PDB-8a0l: Tubulin-CW1-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a0l

タイトル

Tubulin-CW1-complex

要素

(Tubulin beta-2B ...) x 2
Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9981 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O. / Oliva, M.A.

資金援助

スペイン, European Union,

スイス, 6件

組織	認可番号	国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)	PID2019-104545RBI00/AEI/10.13039/501100011033	スペイン
European Commission	2020/2094	European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission	860070 TubInTrain	European Union
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
European Commission	HPRN-CT-2000-18	European Union
European Commission	HPRN-CT-2000-00014	European Union

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Chemical modulation of microtubule structure through the laulimalide/peloruside site.
著者: Estevez-Gallego, J. / Alvarez-Bernad, B. / Pera, B. / Wullschleger, C. / Raes, O. / Menche, D. / Martinez, J.C. / Lucena-Agell, D. / Prota, A.E. / Bonato, F. / Bargsten, K. / Cornelus, J. / ...

履歴

登録	2022年5月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a0l.cif.gz	918.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a0l.ent.gz	754.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8a0l_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a0l_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8a0l_validation.xml.gz	83.9 KB	表示
CIF形式データ	8a0l_validation.cif.gz	115.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/8a0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/8a0l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7zx2C 5lxtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin beta-2B chain

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.630, 156.559, 179.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 3分子 ACE

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043

-
Tubulin beta-2B ... , 2種, 3分子 BDF

#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#4: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 635分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-KLC / (3~{S},4~{R},8~{S},10~{S},12~{S},14~{S})-14-[(~{Z},4~{R})-4-(hydroxymethyl)hex-2-en-2-yl]-4,12-dimethoxy-9,9-dimethyl-3,8,10-tris(oxidanyl)-1-oxacyclotetradecan-2-one 分子量: 460.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₄O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 11% PEG 4K, 10% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9981→47.507 Å / Num. obs: 198578 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.473 % / B_iso Wilson estimate: 50.54 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 0.778 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	13.173	4.229	0.63	191535	14550	14540	0.181	4.398	99.9
2.05-2.11	13.315	3.132	0.91	188396	14156	14149	0.31	3.257	100
2.11-2.17	12.58	2.383	1.18	173732	13817	13810	0.425	2.485	99.9
2.17-2.24	13.134	1.829	1.61	176115	13414	13409	0.591	1.903	100
2.24-2.31	14.031	1.457	2.11	181992	12974	12971	0.72	1.511	100
2.31-2.39	14.319	1.12	2.84	180042	12576	12574	0.82	1.161	100
2.39-2.48	14.229	0.839	3.8	173477	12196	12192	0.893	0.87	100
2.48-2.58	14.135	0.651	4.83	164913	11669	11667	0.931	0.675	100
2.58-2.7	13.985	0.496	6.34	157405	11258	11255	0.958	0.514	100
2.7-2.83	13.735	0.366	8.33	147668	10752	10751	0.976	0.38	100
2.83-2.98	13.164	0.257	11.37	134852	10247	10244	0.986	0.267	100
2.98-3.16	12.558	0.168	16.22	121836	9705	9702	0.994	0.176	100
3.16-3.38	13.345	0.118	22.86	121822	9130	9129	0.997	0.123	100
3.38-3.65	14.261	0.081	33.05	121719	8537	8535	0.998	0.084	100
3.65-4	13.908	0.058	43.24	109411	7868	7867	0.999	0.06	100
4-4.47	13.461	0.045	51.15	96086	7139	7138	0.999	0.047	100
4.47-5.16	12.982	0.039	56.39	82070	6322	6322	0.999	0.041	100
5.16-6.32	11.525	0.043	49.98	62201	5399	5397	0.999	0.045	100
6.32-8.94	13.265	0.033	61.68	56242	4243	4240	1	0.035	99.9
8.94-47.507	12.555	0.027	70.58	30420	2444	2423	1	0.028	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.28	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5LXT

5lxt

解像度: 1.9981→47.507 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2259	-	-
R_work	0.1878	-	-
obs	-	198578	99.8 %

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9981→47.507 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17388	0	215	618	18221
B_iso mean	-	-	60.01	57.31	-
残基数	-	-	-	-	2197

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9981-2.0208	0.3821	311	0.3909	5916	95
2.0208-2.0446	0.3419	330	0.3415	6232	100
2.0446-2.0695	0.3617	325	0.329	6229	100
2.0695-2.0957	0.3612	331	0.3174	6267	100
2.0957-2.1233	0.3428	328	0.3103	6212	100
2.1233-2.1524	0.339	326	0.2963	6237	100
2.1524-2.1831	0.3164	330	0.2825	6275	100
2.1831-2.2157	0.2966	330	0.2682	6237	100
2.2157-2.2503	0.2915	328	0.2528	6224	100
2.2503-2.2872	0.2854	329	0.249	6264	100
2.2872-2.3267	0.2952	331	0.2337	6289	100
2.3267-2.369	0.244	326	0.2195	6222	100
2.369-2.4146	0.2648	332	0.2185	6287	100
2.4146-2.4638	0.2489	328	0.2062	6229	100
2.4638-2.5174	0.2527	331	0.205	6271	100
2.5174-2.576	0.2628	330	0.1975	6292	100
2.576-2.6404	0.2252	328	0.1958	6264	100
2.6404-2.7118	0.2489	332	0.1999	6271	100
2.7118-2.7915	0.2337	330	0.1948	6286	100
2.7915-2.8816	0.2521	331	0.204	6292	100
2.8816-2.9846	0.2365	332	0.2	6310	100
2.9846-3.1041	0.2361	330	0.1896	6287	100
3.1041-3.2453	0.237	333	0.185	6305	100
3.2453-3.4164	0.2045	334	0.1871	6338	100
3.4164-3.6304	0.2245	332	0.1754	6325	100
3.6304-3.9105	0.2267	335	0.1602	6350	100
3.9105-4.3038	0.1958	334	0.1541	6364	100
4.3038-4.9261	0.1809	338	0.1379	6410	100
4.9261-6.2042	0.193	339	0.1701	6450	100
6.2042-47.507	0.1888	352	0.1749	6673	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1848	-0.0983	-0.361	2.6506	1.2054	2.9665	-0.0149	0.083	0.1342	-0.1937	0.2532	-0.261	-0.4472	0.2974	-0.2092	0.4055	-0.028	0.0401	0.3794	-0.1159	0.3808	28.6347	85.1821	53.735
2	1.2601	-0.2285	-0.2322	2.8753	0.8703	2.9515	0.1987	-0.0715	0.0191	0.5477	-0.1143	0.1874	0.0729	-0.0364	-0.0558	0.5172	0.0044	0.0454	0.3839	-0.1105	0.4089	18.5413	84.1473	71.6981
3	0.6477	0.0726	0.1345	2.537	1.4176	1.9753	-0.0007	-0.1115	0.0169	0.6376	0.0761	0.0086	0.2829	0.0762	-0.061	0.5379	0.057	0.019	0.4035	-0.0688	0.3701	23.2532	76.2588	69.6784
4	1.6399	-0.27	-0.3572	2.1721	1.0626	2.4455	0.07	0.1588	0.1096	-0.1356	-0.0678	0.0643	-0.3461	-0.1113	-0.0218	0.2704	0.0035	0.0191	0.3341	-0.065	0.3119	19.0734	59.2416	21.8611
5	1.9069	-0.72	-0.5869	1.8445	0.7912	1.4361	0.0076	0.1278	-0.002	-0.0131	-0.1727	0.3169	0.0159	-0.432	0.1332	0.3898	-0.014	0.0387	0.4856	-0.1564	0.4064	9.4965	59.1107	38.2046
6	0.3698	-0.0064	0.1629	1.789	1.1819	2.4612	-0.0022	-0.0786	0.0323	0.4209	-0.0786	0.1204	0.2191	-0.2277	0.0593	0.2961	-0.0342	0.0371	0.3292	-0.0512	0.3472	15.2194	49.8941	38.3565
7	1.2549	-0.2199	-0.1137	1.9829	0.2848	1.5963	-0.0029	0.1119	0.1017	-0.1735	0.0736	-0.0756	-0.1058	0.1069	-0.0672	0.2426	-0.0596	0.0363	0.3268	-0.0426	0.3009	20.5057	32.5124	-11.976
8	0.8648	-0.4275	0.1427	1.2673	0.8396	1.4349	-0.0029	-0.0261	0.037	0.0722	-0.0357	0.0681	0.1041	-0.2163	0.0348	0.2429	-0.0577	0.0361	0.3106	-0.0323	0.3366	8.0132	25.38	3.1254
9	2.6497	-0.3935	0.551	1.815	0.3476	2.2069	-0.1171	0.6641	0.119	-0.3088	0.1135	0.0607	0.0677	-0.0697	-0.0098	0.49	-0.1012	0.0267	0.7227	-0.0578	0.3633	15.8643	12.2584	-41.9082
10	2.1654	-1.0897	-0.5917	2.2727	-0.1972	0.7894	0.1532	0.9629	-0.2	-0.5477	0.0682	-0.3386	0.4462	0.4357	-0.1794	0.6995	-0.0462	0.1254	0.995	-0.3165	0.5594	29.7687	0.6242	-46.988
11	0.9423	0.3527	-0.3455	1.895	0.422	1.0265	-0.1178	0.1445	-0.0649	-0.259	0.2459	-0.5351	0.0831	0.2554	-0.1021	0.5245	0.0267	0.0685	0.6531	-0.2424	0.5405	30.1377	2.177	-35.3141
12	1.2439	-0.4643	-0.1472	0.5056	-0.2992	0.8968	-0.0317	0.3947	-0.4725	-0.1128	0.2114	-0.3644	0.6344	0.1553	-0.1876	0.7431	-0.0318	0.0249	0.6039	-0.2635	0.5757	21.8749	-8.8787	-32.5171
13	1.2911	-0.0374	-0.5932	1.0468	-0.402	1.3537	-0.0234	0.3666	-0.0703	-0.3163	0.0402	0.1234	0.1816	-0.4673	0.0133	0.4312	-0.0591	0.0055	0.5721	-0.1477	0.3933	11.8459	1.628	-32.3041
14	2.5258	0.0755	0.4281	1.1337	0.4784	1.1233	0.3145	0.4966	0.0242	-0.1794	-0.1368	0.1751	0.4455	-0.4014	-0.1404	0.5277	-0.0809	-0.025	0.6394	-0.1028	0.4261	6.6958	-3.0157	-26.075
15	0.9846	0.2757	-0.0389	0.931	0.2475	2.0342	-0.0507	0.2363	-0.3801	-0.0993	0.1233	0.2031	0.6176	-0.4329	-0.012	0.5549	-0.1225	-0.0042	0.4981	-0.1361	0.4894	8.9344	-3.4737	-21.3086
16	2.1196	0.1543	-0.9688	1.0249	0.2595	2.0488	-0.1846	-0.0501	-0.6222	0.2381	0.1705	-0.3437	1.0728	0.5946	-0.0884	0.9887	0.1986	-0.0135	0.6075	-0.2404	0.8279	30.9625	-17.6003	-25.4651
17	1.4605	-0.7758	-0.4137	1.6422	0.347	0.727	0.0031	-0.2072	-0.0072	0.7953	0.3819	-0.3114	0.1466	0.6662	-0.3405	0.973	0.0296	-0.1015	0.583	-0.1925	0.608	27.7241	92.225	81.5821
18	0.2273	-0.2893	-0.2971	0.8029	0.7189	0.9133	-0.0755	0.0472	-0.0761	0.4267	0.5301	-0.3981	0.617	0.7957	-0.4606	0.4337	0.0694	0.0089	0.6793	-0.2616	0.6464	43.4173	27.8852	3.9036
19	0.2386	-0.3485	-0.1685	0.4811	0.4146	0.2182	0.0164	-0.041	-0.3295	0.543	-0.2034	-0.0258	2.2582	-0.6846	-0.0987	1.8412	-0.4593	0.1631	0.7729	-0.1718	0.6905	8.3033	55.269	74.6157
20	1.9575	0.0119	1.1791	1.1091	-0.5159	0.9316	0.3985	-0.3841	0.3753	0.1737	-0.498	-0.1863	0.1187	0.372	0.1807	1.3281	-0.0005	-0.1708	1.4644	0.0379	1.0631	16.2614	63.4547	108.8946
21	0.8806	0.2285	-0.3147	1.2907	0.3888	1.4797	-0.2541	-0.0799	-0.546	0.2487	0.332	0.1457	0.898	0.3588	-0.082	1.5038	0.1046	0.1122	1.0358	0.2062	1.0422	3.653	48.1091	102.2588
22	1.332	-0.4722	-0.8002	1.1799	-0.5041	1.5375	-0.3998	0.0722	-0.4951	-0.0634	0.6498	0.1365	0.7906	-0.3446	-0.2568	1.2379	-0.2517	0.1811	0.8111	-0.0194	0.7645	-0.9822	58.7837	87.4954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 243 )	A	1 - 243
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 244 through 311 )	A	244 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 437 )	A	312 - 437
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 238 )	B	2 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 239 through 311 )	B	239 - 311
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 312 through 438 )	B	312 - 438
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 199 )	C	1 - 199
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 200 through 440 )	C	200 - 440
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 1 through 64 )	D	1 - 64
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 65 through 127 )	D	65 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 128 through 160 )	D	128 - 160
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 161 through 215 )	D	161 - 215
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 216 through 259 )	D	216 - 259
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 260 through 295 )	D	260 - 295
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 296 through 399 )	D	296 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 83 )	F	1 - 83
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 84 through 146 )	F	84 - 146
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 147 through 283 )	F	147 - 283
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 284 through 379 )	F	284 - 379

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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