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- PDB-8a35: NaK C-DI mutant with Rb+ and Na+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a35
タイトルNaK C-DI mutant with Rb+ and Na+
要素Potassium channel protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL / PROKARYOTE / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
RUBIDIUM ION / Potassium channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Minniberger, S. / Plested, A.J.R.
資金援助European Union, ドイツ, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)647895European Union
German Research Foundation (DFG)fg-2518 291198853 ドイツ
German Research Foundation (DFG)323514590 ドイツ
German Research Foundation (DFG)446182550 ドイツ
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Asymmetry and Ion Selectivity Properties of Bacterial Channel NaK Mutants Derived from Ionotropic Glutamate Receptors.
著者: Minniberger, S. / Abdolvand, S. / Braunbeck, S. / Sun, H. / Plested, A.J.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2022年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,73217
ポリマ－21,4712
非ポリマー1,26115
水30617
1
A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,75628
ポリマ－42,9434
非ポリマー1,81324
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
2
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,17440
ポリマ－42,9434
非ポリマー3,23136
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area11410 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.062, 68.062, 90.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

RB

21A-202-

RB

31A-205-

NA

41A-206-

NA

51B-201-

RB

61B-202-

RB

71B-208-

NA

81B-209-

NA

-
要素

#1: タンパク質 Potassium channel protein


分子量: 10735.706 Da / 分子数: 2 / 変異: D66C G67- N68D F69I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: BC_0669 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEBExpress Iq / 参照: UniProt: Q81HW2
#2: 化合物
ChemComp-RB / RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン


分子量: 85.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 % / 解説: thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES (NaOH) pH 7.5, 5% PEG 4000, 30% MPD (2-Methyl-2,4-pentanediol racemate)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.815 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.815 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→34.03 Å / Num. obs: 24525 / % possible obs: 96.45 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 48.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 12.43
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 2442 / CC1/2: 0.41 / CC star: 0.763 / Rpim(I) all: 0.6391 / % possible all: 96.71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PHENIX1.18.1_3865精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 3.0E+86 / 解像度: 2.05→34.03 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 35.66 / 位相誤差: 27.181
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: twin refinement: twin law: -h,k,-l
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1278 5.21 %
Rwork0.1923 23247 -
obs0.2147 24525 96.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1409 0 64 17 1490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53852035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0405260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.8879194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.130.33461380.34112582X-RAY DIFFRACTION89.72
2.13-2.230.33741330.31692504X-RAY DIFFRACTION90.89
2.23-2.340.32241340.30312572X-RAY DIFFRACTION90.63
2.35-2.490.31621380.28172627X-RAY DIFFRACTION92.96
2.49-2.680.25441390.23352625X-RAY DIFFRACTION92.14
2.68-2.950.24251330.22762568X-RAY DIFFRACTION90.87
2.96-3.380.21451410.20262647X-RAY DIFFRACTION93.24
3.38-4.260.18451330.18322562X-RAY DIFFRACTION90.85
4.26-34.030.22721400.19642609X-RAY DIFFRACTION91.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.066493388720.23100893543-0.2341499556651.567675570990.01515171747233.14880238381-0.1242450847180.289345958894-0.548040485419-0.3161381907090.103487034058-0.1392077120110.0469894832956-0.5139847485390.05209622654610.301793135942-0.0488655733172-0.006061583366720.389175243452-0.1307019055930.76618831399521.827674685419.31530291925.67024637592
22.417295282650.2873509986590.2486943071843.788992627451.353909177584.61598799936-0.1627637290520.2611631452780.187149804185-0.09446278911880.8509165942970.799700426201-0.275434727251.24067066943-0.6100557954690.3878600780980.0122470506856-0.03615052146460.421304503258-0.1104142929360.70070184222727.127759246422.8701371283-2.14829450644
31.34174016022-0.6491632121671.050653209450.9597227523-0.9978286853671.194179940740.3076924964010.0219136319432-0.342767580644-0.413356353358-0.02813411321680.02420155466360.3589729148460.00027431536609-0.168939957030.3429587438130.0415825019158-0.05552804601240.393185863351-0.05257889696360.65289004868629.406090596425.49384903178.12388955966
40.352448703984-0.254759404646-0.7224613298870.7744507427910.8519022072895.27203188838-0.5512434956090.0263747331121-0.0991070910824-0.181508448331-0.5454116706490.547151764616-0.2096283643120.01147896290471.017303708340.386711266015-0.0418963035683-0.01205417751840.3525034833820.06821114741080.77764932373919.27515411934.276703834562.50172108772
50.4987834191890.03151485813580.2409072518420.8666938098030.1659520627570.616165087012-0.160729832274-0.1559401587990.5231628544790.0310281972104-0.1935045034030.2994949972250.005109712645320.02149577798580.2322023870420.3090011598510.0205276319517-0.04116165831080.3297061567450.01303749990630.60169133796711.04105981453.2266510970314.8185306937
61.955471971710.449796060866-0.05129297400011.467020165270.8292960338921.56360141857-0.1960845253730.374791700648-0.323755149631-0.5741886348620.004032306869860.340772639774-0.3234787579520.2013689828250.04810578339780.376971325583-0.03090840669320.02829379627660.3690772281110.04936488577540.7885255427149.908958531865.885241321752.12829651337
72.534752736571.052342256520.3761732209591.947556797391.214131832543.87987527399-0.152534802555-0.299586512534-0.06285973347210.08177421678650.1342362107580.400768330875-0.551574396525-0.403027410693-0.09153326652410.5467338544420.09591776758320.04645820045510.737458096168-0.07505050889560.51333192733712.1974950723-14.7895985269-10.1506103704
81.869227561190.679996765179-0.6608548563851.44184062635-0.6488117849170.3749051091660.2397940569-0.25995842662-0.0212542257394-0.119469527655-0.00430849579436-0.34952322175-0.1418180589230.374640040119-0.09886732698170.3071199890260.01144339926210.288241700521.63827416757-0.6209109089531.286158718999.38694547069-24.2218257405-12.2559105728
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 20 through 49 )AA20 - 491 - 30
22chain 'A' and (resid 50 through 61 )AA50 - 6131 - 42
33chain 'A' and (resid 62 through 112 )AA62 - 11243 - 93
44chain 'B' and (resid 22 through 44 )BB22 - 441 - 23
55chain 'B' and (resid 45 through 72 )BB45 - 7224 - 51
66chain 'B' and (resid 73 through 100 )BB73 - 10052 - 79
77chain 'B' and (resid 101 through 107 )BB101 - 10780 - 86
88chain 'B' and (resid 108 through 112 )BB108 - 10987 - 88

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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