PDB-8a5v: Crystal structure of the human phosposerine aminotransferase (PSAT)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a5v

タイトル

Crystal structure of the human phosposerine aminotransferase (PSAT)

要素

(Phosphoserine aminotransferase) x 2

キーワード

TRANSFERASE / PSAT / human

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / Serine metabolism / pyridoxine biosynthetic process / L-serine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Costanzi, E. / Demitri, N. / Ullah, R. / Marchesan, F. / Peracchi, A. / Zangelmi, E. / Storici, P. / Campanini, B.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: L-serine biosynthesis in the human central nervous system: Structure and function of phosphoserine aminotransferase.
著者: Marchesani, F. / Zangelmi, E. / Murtas, G. / Costanzi, E. / Ullah, R. / Peracchi, A. / Bruno, S. / Pollegioni, L. / Mozzarelli, A. / Storici, P. / Campanini, B.

履歴

登録	2022年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8a5v.ent.gz	939.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8a5v_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a5v_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8a5v_validation.xml.gz	100.4 KB	表示
CIF形式データ	8a5v_validation.cif.gz	135.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8a5wC 3e77S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Phosphoserine aminotransferase

E: Phosphoserine aminotransferase

C: Phosphoserine aminotransferase

B: Phosphoserine aminotransferase

F: Phosphoserine aminotransferase

A: Phosphoserine aminotransferase

G: Phosphoserine aminotransferase

H: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

346 kDa, 8 ポリマー
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1

D: Phosphoserine aminotransferase

C: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
86.5 kDa, 2 ポリマー
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2

E: Phosphoserine aminotransferase

F: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

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3

B: Phosphoserine aminotransferase

A: Phosphoserine aminotransferase

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4

G: Phosphoserine aminotransferase

H: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.870, 206.268, 135.539
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.004, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Phosphoserine aminotransferase / Phosphohydroxythreonine aminotransferase / PSAT 分子量: 43133.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSAT1, PSA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y617, phosphoserine transaminase
#2: タンパク質	Phosphoserine aminotransferase / Phosphohydroxythreonine aminotransferase / PSAT 分子量: 42905.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSAT1, PSA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y617, phosphoserine transaminase
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸分子量: 248.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃N₂O₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Na2SO4 , 0.1 M Bis Tris Propane, pH 6,5 / 7,5, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→81.779 Å / Num. obs: 84262 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 43.93 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.46→2.78 Å / Num. unique obs: 4214 / CC_1/2: 0.599

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 開始モデル: 3.0E+77 / 解像度: 2.46→48.14 Å / SU ML: 0.2352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.5043
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2105	4117	4.89 %
R_work	0.1786	80112	-
obs	0.1802	84229	65.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→48.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22525	0	72	430	23027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	23059
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7295	31244
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0486	3497
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	4006
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9796	8436

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.49	0.1878	4	0.333	104	X-RAY DIFFRACTION	2.47
2.49-2.52	0.4734	6	0.2736	182	X-RAY DIFFRACTION	4.21
2.52-2.55	0.3807	11	0.3052	232	X-RAY DIFFRACTION	5.53
2.55-2.59	0.3765	12	0.3401	302	X-RAY DIFFRACTION	7.17
2.59-2.62	0.2935	20	0.3114	393	X-RAY DIFFRACTION	9.25
2.62-2.66	0.2838	22	0.3016	534	X-RAY DIFFRACTION	12.55
2.66-2.7	0.3727	29	0.3326	519	X-RAY DIFFRACTION	12.38
2.7-2.74	0.4216	44	0.2966	897	X-RAY DIFFRACTION	20.87
2.74-2.79	0.2985	65	0.2907	1158	X-RAY DIFFRACTION	27.85
2.79-2.83	0.3604	68	0.2815	1454	X-RAY DIFFRACTION	34.33
2.83-2.88	0.3122	101	0.277	1781	X-RAY DIFFRACTION	41.99
2.88-2.94	0.2871	111	0.2821	2337	X-RAY DIFFRACTION	55.71
2.94-3	0.3091	161	0.2836	3216	X-RAY DIFFRACTION	75.21
3-3.07	0.3193	186	0.2685	3859	X-RAY DIFFRACTION	91.7
3.07-3.14	0.2862	219	0.2662	4254	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.14-3.22	0.2695	216	0.2426	4179	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.22-3.3	0.2572	185	0.2278	4328	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.3-3.4	0.2642	222	0.2201	4163	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.4-3.51	0.2367	205	0.2057	3750	X-RAY DIFFRACTION	88.68
3.51-3.63	0.2207	213	0.1771	4263	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.63-3.78	0.1968	250	0.1636	4179	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.78-3.95	0.1995	220	0.1566	4259	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.95-4.16	0.1862	189	0.1472	4273	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.16-4.42	0.1608	221	0.1328	4243	X-RAY DIFFRACTION	100
4.42-4.76	0.1549	240	0.1295	4215	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.76-5.24	0.1798	215	0.1343	4249	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-6	0.1956	216	0.1598	4291	X-RAY DIFFRACTION	99.98
6-7.55	0.1865	231	0.1647	4239	X-RAY DIFFRACTION	99.96
7.55-48.14	0.1598	235	0.1389	4259	X-RAY DIFFRACTION	98.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.44760834396	-1.85497648291	0.890849768855	2.78954326077	-1.24939249058	3.05713164304	-0.0135904910686	-0.179367867531	-0.253328424038	-0.180540111059	-0.0692977471163	0.149016536288	0.437583612991	-0.0284290632484	0.0733145765953	0.360336326284	0.0888253082063	0.0764201800078	0.142829817421	-0.00193518944377	0.31611190177	-6.06491103973	-36.6598928234	-50.9751408243
2	1.07191796744	0.0179186816972	-0.0617461428763	1.13098969884	-0.232437962892	1.34137027293	-0.0850546541286	-0.0340824922404	0.377326729884	-0.210411101208	-0.0777237998045	-0.116368849552	-0.0957242488731	0.253921866649	0.0985581421543	0.284516290641	0.0301033795851	0.0253178919826	0.102601261547	-0.034666551183	0.392621181896	3.0081544323	-16.7575101975	-55.3545799803
3	1.56937011205	0.53211709653	0.22289332962	2.18568128401	-0.214845242194	2.083033857	-0.0333285696925	-0.0466370379989	0.35095757515	-0.215213546292	0.0272904036236	0.60294053542	0.097106837011	-0.413800120424	0.064869744622	0.271074162575	0.0115096355585	-0.0189090901266	0.20769545575	-0.063747791219	0.46185522984	-21.6782288933	-27.1296579759	-62.493520167
4	1.62099341539	0.697279888117	-0.277202019376	0.703462308136	0.182084780052	0.272467595517	0.0561235021325	-0.290086292322	0.190333524384	0.159706553564	-0.022441934351	-0.107206827525	-0.00652982960253	0.0849966590126	-0.014785349534	0.396994111951	0.0973923139412	0.125872416998	0.202433179577	-0.0605688331167	0.325546478778	-2.46700378269	-54.5418501928	-65.1061405391
5	1.70051575412	0.323593263633	0.0107703035034	1.43673187877	-0.0883789481293	1.78062684747	-0.105407498901	0.466497817862	0.100869406141	-0.285639173619	0.133450878197	0.160114801155	-0.00774585307419	-0.120824075448	-0.0116096477078	0.32482752318	0.0211338790495	0.0266665318966	0.231482705141	-0.0571156536342	0.177266333291	-12.2694492621	-55.881545021	-88.7300601353
6	2.77636243755	0.911090617472	0.465460556017	1.40927381703	0.14628028707	1.27923489899	-0.0398841165346	0.25310821657	0.168288493362	-0.0216530248686	0.0119274818467	-0.232391679029	-0.132233556139	0.383466354147	-0.0237435098468	0.432809081095	0.0202250104534	0.0933544633923	0.176832749968	-0.0651114834531	0.266087997563	7.31000641186	-45.866774903	-75.5844416912
7	3.78574063231	0.677455854139	1.98445217976	1.96550144542	0.126572488199	3.71798178404	0.00625718877511	-0.519060776919	-0.359071250651	-0.0634718109494	0.0843699342931	-0.0306437605477	0.227609986201	0.121525945216	-0.0819421922515	0.198208829295	0.0388782937012	0.0895037087321	0.281127690235	-0.0117055998812	0.184600564825	-2.68561227557	-35.7043657299	-36.730706317
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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