PDB-8a5l: TRIM7 PRYSPRY in complex with a 2BC peptide TIEALFQ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a5l

タイトル

TRIM7 PRYSPRY in complex with a 2BC peptide TIEALFQ

要素

2BC peptide TIEALFQ
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7

キーワード

PROTEIN BINDING / E3 ligase / PRYSPRY / TRIM

機能・相同性

機能・相同性情報

antiviral innate immune response / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Enterovirus A71 (エンテロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.622 Å

データ登録者

Luptak, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: TRIM7 Restricts Coxsackievirus and Norovirus Infection by Detecting the C-Terminal Glutamine Generated by 3C Protease Processing.
著者: Luptak, J. / Mallery, D.L. / Jahun, A.S. / Albecka, A. / Clift, D. / Ather, O. / Slodkowicz, G. / Goodfellow, I. / James, L.C.

履歴

登録	2022年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a5l.cif.gz	87.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a5l.ent.gz	62.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a5l_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a5l_full_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示
XML形式データ	8a5l_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	8a5l_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a5mC 8a8xC 7ow2S 7ovx S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (13) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7

B: 2BC peptide TIEALFQ

ヘテロ分子

21.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.887, 79.887, 53.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7 / Glycogenin-interacting protein / RING finger protein 90 / Tripartite motif-containing protein 7 分子量: 20335.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM7, GNIP, RNF90 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9C029, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド	2BC peptide TIEALFQ 分子量: 820.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 % / 解説: rods
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 1 M Sodium Potassium Tartrate, 0.1 M HEPES pH 6.8 (adjusted with HCl)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→29.02 Å / Num. obs: 24565 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.62→1.66 Å / Num. unique obs: 1780 / CC_1/2: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2	FastDP	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OW2

7ow2

解像度: 1.622→29.018 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.853 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1884	1286	5.239 %
R_work	0.156	23260	-
all	0.158	-	-
obs	-	24546	99.752 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.412 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.385 Å²	0.193 Å²	0 Å²
2-	-	0.385 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.622→29.018 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1423	0	10	152	1585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.704	1.644	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.467	1.576	3099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.892	5	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.479	19.773	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.261	15	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.389	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	705
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	780
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.64	1.606	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.641	1.606	713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.487	2.406	890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.486	2.406	891
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.588	1.943	765
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.567	1.941	764
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.862	2.805	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.849	2.806	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.317	19.623	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.316	19.65	1599

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.622-1.664	0.298	76	0.272	1721	X-RAY DIFFRACTION	97.8225
1.664-1.709	0.289	56	0.238	1666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.709-1.759	0.251	72	0.221	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.759-1.813	0.238	93	0.199	1582	X-RAY DIFFRACTION	99.9403
1.813-1.873	0.183	78	0.174	1543	X-RAY DIFFRACTION	100
1.873-1.938	0.201	87	0.162	1465	X-RAY DIFFRACTION	99.9356
1.938-2.011	0.194	65	0.151	1462	X-RAY DIFFRACTION	99.9346
2.011-2.093	0.179	98	0.142	1347	X-RAY DIFFRACTION	99.8618
2.093-2.186	0.192	97	0.15	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.186-2.293	0.174	79	0.15	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.293-2.417	0.19	71	0.145	1201	X-RAY DIFFRACTION	99.9214
2.417-2.563	0.182	85	0.15	1112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.563-2.74	0.187	53	0.153	1085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.959	0.196	51	0.143	1013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.959-3.241	0.166	62	0.136	896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.241-3.622	0.147	46	0.138	839	X-RAY DIFFRACTION	99.8871
3.622-4.181	0.142	44	0.123	742	X-RAY DIFFRACTION	99.8729
4.181-5.116	0.173	25	0.123	634	X-RAY DIFFRACTION	99.5468
5.116-7.215	0.235	31	0.172	484	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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