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- PDB-8a5g: Crystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-3 d... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8a5g | ||||||
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Title | Crystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-3 double mutant | ||||||
![]() | Endonuclease III | ||||||
![]() | LYASE / DNA glycosylase / resistant bacterium / Deinococcus radiodurans / Endonuclease / mutations | ||||||
Function / homology | ![]() base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / endonuclease activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Borges, P.T. / Rollo, F. / Moe, E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Disentangling Unusual Catalytic Properties and the Role of the [4Fe-4S] Cluster of Three Endonuclease III from the Extremophile D. radiodurans. Authors: Rollo, F. / Borges, P.T. / Silveira, C.M. / Rosa, M.T.G. / Todorovic, S. / Moe, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 113.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 87.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 14.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8a5cC ![]() 8a5fC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29665.721 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 Gene: DR_0928 / Production host: ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-SF4 / | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.2 M ammonium formate and 2.2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→44.5 Å / Num. obs: 19937 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.99 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.99 Å / Num. unique obs: 3111 / CC1/2: 0.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Endo III-3 wild-type Resolution: 1.89→44.5 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / Phase error: 34.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 99.08 Å2 / Biso mean: 50.4252 Å2 / Biso min: 19.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.89→44.5 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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