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万見
- PDB-8a1f: Human PTPRK N-terminal domains MAM-Ig-FN1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a1f
タイトルHuman PTPRK N-terminal domains MAM-Ig-FN1
要素Receptor-type tyrosine-protein phosphatase kappa
キーワードCELL ADHESION / Receptor phosphatase / homophilic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / gamma-catenin binding / leading edge membrane / focal adhesion assembly / protein localization to cell surface / protein dephosphorylation / negative regulation of cell cycle / sperm head-tail coupling apparatus / negative regulation of keratinocyte proliferation / protein-tyrosine-phosphatase ...transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / gamma-catenin binding / leading edge membrane / focal adhesion assembly / protein localization to cell surface / protein dephosphorylation / negative regulation of cell cycle / sperm head-tail coupling apparatus / negative regulation of keratinocyte proliferation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / cellular response to reactive oxygen species / adherens junction / centriole / EGFR downregulation / beta-catenin binding / neuron projection development / cell-cell junction / cellular response to UV / cell junction / cell migration / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase U Fn3 domain / MAM domain signature. / : / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. ...: / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase U Fn3 domain / MAM domain signature. / : / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / Jelly Rolls - #200 / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase kappa
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hay, I.M. / Graham, S.C. / Sharpe, H.J. / Deane, J.E.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust109407/Z/15/Z 英国
Wellcome Trust219447/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Determinants of receptor tyrosine phosphatase homophilic adhesion: Structural comparison of PTPRK and PTPRM extracellular domains.
著者: Hay, I.M. / Shamin, M. / Caroe, E.R. / Mohammed, A.S.A. / Svergun, D.I. / Jeffries, C.M. / Graham, S.C. / Sharpe, H.J. / Deane, J.E.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase kappa
B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase kappa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,61310
ポリマ－82,7942
非ポリマー2,8198
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.790, 93.862, 181.737
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 32 through 387 or resid 1005 through 1006 or resid 1009 through 2001))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 32 through 220 or resid 226...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERTHRA2 - 352
d_12ens_1NAGNAGE
d_13ens_1NAGNAGF
d_14ens_1NAGNAGI
d_21ens_1SERGLYK1 - 189
d_22ens_1ASNTHRK191 - 352
d_23ens_1NAGNAGE
d_24ens_1NAGNAGF
d_25ens_1NAGNAGB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.0685288151742, -0.9899693746, -0.123549337693), (-0.991234028204, 0.0535426248905, 0.120781988106), (-0.112955313385, 0.130743354222, -0.984960543628)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0685288151742, -0.9899693746, -0.123549337693), (-0.991234028204, 0.0535426248905, 0.120781988106), (-0.112955313385, 0.130743354222, -0.984960543628)
ベクター: 69.738330351, 60.8156952245, 45.3886862288)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase kappa / Protein-tyrosine phosphatase kappa / R-PTP-kappa


分子量: 41397.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRK, PTPK / 細胞株 (発現宿主): HEK293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15262, protein-tyrosine-phosphatase

-
糖 , 5種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES, pH 7, 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→79.05 Å / Num. obs: 30882 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 111.24 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 1502 / CC1/2: 0.561

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
DIALSデータスケーリング
Cootモデル構築
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V5Y

2v5y


解像度: 3→60.46 Å / SU ML: 0.4045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3765
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2738 1626 5.28 %
Rwork0.2277 29183 -
obs0.23 30809 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 116.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→60.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5543 0 185 2 5730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00325873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7358008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472907
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00661039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.93082193
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.9815483003 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.090.33871260.30272366X-RAY DIFFRACTION99.36
3.09-3.190.38331130.37262416X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.30.48821290.3562416X-RAY DIFFRACTION99.96
3.3-3.430.38991640.2932352X-RAY DIFFRACTION99.92
3.43-3.590.3341400.24472412X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.780.28131280.24062432X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.010.26871480.25622393X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.320.26171520.19262390X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.760.20451250.17622469X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.450.18231340.17942445X-RAY DIFFRACTION100
5.45-6.860.27741220.22552497X-RAY DIFFRACTION100
6.86-60.460.2931450.23892595X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.231315992622.0679104043-2.428901374554.191879524-2.534808665058.00277538919-0.2296107110090.01669073461390.032218277328-0.07558773072090.1954101519050.09768041219330.08923609576450.146713405333-0.009933343168230.5657787747030.0535277346734-0.03208978903490.488949289998-0.1469391085730.70325896297510.155228847113.195763142651.1070221496
29.425727300046.59108395226-2.704582669054.86151648006-2.165546880962.898490431040.584401942316-1.037454668920.3754875698060.766051467288-0.924669616886-0.138338032376-0.63911577450.7688281004450.2616876773521.36645430051-0.597432901962-0.2578663564881.33580974460.1915845167051.008171377147.711403719247.563426969625.672123049
33.139042449512.21937536481-2.777738396125.31270396861-4.061515934537.451330461630.288570568295-0.210189788522-0.003023904113110.230903378112-0.317005587805-0.0948500361490.2551081768860.377883428149-0.01753722923880.5802496512490.0327706734887-0.1682607706620.6386680212410.02713304308720.73919773138849.712584394957.6175041838-4.35731937525
48.178869788817.3057574748-2.8809707476.89401126513-2.407236873086.33005628229-0.7311383366830.6165067451950.413551289706-0.9650056606730.5693699961230.41216023540.149468891171-0.2500951144450.1677516074390.992380630597-0.245936250721-0.04958329676530.800565130367-0.02214777695920.86610181037316.386473890219.745095909520.5222210061
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 31 through 289 )AA31 - 2891 - 254
22chain 'A' and (resid 290 through 388 )AA290 - 388255 - 353
33chain 'B' and (resid 32 through 289 )BK32 - 2891 - 254
44chain 'B' and (resid 290 through 387 )BK290 - 387255 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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