+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7oq1 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | NaK S-ELM mutant with Na+ and K+ | |||||||||||||||
![]() | Potassium channel protein | |||||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL / PROKARYOTE / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / identical protein binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Minniberger, S. / Plested, A.J.R. | |||||||||||||||
Funding support | European Union, ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Asymmetry and Ion Selectivity Properties of Bacterial Channel NaK Mutants Derived from Ionotropic Glutamate Receptors. Authors: Minniberger, S. / Abdolvand, S. / Braunbeck, S. / Sun, H. / Plested, A.J.R. #1: Journal: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | |||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 157.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 105.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7oorC ![]() 7oouC ![]() 7ophC ![]() 7oq2C ![]() 7pa0C ![]() 8a35C ![]() 8a7xC ![]() 3e86S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 10777.784 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D66S G67- N68E F69L S70M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 Gene: BC_0669 / Plasmid: pQE60 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 7 types, 68 molecules ![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MPD / ( #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Chemical | ChemComp-MRD / ( | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.8 % / Description: thin plates |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 100 mM HEPES (NaOH) pH 7.5, 47% MPD (2-Methyl-2,4-pentanediol racemate) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 9, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→59.45 Å / Num. obs: 15103 / % possible obs: 99.06 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 24.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03287 / Rpim(I) all: 0.03287 / Rrim(I) all: 0.04648 / Net I/σ(I): 11.46 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.916 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4445 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1357 / CC1/2: 0.693 / CC star: 0.905 / Rpim(I) all: 0.4445 / Rrim(I) all: 0.6286 / % possible all: 91.07 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→59.45 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|