PDB-8a5c: Crystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-1 Y...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a5c

タイトル

Crystal structure of Deinococcus radiodurans Endonuclease III-1 Y100L variant

要素

Endonuclease III

キーワード

LYASE / DNA glycosylase / resistant bacterium / Deinococcus radiodurans / mutations

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.951 Å

データ登録者

Borges, P.T. / Rollo, F. / Moe, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: Disentangling Unusual Catalytic Properties and the Role of the [4Fe-4S] Cluster of Three Endonuclease III from the Extremophile D. radiodurans.
著者: Rollo, F. / Borges, P.T. / Silveira, C.M. / Rosa, M.T.G. / Todorovic, S. / Moe, E.

履歴

登録	2022年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a5c.cif.gz	114.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a5c.ent.gz	87.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a5c_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a5c_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8a5c_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	8a5c_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/8a5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a5fC 8a5gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endonuclease III

ヘテロ分子

28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.526, 37.827, 36.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.610, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Endonuclease III 分子量: 27846.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_2438 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RRQ0
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M bicine pH 9.0, 30% (w/v) PEG 500 MME and 0.1 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→44.629 Å / Num. obs: 17563 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 48.37 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.95→2.05 Å / Num. unique obs: 2766 / CC_1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3026	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Endo III-1 wild-type model

解像度: 1.951→44.629 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 31.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2473	1744	9.95 %
R_work	0.1937	15784	-
obs	0.199	17528	96.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 199.34 Å² / B_iso mean: 75.5952 Å² / B_iso min: 20 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.951→44.629 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1882	0	10	7	1899
B_iso mean	-	-	55.53	51.03	-
残基数	-	-	-	-	237

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.951-2.0081	0.3738	136	0.3566	1271	95
2.0081-2.0729	0.3586	144	0.3322	1291	97
2.0729-2.147	0.3249	149	0.2889	1311	97
2.147-2.2329	0.3477	149	0.2767	1287	96
2.2329-2.3345	0.3537	141	0.2688	1319	98
2.3345-2.4576	0.2925	145	0.2485	1309	97
2.4576-2.6116	0.3027	141	0.2326	1321	97
2.6116-2.8132	0.2533	145	0.2326	1315	97
2.8132-3.0962	0.2896	148	0.2312	1333	98
3.0962-3.5441	0.2814	142	0.2158	1310	97
3.5441-4.4645	0.2095	152	0.1628	1341	97
4.4645-44.629	0.2036	152	0.1461	1376	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0217	3.8132	4.2824	3.2729	3.8349	4.7489	-0.0951	0.4408	3.0252	-0.865	0.0092	1.0933	-1.6619	-1.959	0.0684	0.9643	0.187	-0.0415	0.814	0.1655	0.7617	13.5163	25.3152	2.38
2	7.6094	1.7835	-0.3516	2.7418	-3.4124	8.9117	0.2366	-0.1481	0.1962	1.4095	0.9505	0.7877	-0.2679	-1.6977	-0.9579	0.5785	0.1429	0.0896	0.9246	0.0796	0.6941	9.3478	12.2856	10.7923
3	4.2221	-0.6775	4.5697	0.2077	-0.3785	7.8723	0.1471	-0.5948	0.4297	-1.0081	0.55	2.6727	-0.798	-1.372	-0.4947	0.8748	0.0849	-0.329	0.8343	0.0846	1.635	26.0725	-6.6686	9.3997
4	8.4598	0.4608	0.8864	5.0631	-4.2624	3.8412	-0.1749	1.619	-0.1303	-1.5529	0.2794	1.4327	-1.2468	0.0408	-0.092	1.2531	-0.1174	-0.2402	0.9206	-0.0819	1.0994	28.0042	-12.8325	1.2111
5	4.735	4.4244	4.4734	4.2695	3.3594	8.9127	-0.0572	-1.2873	-0.3204	0.1371	-0.2381	-2.1871	0.7955	0.2935	0.2864	0.8395	0.0017	-0.0808	0.6464	-0.0734	1.0916	39.198	-17.7219	11.0298
6	9.2031	5.2555	3.3673	4.9119	3.4322	7.0699	-1.9717	1.4729	0.0255	-3.2883	1.3214	-1.3162	-0.8514	0.6947	0.482	1.273	-0.2897	0.2105	0.7451	-0.0353	0.8713	40.2973	-11.5485	2.342
7	9.535	-3.7319	-1.824	7.8466	4.9135	3.5453	-0.1946	-1.156	-0.2278	2.1106	0.1694	0.1294	1.5793	-0.2695	0.0184	1.0246	-0.0208	-0.2133	0.7976	0.0051	0.5849	36.4121	-2.911	22.2921
8	6.0805	-3.2622	3.212	3.4947	-2.2913	4.3684	0.1491	-0.1803	0.1907	0.0782	-0.0401	-0.2591	0.3548	-0.0513	-0.0746	0.4869	0.0244	-0.0572	0.4217	-0.0136	0.4502	26.847	5.1378	10.3933
9	8.1801	3.7899	-5.1235	8.3327	-5.6903	4.8265	-0.3563	-0.6785	0.5016	0.0054	0.0907	-0.5085	0.4012	0.9175	0.258	0.3794	-0.0056	-0.0179	0.4908	-0.1018	0.4141	22.6373	12.6462	10.2269
10	9.253	-1.1013	5.4421	7.3852	-2.2743	3.6935	0.6948	-1.017	-0.9531	-0.217	0.4447	0.5717	0.1412	-1.5997	-0.975	0.5578	-0.0215	-0.058	0.6857	0.1319	0.5331	14.2071	2.423	7.6715
11	6.6814	-1.0108	-2.0582	7.4824	-0.7569	8.6444	0.3606	0.4735	-0.0604	-0.1757	-0.2433	0.2497	0.0562	-0.8872	-0.1238	0.465	0.0237	-0.1166	0.5942	0.0559	0.4435	7.9255	10.0556	-3.2868
12	8.281	-5.0667	3.5982	8.906	-1.9294	8.3801	-0.2396	1.4198	-0.0884	0.1611	-0.1834	0.3184	0.5989	1.0821	0.3284	0.7105	0.1447	-0.026	0.8139	0.1147	0.4955	14.473	12.2881	-10.0201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 19:26)	A	19 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 27:47)	A	27 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 48:67)	A	48 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 68:80)	A	68 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 81:93)	A	81 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 94:121)	A	94 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 122:139)	A	122 - 139
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 140:185)	A	140 - 185
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 186:209)	A	186 - 209
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 210:221)	A	210 - 221
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 222:245)	A	222 - 245
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 246:255)	A	246 - 255

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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