[日本語] English
万見
- PDB-8a4i: Crystal structure of SALL4 zinc finger cluster 4 with AT-rich DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a4i
タイトルCrystal structure of SALL4 zinc finger cluster 4 with AT-rich DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
  • Sal-like protein 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SALL4 / AT-rich DNA / Okihiro syndrome / transcription factor / stem cell
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of PTEN gene transcription / tissue development / embryonic limb morphogenesis / neural tube development / ventricular septum development / inner cell mass cell proliferation / transcription factor binding / somatic stem cell population maintenance / heterochromatin / neural tube closure ...Regulation of PTEN gene transcription / tissue development / embryonic limb morphogenesis / neural tube development / ventricular septum development / inner cell mass cell proliferation / transcription factor binding / somatic stem cell population maintenance / heterochromatin / neural tube closure / heart development / transcription regulator complex / in utero embryonic development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Sal-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Watson, J.A. / Pantier, R. / Jayachandran, U. / Chhatbar, K. / Alexander-Howden, B. / Kruusvee, V. / Prendecki, M. / Bird, A. / Cook, A.G.
資金援助 英国, European Union, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust200898 英国
Wellcome Trust107930 英国
Wellcome Trust092076 英国
Wellcome Trust203149 英国
European Research Council (ERC)EC 694295 Gen-EpixEuropean Union
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023
タイトル: Structure of SALL4 zinc finger domain reveals link between AT-rich DNA binding and Okihiro syndrome.
著者: Watson, J.A. / Pantier, R. / Jayachandran, U. / Chhatbar, K. / Alexander-Howden, B. / Kruusvee, V. / Prendecki, M. / Bird, A. / Cook, A.G.
履歴
登録2022年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
I: Sal-like protein 4
J: Sal-like protein 4
K: Sal-like protein 4
L: Sal-like protein 4
A: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,14123
ポリマ－62,54512
非ポリマー59611
水724
1
I: Sal-like protein 4
A: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7675
ポリマ－15,6363
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
J: Sal-like protein 4
L: Sal-like protein 4
C: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,28611
ポリマ－23,9524
非ポリマー3357
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: Sal-like protein 4
E: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7675
ポリマ－15,6363
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3212
ポリマ－7,3212
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.026, 66.111, 77.938
Angle α, β, γ (deg.)73.040, 76.433, 76.140
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"
d_7ens_1chain "G"
d_8ens_1chain "H"
d_1ens_2(chain "I" and (resid 882 or (resid 883 through 884...
d_2ens_2(chain "J" and (resid 882 or (resid 883 through 884...
d_3ens_2(chain "L" and (resid 882 or (resid 883 through 884...
d_4ens_2(chain "K" and (resid 882 through 894 or (resid 895...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1DGDCQ
d_21ens_1DGDCR
d_31ens_1DGDCW
d_41ens_1DGDCX
d_51ens_1DGDCS
d_61ens_1DGDCT
d_71ens_1DGDCU
d_81ens_1DGDCV
d_11ens_2CYSTHRA4 - 51
d_21ens_2CYSTHRJ4 - 51
d_31ens_2CYSTHRL5 - 52
d_41ens_2CYSTHRK3 - 50

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999646382242, -0.0257263732518, 0.00672786662022), (-0.000935915833234, -0.218812124489, -0.975766559295), (0.0265750734995, -0.975427807629, 0.218710670916)-12.9756756192, -0.107956880297, 0.315770893804
2given(-0.218178867821, -0.783866075478, 0.581336354747), (-0.270887461289, 0.620922628393, 0.735578053551), (-0.937559579415, 0.00301085762529, -0.347811687244)-5.7193931959, -35.536646093, -26.3202425185
3given(0.237642070305, -0.417864054634, 0.876878485462), (0.272226863557, -0.837911886452, -0.47307103621), (0.932426287263, 0.351131460265, -0.0853692944435)-2.74473416107, -32.0217155345, -14.2505498481
4given(-0.999960438388, -0.00253852030952, 0.00852511427668), (-0.00791749723052, 0.690818745244, -0.722984629475), (-0.00405399758228, -0.723023524607, -0.690811514068)0.103987760263, -6.37835313358, -41.1141530451
5given(0.999912207984, 0.0107698278748, -0.0077192702105), (-0.0125066996302, 0.574652357542, -0.818302053301), (-0.00437707543866, 0.818326755507, 0.574736602655)13.0127986975, -6.47000746926, -41.1353513489
6given(-0.232258071135, -0.747295049795, 0.622580353806), (-0.215181721821, 0.66370118837, 0.71637808394), (-0.948553116587, 0.0324166794758, -0.314954193344)4.97270776707, -26.011617819, 10.0864913076
7given(0.244681210801, -0.399872767368, 0.8833079163), (0.213751952625, -0.866340674299, -0.451402191848), (0.945749019471, 0.299258426738, -0.126503700328)8.12151568541, -22.8425622746, 22.5085260954
8given(-0.199437136637, -0.760425983769, 0.618043001529), (-0.235115206766, 0.649423702865, 0.723166435687), (-0.951286322869, -0.00108506484987, -0.308306916168)-5.75883418372, -35.572346257, -25.94134871
9given(0.240111708791, -0.336996436689, 0.910373422811), (0.290309659832, -0.869961611367, -0.398606442692), (0.926318880683, 0.360000272786, -0.111054648188)-2.27685433382, -32.256719371, -14.0442652515
10given(-0.998370143756, -0.0146280830711, 0.0551640756564), (-0.0509370236459, 0.664324712022, -0.745706441316), (-0.0257386029042, -0.747300940842, -0.663987069255)0.10423909061, -6.51399495124, -41.2454306039

-
要素

#1: タンパク質
Sal-like protein 4 / Zinc finger protein SALL4


分子量: 8315.446 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sall4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BX22
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*C)-3')


分子量: 3660.428 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50 mM MES pH 6.0, 20 % PEG 3350, 60 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.2822 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→73.367 Å / Num. obs: 6179 / % possible obs: 0.7709 % / 冗長度: 3.28 % / Biso Wilson estimate: 39.02 Å2 / CC1/2: 0.8902 / Rmerge(I) obs: 0.452 / Rrim(I) all: 0.541 / Net I/σ(I): 3.122
反射 シェル解像度: 2.76→3.337 Å / 冗長度: 3.07 % / Rmerge(I) obs: 0.906 / Mean I/σ(I) obs: 1.903 / Num. unique obs: 309 / CC1/2: 0.669 / Rrim(I) all: 1.1 / % possible all: 0.2832

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IDEAL DNA

解像度: 2.76→73.367 Å / SU ML: 0.3502 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 24.2427
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 332 5.37 %
Rwork0.2473 5847 -
obs0.2476 6179 33.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→73.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1405 1944 11 4 3364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00583612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8255301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.39141344
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.72055848297
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.705708834336
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.681874362767
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.417581330648
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.563226600794
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.684432535158
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.723275419046
ens_2d_2IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.726137099328
ens_2d_3IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.772199713001
ens_2d_4IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.746391726294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-3.480.3897320.3498454X-RAY DIFFRACTION5.32
3.48-73.3670.24313000.24095393X-RAY DIFFRACTION62.14

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る