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- PDB-8a0y: Crystal structure of mouse contactin 2 immunoglobulin domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a0y
タイトルCrystal structure of mouse contactin 2 immunoglobulin domains
要素Contactin-2
キーワードCELL ADHESION / cell adhesion molecule(s) / immunoglobulin / glycoprotein / myelin / juxtaparanodal / contactin / TAG-1 / axonin-1 / TAX-1 / horseshoe
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of protein localization to juxtaparanode region of axon / presynaptic membrane organization / positive regulation of adenosine receptor signaling pathway / reduction of food intake in response to dietary excess / regulation of astrocyte differentiation / cell adhesion mediator activity / regulation of axon diameter / clustering of voltage-gated potassium channels / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / protein localization to juxtaparanode region of axon ...establishment of protein localization to juxtaparanode region of axon / presynaptic membrane organization / positive regulation of adenosine receptor signaling pathway / reduction of food intake in response to dietary excess / regulation of astrocyte differentiation / cell adhesion mediator activity / regulation of axon diameter / clustering of voltage-gated potassium channels / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / protein localization to juxtaparanode region of axon / central nervous system myelination / positive regulation of protein processing / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / axon initial segment / juxtaparanode region of axon / node of Ranvier / regulation of cell morphogenesis / axonal fasciculation / adult walking behavior / fat cell differentiation / response to dietary excess / regulation of neuronal synaptic plasticity / negative regulation of neuron differentiation / side of membrane / axon guidance / learning / establishment of localization in cell / protein processing / receptor internalization / microtubule cytoskeleton organization / neuron differentiation / neuron migration / neuron projection development / myelin sheath / carbohydrate binding / postsynaptic membrane / neuron projection / axon / neuronal cell body / cell surface
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Chataigner, L.M.P. / Janssen, B.J.C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Contactin 2 homophilic adhesion structure and conformational plasticity.
著者: Chataigner, L.M.P. / Tharichen, L. / Beugelink, J.W. / Granneman, J.C.M. / Mokiem, N.J. / Snijder, J. / Forster, F. / Janssen, B.J.C.
履歴
登録2022年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Contactin-2
B: Contactin-2
C: Contactin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,96722
ポリマ－193,6523
非ポリマー9,31619
水00
1
A: Contactin-2
B: Contactin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,50715
ポリマ－129,1012
非ポリマー6,40613
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Contactin-2
C: Contactin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,08314
ポリマ－129,1012
非ポリマー5,98112
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.930, 159.784, 227.886
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 35 through 608 or resid 609...
21(chain B and (resid 35 through 608 or resid 609...
31(chain C and (resid 35 through 608 or resid 609...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 35 through 608 or resid 609...A35 - 608
121(chain A and (resid 35 through 608 or resid 609...A609 - 611
131(chain A and (resid 35 through 608 or resid 609...A613 - 615
141(chain A and (resid 35 through 608 or resid 609...A617
151(chain A and (resid 35 through 608 or resid 609...A623
211(chain B and (resid 35 through 608 or resid 609...B35 - 608
221(chain B and (resid 35 through 608 or resid 609...B609 - 611
231(chain B and (resid 35 through 608 or resid 609...B613 - 615
241(chain B and (resid 35 through 608 or resid 609...B617
251(chain B and (resid 35 through 608 or resid 609...B623
311(chain C and (resid 35 through 608 or resid 609...C35 - 608
321(chain C and (resid 35 through 608 or resid 609...C609 - 611
331(chain C and (resid 35 through 608 or resid 609...C613 - 615
341(chain C and (resid 35 through 608 or resid 609...C617
351(chain C and (resid 35 through 608 or resid 609...C623

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.764360448589, -0.594075450074, -0.250654072882), (-0.549431242796, -0.803542825311, 0.229007068299), (-0.33745875907, -0.0373267666797, -0.940599967264)-15.9000975859, -87.9139842871, 58.2224572695
2given(0.196612186868, 0.97045919897, -0.139830580021), (0.970754629421, -0.212710282389, -0.111309412106), (-0.137764645073, -0.113856395957, -0.983899193854)-34.241181827, 62.3649049464, 140.294744738

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Contactin-2 / Axonal glycoprotein TAG-1 / Axonin-1 / Transient axonal glycoprotein 1 / TAX-1


分子量: 64550.617 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cntn2, Tax / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q61330

-
糖 , 7種, 19分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.03 %
結晶化温度: 269.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Sodium malonate pH 6.0 and 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→65 Å / Num. obs: 58926 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 351683 / Scaling rejects: 526
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.5-3.596.12.5482763444980.2381.1312.7930.598.5
15.24-655.80.11842787390.9660.0560.13114.197.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OM5

2om5


解像度: 3.5→59.82 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 2977 5.07 %
Rwork0.225 55772 -
obs0.227 58749 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 575.8 Å2 / Biso mean: 251.6085 Å2 / Biso min: 85.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→59.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13275 0 615 0 13890
Biso mean--262.46 --
残基数----1722
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8118X-RAY DIFFRACTION12.179TORSIONAL
12B8118X-RAY DIFFRACTION12.179TORSIONAL
13C8118X-RAY DIFFRACTION12.179TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.560.37871530.39822589274297
3.56-3.620.41431470.36542606275399
3.62-3.680.36641370.350927102847100
3.68-3.760.40741290.329126112740100
3.76-3.830.36831450.303726832828100
3.83-3.920.34221460.283826272773100
3.92-4.010.27911410.266427122853100
4.01-4.110.3211540.254126372791100
4.11-4.220.29521420.24672629277199
4.22-4.340.25831330.22782587272096
4.34-4.480.25581270.20382652277999
4.48-4.640.24781680.186526422810100
4.64-4.830.22811320.190726892821100
4.83-5.050.25251510.190426572808100
5.05-5.310.23131310.188626842815100
5.31-5.650.2451270.190126882815100
5.65-6.080.3281300.2052691282199
6.08-6.690.26361470.23442583273097
6.69-7.660.27941440.231826922836100
7.66-9.640.25281530.209426972850100
9.64-59.820.22811400.22332706284698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.3842-1.16492.56517.09832.01654.01450.03450.8972-0.1544-0.26760.8376-1.3033-0.7296-0.2578-0.81311.62380.1906-0.25621.60060.14772.7816-44.4551-48.122824.4935
25.6942-2.35932.01268.7541-4.38949.48210.3679-0.78720.82592.20450.2055-0.55370.55440.311-0.5671.89160.1986-0.50171.5591-0.23242.5434-6.8578-47.690843.6883
38.95953.63274.50823.77131.48149.4037-0.39321.3595-1.50790.58541.0967-1.94050.38550.9676-0.98212.01080.2574-0.83051.3873-0.46122.4428-7.3332-68.961236.5066
46.0387-1.7329-0.24327.27536.76157.63560.0503-0.09650.85190.2975-0.11950.0346-0.4204-0.1803-0.04481.1860.0803-0.33411.17780.05632.1626-50.7536-71.318222.0835
58.9871-3.1461-2.37558.4016-2.21029.06160.3443-0.3115-0.0399-0.9510.2127-0.19591.1581-0.3473-0.58660.82040.089-0.22981.18220.31621.1582-90.0567-76.3894-0.5616
67.54011.33931.95321.872-2.45827.92750.12991.12330.9520.07310.112-0.60981.09570.89320.24741.81960.1081-0.90661.498-0.36032.0368-97.5583-97.6998-31.4716
78.0231-1.5844-1.49388.0911.31179.2830.12831.1996-1.61730.1903-1.93542.44641.2013-1.67061.98111.7629-0.01340.24711.511-0.21472.1577-63.526325.504599.6521
810.02797.10747.75678.78433.81229.82280.2993-1.12640.62750.91-0.26440.6523-0.19910.4312-0.17181.3216-0.14940.13371.5191-0.16361.7641-70.246660.6772121.9899
95.43321.83522.14527.79590.32281.13160.82991.13760.993-2.02350.4126-1.1312-0.35711.1340.85660.9025-0.63910.55971.8468-0.29951.7272-50.556665.7683112.2498
104.0611-3.2592-0.79635.9503-2.6758.47280.35330.4620.0220.22610.6791-1.87871.88521.9944-0.41861.27430.6018-0.0832.05550.02121.3136-39.450724.925596.7024
111.7093-2.87691.40587.97320.25125.097-1.1139-0.7409-1.08561.51671.71161.12230.65441.61984.07451.90090.7318-0.22472.2422-0.44660.3507-17.90041.357369.6981
124.8353-3.8549-6.87434.55275.91199.31130.9775-1.36432.6919-0.7017-1.8013-1.3415-2.2219-1.54451.31143.6331-0.63320.03332.828-0.5084.2452-1.851424.816745.2823
137.6148-5.9922-7.58615.40995.53918.7205-1.517-0.7086-2.20320.3422-0.52792.21521.1779-2.0283-2.04010.94440.1895-0.67362.0307-0.78632.3041-36.1437-15.815148.2502
147.1279-0.87150.9084.27340.60654.15820.11852.09570.0409-1.5630.0149-0.1077-1.6837-0.22210.28631.36590.3052-0.58990.5236-0.29291.1252-6.7615-32.367223.394
154.0077-4.2705-4.6964.53684.17687.22490.7053-1.78380.54941.49380.1224-0.6879-1.88010.9596-0.81052.1729-0.64810.27591.6579-0.10722.0743.5573-13.17229.1692
164.4115-3.2099-1.42068.99071.0570.46270.58081.121.1598-2.863-0.4075-1.0053-0.8812-1.5017-0.97493.47611.1709-0.6181.9767-0.27631.7856-31.22828.21747.8235
176.7635-0.73883.93080.8176-1.75795.1751.42740.7404-1.5667-1.8776-1.22361.0517-0.4473-0.3939-0.45392.58010.6837-0.23331.7401-0.36990.5677-46.277337.087473.9571
180.49230.0743-0.39686.12642.97561.8187-0.7065-0.9399-1.4392.25070.7283-3.24830.90872.5010.08292.0429-0.52840.41343.5027-0.4883.5971-17.234250.585694.0206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and ((resid 35 through 131) or (resid 609-612)))B0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and ((resid 132 through 235) or (resid 613-615)))B0
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 236 through 325)B236 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 326 through 416)B326 - 416
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'B' and ((resid 417 through 508) or (resid 616-624)))B0
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'B' and ((resid 509 through 608) or (resid 625)))B0
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'C' and ((resid 35 through 131) or (resid 609-611)))C0
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'C' and ((resid 132 through 235) or (resid 612-614)))C0
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'C' and resid 236 through 325)C236 - 325
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'C' and resid 326 through 416)C326 - 416
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'C' and ((resid 417 through 508) or (resid 615-623)))C0
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'C' and resid 509 through 608)C509 - 608
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'A' and ((resid 35 through 131) or (resid 609-612)))A0
14X-RAY DIFFRACTION14(chain 'A' and ((resid 132 through 235) or (resid 613-616)))A0
15X-RAY DIFFRACTION15(chain 'A' and resid 236 through 325)A236 - 325
16X-RAY DIFFRACTION16(chain 'A' and resid 326 through 416)A326 - 416
17X-RAY DIFFRACTION17(chain 'A' and ((resid 417 through 508) or (resid 617-624)))A0
18X-RAY DIFFRACTION18(chain 'A' and resid 509 through 608)A509 - 608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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