / Kwasna, D. / Shen, L. / Wallace, I. / Cole, I. / Armstrong, L.A. / Knebel, A. / Johnson, C. / De Cesare, V. / Kulathu, Y. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010 タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. 著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart / 要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2011 タイトル: Data processing and analysis with the autoPROC toolbox. 著者: Vonrhein, C. / Flensburg, C. / Keller, P. / Sharff, A. / Smart, O. / Paciorek, W. / Womack, T. / Bricogne, G. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a67.cif.gz | 196.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a67.ent.gz | 124.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a67.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a67_validation.pdf.gz | 491.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a67_full_validation.pdf.gz | 494.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8a67_validation.xml.gz | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a67_validation.cif.gz | 45.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/8a67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/8a67 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7nbbSC 7npoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-Polyubiquitin- ... , 2種, 6分子 AEBCFG
#1: タンパク質 | 分子量: 8192.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ubiquitin with C-terminal truncation / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39 #2: タンパク質 | 分子量: 8632.859 Da / 分子数: 4 / Mutation: K48R K63R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39 |
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-抗体 , 1種, 2分子 DH
#3: 抗体 | 分子量: 15967.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Matured Nanobody NbSL3.3Q with N-terminal pelB signal sequence for periplasmic expression and C-terminal 6His affinity tag 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 6種, 532分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CL / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein concentrated to 14.5 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl. Mixed 200 nl protein with 100 nl mother liquor (0.1 M HEPES pH 7.5, 10% 2-propanol, 20% PEG4000). Crystals harvested and ...詳細: Protein concentrated to 14.5 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl. Mixed 200 nl protein with 100 nl mother liquor (0.1 M HEPES pH 7.5, 10% 2-propanol, 20% PEG4000). Crystals harvested and cryo-protected with Mother liquor supplemented with 30% glycerol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87313 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→56.58 Å / Num. obs: 36500 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 13.75 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 4.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→2.09 Å / Num. unique obs: 1826 / CC1/2: 0.735 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7NBB 解像度: 1.86→52.59 Å / SU ML: 0.2054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.1262 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→52.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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