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- PDB-8a3b: Cryo-EM structure of mouse Pannexin 1 purified in Salipro nanopar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a3b
タイトルCryo-EM structure of mouse Pannexin 1 purified in Salipro nanoparticles
要素Pannexin-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane transporter / ATP-release channel / inflammation / immune function
機能・相同性
機能・相同性情報


Electric Transmission Across Gap Junctions / The NLRP3 inflammasome / ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / monoatomic anion transmembrane transport / wide pore channel activity / bleb / monoatomic anion channel activity ...Electric Transmission Across Gap Junctions / The NLRP3 inflammasome / ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / monoatomic anion transmembrane transport / wide pore channel activity / bleb / monoatomic anion channel activity / gap junction / gap junction channel activity / response to ATP / monoatomic cation transport / response to ischemia / positive regulation of cytokine production / positive regulation of interleukin-1 beta production / calcium channel activity / actin filament binding / calcium ion transport / cell-cell signaling / actin binding / protease binding / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pannexin / Innexin / Innexin / Pannexin family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Drulyte, I.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Direct cell extraction of membrane proteins for structure-function analysis.
著者: Ieva Drulyte / Aspen Rene Gutgsell / Pilar Lloris-Garcerá / Michael Liss / Stefan Geschwindner / Mazdak Radjainia / Jens Frauenfeld / Robin Löving /
要旨: Membrane proteins are the largest group of therapeutic targets in a variety of disease areas and yet, they remain particularly difficult to investigate. We have developed a novel one-step approach ...Membrane proteins are the largest group of therapeutic targets in a variety of disease areas and yet, they remain particularly difficult to investigate. We have developed a novel one-step approach for the incorporation of membrane proteins directly from cells into lipid Salipro nanoparticles. Here, with the pannexin1 channel as a case study, we demonstrate the applicability of this method for structure-function analysis using SPR and cryo-EM.
履歴
登録2022年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pannexin-1
B: Pannexin-1
C: Pannexin-1
D: Pannexin-1
E: Pannexin-1
F: Pannexin-1
G: Pannexin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,3287
ポリマ－353,3287
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Pannexin-1


分子量: 50475.434 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Panx1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293 / 参照: UniProt: Q9JIP4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Salipro-mPANX1 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.353 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Expi293
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES at pH 7.5, 150 mM NaCl
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Grids were glow-discharged using 20 mAmp current for 45 sec and charge set to positive.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: To overcome preferred orientation, 0.5 mM fluorinated Fos-Choline 8 was added to the sample just before the grid freezing. Blot parameter: blot force +20, blot time 10 s, waiting time 30s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Titan Krios G4 was used with fringe-free imaging and aberration-free image shifts. Nominal pixel size for 165kx 0.75 A, calibrated pixel size 0.727 A.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.16 sec. / 電子線照射量: 40.24 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7955
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2EPU2.X画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.3モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12REFMAC5.8３次元再構成
13ISOLDE1.3モデル精密化
14REFMAC5.8モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1314251
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268823 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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