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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a4d | ||||||
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タイトル | 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase from Pseudomonas aeruginosa with a thiamine analog inhibitor | ||||||
要素 | 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / chlorophyll biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Hamid, R. / Hirsch, A. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase from Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae reveals conformational changes upon cofactor binding. 著者: Hamid, R. / Adam, S. / Lacour, A. / Monjas, L. / Kohnke, J. / Hirsch, A.K.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a4d.cif.gz | 2.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a4d.ent.gz | 1.5 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a4d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a4d_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a4d_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a4d_validation.xml.gz | 132.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a4d_validation.cif.gz | 195.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a4d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 67223.375 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌) 株: LESB58 / 遺伝子: dxs, PLES_09321 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B7V7R4, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase |
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-非ポリマー , 6種, 2128分子
#2: 化合物 | ChemComp-26G / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM HEPES, 12% PEG-8000 and 200mM calcium acetate / PH範囲: 7.5-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→48.71 Å / Num. obs: 216634 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 25.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1092 / Net I/σ(I): 6.86 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.279 Å / Rmerge(I) obs: 0.5661 / Num. unique obs: 18546 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ouv 解像度: 2.2→48.54 Å / SU ML: 0.2667 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0503 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -29.5401759841 Å / Origin y: 10.2535292081 Å / Origin z: -23.042468879 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |