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- PDB-8a1b: TraI trans-esterase domain from pKM101 (apo) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a1b
タイトルTraI trans-esterase domain from pKM101 (apo)
要素TraI
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Relaxase / Trans-esterase
機能・相同性Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / : / TraI
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Breidenstein, A. / Berntsson, R.P.-A.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Swedish Research Council2016-03599 スウェーデン
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023
タイトル: Structural and functional characterization of TraI from pKM101 reveals basis for DNA processing.
著者: Breidenstein, A. / Ter Beek, J. / Berntsson, R.P.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TraI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1196
ポリマ－34,7531
非ポリマー3675
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.166, 80.628, 90.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 TraI


分子量: 34752.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: traI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9Z5Q2
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG 4000, 20% glycerol, 0.03M MgCl2, 0.03M CaCl, 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.974 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→60.22 Å / Num. obs: 33141 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.42
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / Num. unique obs: 3253 / CC1/2: 0.782

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
AutoProcessGrenADESdata processing
PHENIX1.20.1_4487位相決定
Coot0.9.6モデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L6T

3l6t


解像度: 1.7→60.22 Å / SU ML: 0.2279 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4816
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1946 1706 5.15 %
Rwork0.1735 31432 -
obs0.1746 33138 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→60.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2351 0 20 198 2569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01573270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0575353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0105428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9067335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.750.36911470.32112600X-RAY DIFFRACTION99.78
1.75-1.810.31891460.27492545X-RAY DIFFRACTION99.89
1.81-1.870.26621570.22252550X-RAY DIFFRACTION99.85
1.87-1.950.21441410.18272572X-RAY DIFFRACTION99.93
1.95-2.030.21511390.17052598X-RAY DIFFRACTION99.96
2.03-2.140.17561390.1732595X-RAY DIFFRACTION99.93
2.14-2.280.22071430.17412604X-RAY DIFFRACTION99.89
2.28-2.450.19371400.15592597X-RAY DIFFRACTION99.96
2.45-2.70.17721420.15422634X-RAY DIFFRACTION99.96
2.7-3.090.19021320.15942649X-RAY DIFFRACTION99.93
3.09-3.890.16651500.14932659X-RAY DIFFRACTION100
3.89-60.220.17481300.17932829X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.987883145146 Å / Origin y: 12.0831726436 Å / Origin z: 20.6681037459 Å
111213212223313233
T0.107812488718 Å20.013213469618 Å20.006132311458 Å2-0.115286313232 Å2-0.00714582305524 Å2--0.120025103422 Å2
L0.69345131456 °20.256037001237 °20.199513313862 °2-0.752964489014 °2-0.0560252044737 °2--0.805646267495 °2
S-0.0173540526104 Å °0.0584287356401 Å °0.0364964693479 Å °-0.0345037851458 Å °0.0325420197695 Å °0.0672152800589 Å °-0.0423599033591 Å °-0.00309771919612 Å °-0.0150776210009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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