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Yorodumi- PDB-8a37: Crystal structure of PpSB1-LOV-K117E mutant (dark state), tetrago... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8a37 | ||||||
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Title | Crystal structure of PpSB1-LOV-K117E mutant (dark state), tetragonal form | ||||||
Components | Sensory box protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / LOV domain / short LOV / PAS domain / Photocycle / Dimerization / Signaling blue light photoreceptor | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida KT2440 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.91 Å | ||||||
Authors | Batra-Safferling, R. / Granzin, J. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of PpSB1-LOV-K117E mutant (dark state), tetragonal form Authors: Batra-Safferling, R. / Granzin, J. / Krauss, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8a37.cif.gz | 89.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8a37.ent.gz | 54.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8a37.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8a37_validation.pdf.gz | 747 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8a37_full_validation.pdf.gz | 747.5 KB | Display | |
Data in XML | 8a37_validation.xml.gz | 8.2 KB | Display | |
Data in CIF | 8a37_validation.cif.gz | 10.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a37 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5j3wS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18617.764 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K117E Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: K117E ENGINEERED MUTATION / Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida KT2440 (bacteria) Strain: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440 Gene: PP_4629 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q88E39 |
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#2: Chemical | ChemComp-FMN / |
#3: Chemical | ChemComp-PEG / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.2 M di-Sodium phosphate, 20 % (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 9, 2018 |
Radiation | Monochromator: Silicon (1 1 1) channel-cut / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.91→47.67 Å / Num. obs: 16542 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 39.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 21.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.91→1.95 Å / Redundancy: 11.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1087 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.357 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5J3W Resolution: 1.91→41.42 Å / SU ML: 0.2138 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.3202 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.91→41.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A
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