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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7zx2 | |||||||||
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| Title | Tubulin-Pelophen B complex | |||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE/INHIBITOR / Tubulin / Pelophen / Peloruside / Laulimalide / CELL CYCLE-INHIBITOR complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationtubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Estevez-Gallego, J. / Diaz, J.F. / Van der Eycken, J. / Oliva, M.A. | |||||||||
| Funding support | Spain, European Union, 2items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2023Title: Chemical modulation of microtubule structure through the laulimalide/peloruside site. Authors: Estevez-Gallego, J. / Alvarez-Bernad, B. / Pera, B. / Wullschleger, C. / Raes, O. / Menche, D. / Martinez, J.C. / Lucena-Agell, D. / Prota, A.E. / Bonato, F. / Bargsten, K. / Cornelus, J. / ...Authors: Estevez-Gallego, J. / Alvarez-Bernad, B. / Pera, B. / Wullschleger, C. / Raes, O. / Menche, D. / Martinez, J.C. / Lucena-Agell, D. / Prota, A.E. / Bonato, F. / Bargsten, K. / Cornelus, J. / Gimenez-Abian, J.F. / Northcote, P. / Steinmetz, M.O. / Kamimura, S. / Altmann, K.H. / Paterson, I. / Gago, F. / Van der Eycken, J. / Diaz, J.F. / Oliva, M.A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7zx2.cif.gz | 872.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7zx2.ent.gz | 716.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7zx2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/7zx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/7zx2 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8a0lC ![]() 4o2bS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 3 molecules ACE
| #1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: Alpha-tubulin-1B / Source: (natural) ![]() #3: Protein | | Mass: 22125.301 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Stathmin-4 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Tubulin beta-2B ... , 2 types, 3 molecules BDF
| #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: Beta-tubulin-2B / Source: (natural) ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Tubulin tyrosin ligase / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 11 types, 164 molecules 




















| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | ChemComp-CL / | #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-MES / | #12: Chemical | ChemComp-K9I / ( | #13: Chemical | ChemComp-DMS / | #14: Chemical | ChemComp-ACP / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.87 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Mes, imidazole, calcium chloride, magnesium chloride, L-tyrosine, glycerol, PEG 4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.97625 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 7, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.5→49.66 Å / Num. obs: 103744 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 54.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 841601 / Scaling rejects: 79 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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| Phasing MR |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4O2B Resolution: 2.5→49.66 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.19 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 166.92 Å2 / Biso mean: 67.1093 Å2 / Biso min: 26.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→49.66 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi






X-RAY DIFFRACTION
Spain, European Union, 2items
Citation

PDBj







