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- PDB-8a3k: X-ray crystal structure of a de novo designed single-chain antipa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a3k
タイトルX-ray crystal structure of a de novo designed single-chain antiparallel 4-helix coiled-coil bundle, sc-apCC-4
要素sc-apCC-4
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled coil / 4-helix bundle / de novo protein design
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Albanese, K.I. / Mylemans, B. / Naudin, E.A. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S002820/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V006231/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V004220/1 英国
Max Planck Bristol Centre for Minimal Biology - University of Bristol 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022
タイトル: From peptides to proteins: coiled-coil tetramers to single-chain 4-helix bundles.
著者: Naudin, E.A. / Albanese, K.I. / Smith, A.J. / Mylemans, B. / Baker, E.G. / Weiner, O.D. / Andrews, D.M. / Tigue, N. / Savery, N.J. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
UNK: sc-apCC-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2891
ポリマ－15,2891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.082, 38.856, 56.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.884, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 sc-apCC-4


分子量: 15288.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.02 M 1,6-hexanediol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M (RS)-1,2- propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9253 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9253 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→31.85 Å / Num. obs: 7661 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 47.31 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.024 / Χ2: 0.68 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 547 / CC1/2: 0.663 / Rpim(I) all: 0.673 / Χ2: 1.11 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apCC-Tet*

解像度: 2→31.85 Å / SU ML: 0.2844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 41.0321
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 345 4.51 %
Rwork0.2364 7306 -
obs0.2385 7651 92.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数823 0 0 0 823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83021132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3283255
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.520.29081460.27223696X-RAY DIFFRACTION94.14
2.52-31.850.27361990.22923610X-RAY DIFFRACTION91.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.97564632084-1.733491425211.156395434115.96956408611-2.458478491834.2715291418-0.112608775664-0.192763854565-0.02808932798040.5523135555860.0274035120048-0.232229804084-0.0933505519690.08661413873570.07905865703050.422934302258-0.0496555501764-0.1520991918680.237747882727-0.01146639747510.5678031185193.94174509904-2.57929035847-14.6622690393
21.107127882381.90440795664-0.9145220327453.28328928771-1.540380750051.602694240540.04562287100510.191193452031.068654174890.0521111620476-0.265165533791.21981872031-0.865202270809-1.046781769950.179440648330.6837441902960.191081970958-0.1142061093570.3753804678990.1031315618170.95334655454-2.9113379497212.9354936287-29.9904102929
32.722866851130.2478475429721.114631505377.233871139854.877023554573.617262689240.278177754258-0.0161379452135-0.1890196759230.6289703944880.525148623912-0.9280567514441.239913782430.878221757144-0.6545228251370.957679522369-0.16981507975-0.4213792249750.6474035288270.1725955280041.2253287849517.4776656778-18.0583133446-4.12345185152
40.191488565185-0.802072764511.369335074483.34040299681-5.705597825689.74261563393-0.22028764648-0.3425196573420.213870959481-0.143224392392-0.2510051878650.487192826617-1.52354386181-0.6392168085480.4017381129661.144868710130.147346650037-0.09315099520420.859494347835-0.242218657711.23741693505-8.3959648796815.229099027-21.6180914003
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: UNK / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 0 through 29 or resid 37 through 63 or resid 70 through 97 or resid 104 through 130 )0 - 1301 - 127
22chain 'C' and (resid 30 through 36 )30 - 3631 - 37
33chain 'C' and (resid 66 through 69 )66 - 6965 - 68
44chain 'C' and (resid 100 through 103 )100 - 10397 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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