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- PDB-8a0v: Crystal structure of TEAD3 in complex with CPD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a0v
タイトルCrystal structure of TEAD3 in complex with CPD2
要素Transcriptional enhancer factor TEF-5
キーワードTRANSCRIPTION / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / positive regulation of stem cell population maintenance / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcriptional enhancer factor TEF-5 (TEAD3) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain ...Transcriptional enhancer factor TEF-5 (TEAD3) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KNE / MYRISTIC ACID / PHOSPHATE ION / Transcriptional enhancer factor TEF-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.699 Å
データ登録者Scheufler, C. / Kallen, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2022
タイトル: The First Class of Small Molecules Potently Disrupting the YAP-TEAD Interaction by Direct Competition.
著者: Furet, P. / Bordas, V. / Le Douget, M. / Salem, B. / Mesrouze, Y. / Imbach-Weese, P. / Sellner, H. / Voegtle, M. / Soldermann, N. / Chapeau, E. / Wartmann, M. / Scheufler, C. / Fernandez, C. ...著者: Furet, P. / Bordas, V. / Le Douget, M. / Salem, B. / Mesrouze, Y. / Imbach-Weese, P. / Sellner, H. / Voegtle, M. / Soldermann, N. / Chapeau, E. / Wartmann, M. / Scheufler, C. / Fernandez, C. / Kallen, J. / Guagnano, V. / Chene, P. / Schmelzle, T.
履歴
登録2022年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-5
B: Transcriptional enhancer factor TEF-5
C: Transcriptional enhancer factor TEF-5
D: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,61123
ポリマ－101,3354
非ポリマー3,27619
水4,522251
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3507
ポリマ－25,3341
非ポリマー1,0166
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2726
ポリマ－25,3341
非ポリマー9385
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9955
ポリマ－25,3341
非ポリマー6614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9955
ポリマ－25,3341
非ポリマー6614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.094, 128.945, 156.709
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Transcriptional enhancer factor TEF-5 / DTEF-1 / ETF-related factor 1 / ETFR-1 / TEA domain family member 3 / TEAD-3


分子量: 25333.842 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Tead3, Tcf13r2, Tef5
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P70210

-
非ポリマー , 5種, 270分子

#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-KNE / [(2~{S})-5-chloranyl-2-phenyl-3~{H}-1-benzofuran-2-yl]methanamine


分子量: 259.731 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14ClNO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.1 - 1.4 M sodium/potassium phosphate pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.699→48.413 Å / Num. obs: 35648 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.699→2.771 Å / Rmerge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1782 / CC1/2: 0.816 / % possible all: 64.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (3-FEB-2022)精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house structure

解像度: 2.699→35.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.574 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.611 / SU Rfree Blow DPI: 0.294 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.295
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2409 1781 -RANDOM
Rwork0.2053 ---
obs0.2072 35636 96.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.867 Å20 Å20 Å2
2--1.6477 Å20 Å2
3----3.5146 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.699→35.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6759 0 150 251 7160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0087107HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.979599HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2445SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1166HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7107HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion891SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4912SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.93
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3112 32 -
Rwork0.2518 --
obs0.2544 713 58.3 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56930.1599-0.09011.6759-0.12942.5307-0.03610.0008-0.11040.0008-0.0291-0.0937-0.1104-0.09370.0652-0.15530.03-0.00370.05110.005-0.11060.8912-4.3774-21.145
21.624-0.2567-0.0651.2393-0.03851.407-0.0665-0.04610.0335-0.04610.06780.13450.03350.1345-0.0013-0.1274-0.00550.0242-0.01790.0338-0.064326.7618-14.3848-27.0964
30.4530.01640.04191.52460.14512.124-0.0221-0.0348-0.1068-0.0348-0.06230.1696-0.10680.16960.0844-0.1212-0.00990.00340.0184-0.0054-0.075911.0957-0.329113.6993
41.7420.1494-0.03151.4409-0.25571.44-0.00730.0798-0.00960.0798-0.0004-0.1532-0.0096-0.15320.0076-0.10990.02480.0562-0.0171-0.0052-0.0922-15.5018-8.896421.256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* L|* }A219 - 435
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* L|* }A501
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|* L|* }L1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* M|* }B218 - 435
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|* M|* }B501
6X-RAY DIFFRACTION2{ B|* M|* }M1 - 2
7X-RAY DIFFRACTION3{ C|* N|* }C218 - 435
8X-RAY DIFFRACTION3{ C|* N|* }N1
9X-RAY DIFFRACTION4{ D|* O|* }D218 - 434
10X-RAY DIFFRACTION4{ D|* O|* }D501
11X-RAY DIFFRACTION4{ D|* O|* }O1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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