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万見
- PDB-8a65: Small molecule stabilizer (compound 3) for FOXO1 and 14-3-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a65
タイトルSmall molecule stabilizer (compound 3) for FOXO1 and 14-3-3
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Forkhead box protein O1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / 14-3-3 / FOXO1 / Stabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / neuronal stem cell population maintenance / regulation of neural precursor cell proliferation / response to fatty acid / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation ...cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / neuronal stem cell population maintenance / regulation of neural precursor cell proliferation / response to fatty acid / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / regulation of reactive oxygen species metabolic process / protein acetylation / temperature homeostasis / cellular response to cold / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / blood vessel development / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / regulation of cell-cell adhesion / Regulation of gene expression in beta cells / energy homeostasis / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / canonical Wnt signaling pathway / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / positive regulation of autophagy / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to nitric oxide / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / protein phosphatase 2A binding / release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to starvation / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / MAPK6/MAPK4 signaling / chromatin DNA binding / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of insulin secretion / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / beta-catenin binding / autophagy / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to insulin stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of protein catabolic process / intracellular protein localization / insulin receptor signaling pathway / regulation of protein localization / cellular response to oxidative stress / positive regulation of cell growth / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / cadherin binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
: / FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 ...: / FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L70 / 14-3-3 protein sigma / Forkhead box protein O1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kenanova, D.N. / Visser, E.J. / Virta, J. / Sijbesma, E. / Centorrino, F. / Zhong, M. / Vickery, H. / Neitz, J. / Brunsveld, L. / Ottmann, C. / Arkin, M.R.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.001.035 オランダ
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: A Systematic Approach to the Discovery of Protein-Protein Interaction Stabilizers.
著者: Kenanova, D.N. / Visser, E.J. / Virta, J.M. / Sijbesma, E. / Centorrino, F. / Vickery, H.R. / Zhong, M. / Neitz, R.J. / Brunsveld, L. / Ottmann, C. / Arkin, M.R.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: Forkhead box protein O1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2075
ポリマ－27,6792
非ポリマー5283
水5,639313
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: Forkhead box protein O1
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: Forkhead box protein O1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,41410
ポリマ－55,3584
非ポリマー1,0566
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area23480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.879, 112.144, 62.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Forkhead box protein O1 / Forkhead box protein O1A / Forkhead in rhabdomyosarcoma


分子量: 1136.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12778
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-L70 / (3~{S})-1-[2-azanyl-3,5-bis(chloranyl)phenyl]carbonyl-~{N}-[2-[2-(dimethylamino)ethyldisulfanyl]ethyl]piperidine-3-carboxamide


分子量: 479.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28Cl2N4O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES pH 7.3, 0.19 M CaCl2, 5% glycerol, 25% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.47 Å / Num. obs: 518652 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 55.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 1881 / CC1/2: 0.997

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JC3

4jc3


解像度: 1.6→45.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.142 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1929 1954 5.1 %RANDOM
Rwork0.16668 ---
obs0.16803 36420 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.161 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 0 25 313 2269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0171984
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.9042673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2982.7044325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0865242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.14222.736106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.80915364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3751514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3681.553974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3671.548973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2672.3171214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2672.3221215
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4651.9021010
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4641.9051011
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6972.7561460
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.05820.9982523
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.81820.2322439
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 140 -
Rwork0.161 2677 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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