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万見
- PDB-8a37: Crystal structure of PpSB1-LOV-K117E mutant (dark state), tetrago... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a37
タイトルCrystal structure of PpSB1-LOV-K117E mutant (dark state), tetragonal form
要素Sensory box protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / LOV domain / short LOV / PAS domain / Photocycle / Dimerization / Signaling blue light photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Sensory box protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Batra-Safferling, R. / Granzin, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchFKZ 031A16 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PpSB1-LOV-K117E mutant (dark state), tetragonal form
著者: Batra-Safferling, R. / Granzin, J. / Krauss, U.
履歴
登録2022年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory box protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1803
ポリマ－18,6181
非ポリマー5622
水1,56787
1
A: Sensory box protein
ヘテロ分子

A: Sensory box protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3606
ポリマ－37,2362
非ポリマー1,1254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.032, 65.032, 95.334
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-609-

HOH

21A-654-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Sensory box protein


分子量: 18617.764 Da / 分子数: 1 / 変異: K117E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: K117E ENGINEERED MUTATION
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440
遺伝子: PP_4629
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q88E39
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M di-Sodium phosphate, 20 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→47.67 Å / Num. obs: 16542 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 39.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.91→1.95 Å / 冗長度: 11.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1087 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.357 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.19rc6_4061精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J3W

5j3w


解像度: 1.91→41.42 Å / SU ML: 0.2138 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3202
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2236 791 4.81 %
Rwork0.1917 15661 -
obs0.1932 16452 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→41.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1081 0 38 87 1206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00331138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60731535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0457162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7607451
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-2.060.32931520.25143031X-RAY DIFFRACTION99.04
2.06-2.260.27651640.2123062X-RAY DIFFRACTION99.81
2.26-2.590.23311600.20553098X-RAY DIFFRACTION99.94
2.59-3.270.22141500.21093148X-RAY DIFFRACTION100
3.27-41.420.2071650.17293322X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.035619671580.8180471102090.2162539281125.323976102491.044949078824.545905970930.05377765719470.0506074815568-0.135309221287-0.1237271282250.2501165615010.2271629945090.566895824272-0.11552290923-0.3701994477140.337246278638-0.0164623883141-0.04113514331230.3284187223420.02415540199040.307724121587-23.9468936852-18.29027355373.0253793575
24.233403954940.212685898605-1.696035773922.73611609409-1.139048893143.22093161465-0.02281074938010.4704865337550.0168970021266-0.02758641822640.105868724670.3121616540640.102944306295-0.715150182521-0.0278444566440.304499747701-0.03556826124310.006151134917520.4848910093550.01276117810650.347745527461-17.2864721252-13.7706995353-13.0115810916
33.770288777440.522954465001-1.53726435752.18128464610.05146083487623.5467481050.2087244881480.2994396146470.207064036078-0.115119066992-0.123334662907-0.0109166918608-0.1447976075-0.228716969714-0.09123023161490.2814877043270.009692957099320.03759597106480.3789591245010.02374327780680.320037255903-6.13071234689-12.5680906469-16.2554810535
40.639232422938-0.5656827749170.3383059030220.632309903406-0.874055320273.241761857380.757682521923-0.555650868176-0.733524795948-0.738705283957-0.241249563997-0.01328022958631.90248855166-0.777232475125-0.3149589935850.94278726773-0.179374951887-0.08632590741570.7844991790010.0640309597950.812698712172-15.477079595-32.8477827861-10.7071533964
52.64903572481-0.478670480741-1.001332982125.58808487393-0.8126335501673.27016190704-0.21238265297-0.02590751466030.02961125690740.01774593903660.5100118596430.1398206506430.1726766639560.0208293636725-0.3151392165530.332703750018-0.00690501146680.06689007707170.380112914508-0.01743759148160.369969583431-9.94441514089-14.9938051067-8.36757888098
64.803699938991.203812816970.7342268384381.517792485990.5640919574441.82619529580.562491693065-0.7855806191831.211622158890.834739049703-0.181263321993-0.509681334157-1.181235550010.743066557467-0.2409415212390.890385738585-0.1557533734990.05066070796920.560648229949-0.08871989904230.950324461244.204950609394.01233785036-4.74034835652
71.87074079242-1.38368819203-1.061103736031.94134662482.636892943614.552312164020.416240538660.1329502679380.122476135396-0.253716753364-0.126805467180.359473140058-0.532006969316-0.000375291871149-0.1705855024770.329657153276-0.0399786611660.03202347476760.536210256318-0.03525859891710.370842597103-7.90541195222-15.4660994622-17.4645466144
81.999876465115.115072632822.000417395219.788450252789.427293668951.99921283013-10.2787772632-5.143528172518.4735116553-6.46991194594-2.8828049638111.551198546-6.76895326763-3.1740043228513.2818166340.6612520785010.0896865155396-0.6814282857470.902786615849-0.02557697753490.481493871247-9.77478792475-2.90722728396-24.579443582
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 13 )A1 - 131 - 13
22chain 'A' and (resid 14 through 48 )A14 - 4814 - 48
33chain 'A' and (resid 49 through 101 )A49 - 10149 - 101
44chain 'A' and (resid 102 through 110 )A102 - 110102 - 110
55chain 'A' and (resid 111 through 119 )A111 - 119111 - 119
66chain 'A' and (resid 120 through 133 )A120 - 133120 - 133
77chain 'A' and (resid 500 through 500 )B500
88chain 'A' and (resid 501 through 501 )C501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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