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- PDB-8a0w: Crystal structure of the HigA2 antitoxin in complex with operator DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a0w
タイトルCrystal structure of the HigA2 antitoxin in complex with operator DNA
要素
  • (DNA (17-MER)) x 2
  • Antitoxin HigA-2
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / antitoxin (抗毒素) / HigA2 / repressor (リプレッサー) / toxin-antitoxin module
機能・相同性Antitoxin MqsA/HigA-2 / Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / リン酸塩 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Antitoxin HigA-2
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.334 Å
データ登録者Hadzi, S. / Loris, R.
資金援助 スロベニア, ベルギー, 2件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0201 スロベニア
Research Foundation - Flanders (FWO)G003320N ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Fuzzy recognition by the prokaryotic transcription factor HigA2 from Vibrio cholerae.
著者: Hadzi, S. / Zivic, Z. / Kovacic, M. / Zavrtanik, U. / Haeserts, S. / Charlier, D. / Plavec, J. / Volkov, A.N. / Lah, J. / Loris, R.
履歴
登録2022年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin HigA-2
B: Antitoxin HigA-2
C: DNA (17-MER)
D: DNA (17-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6755
ポリマ－33,5804
非ポリマー951
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.030, 94.030, 123.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-312-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Antitoxin HigA-2


分子量: 11581.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: higA-2, VC_A0469 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KMA5
#2: DNA鎖 DNA (17-MER)


分子量: 5234.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#3: DNA鎖 DNA (17-MER)


分子量: 5181.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Na HEPES pH 7.5, 12%(w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→49.26 Å / Num. obs: 27228 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.3 % / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 18.15
反射 シェル解像度: 2.33→2.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 4150 / Rrim(I) all: 0.793

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoXDSv1.0データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J9I

5j9i


解像度: 2.334→49.259 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 1362 5 %
Rwork0.1739 25865 -
obs0.1752 27227 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.7 Å2 / Biso mean: 59.8119 Å2 / Biso min: 33.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.334→49.259 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1082 691 5 101 1879
Biso mean--107.89 62.95 -
残基数----170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9592721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1021284
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.334-2.41710.27861240.2637234492
2.4171-2.51390.27361340.23232552100
2.5139-2.62830.20851370.21322597100
2.6283-2.76690.28561350.21452584100
2.7669-2.94020.27521360.22452576100
2.9402-3.16720.25681360.20992587100
3.1672-3.48580.19151370.1652596100
3.4858-3.990.19571370.1652612100
3.99-5.02620.14351400.13962655100
5.0262-49.2590.18741460.16112762100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7513-1.76250.86972.3914-0.37285.57850.1055-0.3075-0.3782-0.06140.0360.16970.22580.0206-0.12380.3121-0.04810.01310.41090.03480.3927108.99531.008612.8056
24.1105-1.9913-1.99724.23642.67515.86120.34920.44990.1528-0.2831-0.19880.0121-0.2123-0.5878-0.16360.290.01150.02170.50880.07020.407194.687242.89158.1724
36.0909-2.58920.83781.8809-0.94450.8887-0.4318-1.10770.05850.37930.37070.0077-0.2158-0.04180.0620.42530.0105-0.00070.863-0.02890.4967102.544544.241727.1239
45.1994-2.1917-0.24551.45650.21160.2084-0.3043-0.88220.17470.31180.30090.03480.01370.0309-0.01340.4520.00690.01070.7593-0.02520.5427100.77442.284227.8654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 37 through 104)A37 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 37 through 104)B37 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 17)C1 - 17
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 17)D1 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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