+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a0z | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Candida auris dihydrofolate reductase complexed with NADPH and pyrimethamine | ||||||
要素 | Dihydrofolate reductase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Dihydrofolate reductase candida auris NADPH pyrimethamine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycine biosynthetic process / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | [Candida] auris (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kirkman, T.K. / Dias, M.V.B. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of candida auris 著者: Kirkman, T.K. / Dias, M.V.B. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a0z.cif.gz | 109.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8a0z.ent.gz | 82.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a0z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/8a0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/8a0z | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7zzxS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 23634.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) [Candida] auris (菌類) / 遺伝子: QG37_02791 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L0P1H8, dihydrofolate reductase |
---|
-非ポリマー , 5種, 364分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.34 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium nitrate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→51.98 Å / Num. obs: 34623 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 121303 / Scaling rejects: 172 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7ZZX 解像度: 1.7→41.1 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.33 Å2 / Biso mean: 22.1853 Å2 / Biso min: 8.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→41.1 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
|