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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a5v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human phosposerine aminotransferase (PSAT) | ||||||
要素 | (Phosphoserine aminotransferase) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PSAT / human | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / Serine biosynthesis / pyridoxine biosynthetic process / L-serine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å | ||||||
データ登録者 | Costanzi, E. / Demitri, N. / Ullah, R. / Marchesan, F. / Peracchi, A. / Zangelmi, E. / Storici, P. / Campanini, B. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023 タイトル: L-serine biosynthesis in the human central nervous system: Structure and function of phosphoserine aminotransferase. 著者: Marchesani, F. / Zangelmi, E. / Murtas, G. / Costanzi, E. / Ullah, R. / Peracchi, A. / Bruno, S. / Pollegioni, L. / Mozzarelli, A. / Storici, P. / Campanini, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a5v.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a5v.ent.gz | 939.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8a5wC 3e77S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43133.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSAT1, PSA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y617, phosphoserine transaminase #2: タンパク質 | 分子量: 42905.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSAT1, PSA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y617, phosphoserine transaminase #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Na2SO4 , 0.1 M Bis Tris Propane, pH 6,5 / 7,5, 20 % PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.46→81.779 Å / Num. obs: 84262 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 43.93 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.46→2.78 Å / Num. unique obs: 4214 / CC1/2: 0.599 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 3.0E+77 / 解像度: 2.46→48.14 Å / SU ML: 0.2352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.5043 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.46→48.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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