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- PDB-8a5g: Crystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-3 d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a5g
タイトルCrystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-3 double mutant
要素Endonuclease III
キーワードLYASE / DNA glycosylase / resistant bacterium / Deinococcus radiodurans / Endonuclease / mutations
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on DNA / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Endonuclease III, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Borges, P.T. / Rollo, F. / Moe, E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Foundation for Science and Technology (FCT) 英国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: Disentangling Unusual Catalytic Properties and the Role of the [4Fe-4S] Cluster of Three Endonuclease III from the Extremophile D. radiodurans.
著者: Rollo, F. / Borges, P.T. / Silveira, C.M. / Rosa, M.T.G. / Todorovic, S. / Moe, E.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0884
ポリマ－29,6661
非ポリマー4233
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area11720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.345, 38.827, 71.988
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease III


分子量: 29665.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_0928 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RVU4
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M ammonium formate and 2.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→44.5 Å / Num. obs: 19937 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.99 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.89→1.99 Å / Num. unique obs: 3111 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_3026精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Endo III-3 wild-type

解像度: 1.89→44.5 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 34.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2885 1992 10 %
Rwork0.2384 17930 -
obs0.2435 19922 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.08 Å2 / Biso mean: 50.4252 Å2 / Biso min: 19.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1900 0 10 73 1983
Biso mean--44.78 44.24 -
残基数----238
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.89-1.93390.38251330.3608120995
1.9339-1.98620.36581420.34661276100
1.9862-2.04470.37821440.3314129499
2.0447-2.11070.42151390.33211247100
2.1107-2.18610.33931420.30431276100
2.1861-2.27360.31191420.2948127499
2.2736-2.37710.31591430.2881128499
2.3771-2.50240.3431400.2757126599
2.5024-2.65920.3191430.27141291100
2.6592-2.86450.32281430.266127499
2.8645-3.15270.31411430.25551291100
3.1527-3.60870.28091430.2186130299
3.6087-4.54590.23211460.1736130299
4.5459-44.50.23971490.1964134599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8680.8555-1.79170.3325-0.68321.40580.1244-0.539-0.03790.4554-0.2889-0.1927-0.84160.48460.22231.6705-0.04060.02650.50170.07360.383623.06734.071141.7042
20.76670.4362-0.37360.6112-0.5390.4712-0.1748-0.0126-0.10130.39530.16550.084-0.178-0.172-0.00351.35480.17320.41690.38720.13030.50956.774231.170728.0753
31.49932.39350.48885.5356-1.10482.34240.19390.3163-0.03930.8694-0.05650.0672-0.0177-0.2108-0.16990.24710.01270.01450.4248-0.02910.206723.796529.01839.1165
43.0322.85013.81514.68175.0555.8780.1273-0.49630.31330.4257-0.86510.77360.2054-0.96820.71270.8560.31310.11240.8044-0.03060.388618.690441.95767.9324
54.72052.3788-0.79416.12572.44044.722-0.02330.3162-0.1612-0.29050.02690.5352-0.2981-0.4697-0.00030.12910.0207-0.04590.48520.06130.261724.617835.3206-1.5168
69.0784-1.6335-4.39470.9444-0.50384.9396-0.04840.415-0.6198-0.0976-0.2114-0.27510.13210.51630.22990.11460.00340.05990.5188-0.07810.714437.633930.5389-0.2097
78.7076-4.15561.67275.38510.0138.30530.20230.08010.31650.045-0.0729-0.8976-0.54150.291-0.13520.1672-0.047-0.00620.42110.04360.351932.774142.513-1.6265
85.5434-0.19844.68929.7317-0.76174.00230.0549-0.1491-0.31390.49490.0566-0.2131-0.202-0.2313-0.11980.49970.175-0.12110.7157-0.0380.290630.473546.56285.1575
91.9521-0.72130.40940.6144-0.03260.82360.2248-0.1632-0.61250.2449-0.1092-0.4560.28450.2934-0.13330.2509-0.0459-0.43760.48770.09510.814139.867534.19639.0502
106.33880.5086-1.36818.4408-4.17322.3890.03580.8723-0.5483-0.33970.21240.27710.4182-0.1713-0.31310.25830.0179-0.33270.48340.02690.594535.483723.73178.803
113.94640.3611.69820.2691-0.99346.33410.0378-0.5382-0.19650.4835-0.1365-0.33590.501-0.02730.08640.95650.07-0.28460.4310.0160.4131.955121.186422.457
120.7547-0.1195-0.58851.23970.90481.04880.08680.18390.07090.7718-0.0128-0.1492-0.5414-0.0324-0.02580.96510.0306-0.00950.35230.03030.190122.382333.832820.8571
130.15740.15170.15890.93411.08661.2680.0669-0.03890.05730.15220.1535-0.0951-0.09250.201-0.17581.45620.10330.16930.269-0.10570.249819.234941.460532.4734
140.19570.2450.00340.305-0.01950.62520.18740.26230.21990.40540.05150.1345-0.4836-0.12560.0591.30720.1260.22720.44870.08550.139612.681934.541723.1199
150.04760.0420.14660.47990.230.4710.0469-0.08480.1495-0.129-0.01910.0419-0.3589-0.156-0.04171.51180.33810.60190.65040.05340.60780.394143.350228.3707
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 87:92)A87 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 93:114)A93 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 115:135)A115 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 136:139)A136 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 140:154)A140 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 155:161)A155 - 161
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 162:175)A162 - 175
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 176:181)A176 - 181
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 182:199)A182 - 199
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 200:203)A200 - 203
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 204:220)A204 - 220
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 221:259)A221 - 259
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 260:270)A260 - 270
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 271:308)A271 - 308
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 309:324)A309 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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