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- PDB-8a5c: Crystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-1 Y... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8a5c | ||||||
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Title | Crystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-1 Y100L variant | ||||||
![]() | Endonuclease III | ||||||
![]() | LYASE / DNA glycosylase / resistant bacterium / Deinococcus radiodurans / mutations | ||||||
Function / homology | ![]() oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / endonuclease activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Borges, P.T. / Rollo, F. / Moe, E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Disentangling Unusual Catalytic Properties and the Role of the [4Fe-4S] Cluster of Three Endonuclease III from the Extremophile D. radiodurans. Authors: Rollo, F. / Borges, P.T. / Silveira, C.M. / Rosa, M.T.G. / Todorovic, S. / Moe, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 114.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 87.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8a5fC ![]() 8a5gC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27846.938 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 Gene: DR_2438 / Production host: ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-SF4 / | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M bicine pH 9.0, 30% (w/v) PEG 500 MME and 0.1 M sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→44.629 Å / Num. obs: 17563 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 48.37 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.05 Å / Num. unique obs: 2766 / CC1/2: 0.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Endo III-1 wild-type model Resolution: 1.951→44.629 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / Phase error: 31.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 199.34 Å2 / Biso mean: 75.5952 Å2 / Biso min: 20 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.951→44.629 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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