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Yorodumi- PDB-8a5v: Crystal structure of the human phosposerine aminotransferase (PSAT) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8a5v | ||||||
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Title | Crystal structure of the human phosposerine aminotransferase (PSAT) | ||||||
Components | (Phosphoserine aminotransferase) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / PSAT / human | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / Serine biosynthesis / pyridoxine biosynthetic process / L-serine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.46 Å | ||||||
Authors | Costanzi, E. / Demitri, N. / Ullah, R. / Marchesan, F. / Peracchi, A. / Zangelmi, E. / Storici, P. / Campanini, B. | ||||||
Funding support | Italy, 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2023 Title: L-serine biosynthesis in the human central nervous system: Structure and function of phosphoserine aminotransferase. Authors: Marchesani, F. / Zangelmi, E. / Murtas, G. / Costanzi, E. / Ullah, R. / Peracchi, A. / Bruno, S. / Pollegioni, L. / Mozzarelli, A. / Storici, P. / Campanini, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8a5v.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8a5v.ent.gz | 939.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8a5v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8a5v_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8a5v_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 8a5v_validation.xml.gz | 100.4 KB | Display | |
Data in CIF | 8a5v_validation.cif.gz | 135.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5v | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8a5wC 3e77S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43133.367 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PSAT1, PSA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9Y617, phosphoserine transaminase #2: Protein | Mass: 42905.250 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PSAT1, PSA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9Y617, phosphoserine transaminase #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M Na2SO4 , 0.1 M Bis Tris Propane, pH 6,5 / 7,5, 20 % PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ELETTRA / Beamline: 11.2C / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 7, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.46→81.779 Å / Num. obs: 84262 / % possible obs: 93.1 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 43.93 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.46→2.78 Å / Num. unique obs: 4214 / CC1/2: 0.599 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Starting model: 3.0E+77 / Resolution: 2.46→48.14 Å / SU ML: 0.2352 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.5043 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.46→48.14 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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