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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a3b | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mouse Pannexin 1 purified in Salipro nanoparticles | ||||||
要素 | Pannexin-1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Membrane transporter / ATP-release channel / inflammation / immune function | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Electric Transmission Across Gap Junctions / The NLRP3 inflammasome / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / bleb / wide pore channel activity / gap junction / gap junction channel activity / positive regulation of macrophage cytokine production / response to ATP ...Electric Transmission Across Gap Junctions / The NLRP3 inflammasome / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / bleb / wide pore channel activity / gap junction / gap junction channel activity / positive regulation of macrophage cytokine production / response to ATP / monoatomic cation transport / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / calcium channel activity / calcium ion transport / actin filament binding / cell-cell signaling / actin binding / scaffold protein binding / protease binding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Drulyte, I. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023 タイトル: Direct cell extraction of membrane proteins for structure-function analysis. 著者: Ieva Drulyte / Aspen Rene Gutgsell / Pilar Lloris-Garcerá / Michael Liss / Stefan Geschwindner / Mazdak Radjainia / Jens Frauenfeld / Robin Löving / 要旨: Membrane proteins are the largest group of therapeutic targets in a variety of disease areas and yet, they remain particularly difficult to investigate. We have developed a novel one-step approach ...Membrane proteins are the largest group of therapeutic targets in a variety of disease areas and yet, they remain particularly difficult to investigate. We have developed a novel one-step approach for the incorporation of membrane proteins directly from cells into lipid Salipro nanoparticles. Here, with the pannexin1 channel as a case study, we demonstrate the applicability of this method for structure-function analysis using SPR and cryo-EM. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a3b.cif.gz | 325.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a3b.ent.gz | 264.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a3b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a3b_validation.pdf.gz | 982.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a3b_full_validation.pdf.gz | 991.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8a3b_validation.xml.gz | 57.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a3b_validation.cif.gz | 85.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15110MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50475.434 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Panx1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293 / 参照: UniProt: Q9JIP4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Salipro-mPANX1 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.353 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Expi293 |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES at pH 7.5, 150 mM NaCl |
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Grids were glow-discharged using 20 mAmp current for 45 sec and charge set to positive. グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: To overcome preferred orientation, 0.5 mM fluorinated Fos-Choline 8 was added to the sample just before the grid freezing. Blot parameter: blot force +20, blot time 10 s, waiting time 30s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS 詳細: Titan Krios G4 was used with fringe-free imaging and aberration-free image shifts. Nominal pixel size for 165kx 0.75 A, calibrated pixel size 0.727 A. |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4.16 sec. / 電子線照射量: 40.24 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7955 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1314251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268823 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL |