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- PDB-8a46: Crystal structure of the human Kelch domain of Keap1 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a46
タイトルCrystal structure of the human Kelch domain of Keap1 in complex with compound S217879
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / master regulator of cellular resistance to oxidants
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity ...cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / inclusion body / regulation of autophagy / actin filament / adherens junction / disordered domain specific binding / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein ubiquitination / negative regulation of gene expression / focal adhesion / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L5F / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.323 Å
データ登録者Weber, C. / Vuillard, L. / Delerive, P. / Miallau, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: JHEP Rep / 年: 2023
タイトル: Selective disruption of NRF2-KEAP1 interaction leads to NASH resolution and reduction of liver fibrosis in mice.
著者: Seedorf, K. / Weber, C. / Vinson, C. / Berger, S. / Vuillard, L.M. / Kiss, A. / Creusot, S. / Broux, O. / Geant, A. / Ilic, C. / Lemaitre, K. / Richard, J. / Hammoutene, A. / Mahieux, J. / ...著者: Seedorf, K. / Weber, C. / Vinson, C. / Berger, S. / Vuillard, L.M. / Kiss, A. / Creusot, S. / Broux, O. / Geant, A. / Ilic, C. / Lemaitre, K. / Richard, J. / Hammoutene, A. / Mahieux, J. / Martiny, V. / Durand, D. / Melchiore, F. / Nyerges, M. / Paradis, V. / Provost, N. / Duvivier, V. / Delerive, P.
履歴
登録2022年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3682
ポリマ－33,7761
非ポリマー5931
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.373, 103.373, 55.712
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 33775.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物 ChemComp-L5F / 2-[(1S,2R,8S)-2,4,32-trimethyl-28,28-bis(oxidanylidene)-19,22,27-trioxa-28$l^{6}-thia-1,14,15,16-tetrazahexacyclo[21.5.3.1^{3,7}.1^{9,13}.0^{12,16}.0^{26,30}]tritriaconta-3(33),4,6,9(32),10,12,14,23,25,30-decaen-8-yl]ethanoic acid


分子量: 592.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H32N4O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M (NH4)2SO4 , 1.05M Li2SO4, 0.1M Sodium citrate pH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.323→89.54 Å / Num. obs: 61340 / % possible obs: 77.5 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.323→1.404 Å / Rmerge(I) obs: 1.716 / Num. unique obs: 3006 / CC1/2: 0.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house

解像度: 1.323→89.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU R Cruickshank DPI: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.064 / SU Rfree Blow DPI: 0.06 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.06
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2068 3036 -RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.1986 61340 77.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.288 Å20 Å20 Å2
2--0.288 Å20 Å2
3----0.5759 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.323→89.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2213 0 42 161 2416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082506HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.033496HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d834SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes509HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2444HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion295SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2206SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.95
LS精密化 シェル解像度: 1.323→1.37 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 3036 4.95 %
Rwork0.1982 61340 -
obs--77.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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