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万見
- PDB-8a0b: Inhibitor binding to HDAC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a0b
タイトルInhibitor binding to HDAC2
要素Histone deacetylase 2
キーワードTRANSCRIPTION / protein deacetylation / transcriptional repressor complex / chromatin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of male mating behavior / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / protein lysine delactylase activity / negative regulation of dendritic spine development / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / behavioral response to ethanol / NuRD complex ...positive regulation of male mating behavior / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / protein lysine delactylase activity / negative regulation of dendritic spine development / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / behavioral response to ethanol / NuRD complex / positive regulation of interleukin-1 production / regulation of cell fate specification / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of stem cell population maintenance / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / ESC/E(Z) complex / histone deacetylase / regulation of stem cell differentiation / cardiac muscle hypertrophy / cellular response to dopamine / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / response to caffeine / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / embryonic digit morphogenesis / histone deacetylase activity / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Notch-HLH transcription pathway / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / eyelid development in camera-type eye / odontogenesis of dentin-containing tooth / dendrite development / response to amyloid-beta / positive regulation of proteolysis / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / progesterone receptor signaling pathway / hair follicle placode formation / response to hyperoxia / NF-kappaB binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / cellular response to retinoic acid / heat shock protein binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of cell migration / response to amphetamine / Regulation of PTEN gene transcription / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription coregulator binding / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / response to nicotine / response to cocaine / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / circadian regulation of gene expression / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / NoRC negatively regulates rRNA expression / protein modification process / histone deacetylase binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of tumor necrosis factor production / heterochromatin formation / negative regulation of neuron projection development / cellular response to heat / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / histone binding / response to lipopolysaccharide / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KRU / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Histone deacetylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.746 Å
データ登録者Cleasby, A. / Tisi, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other private 英国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Fragment-Based Discovery of a Novel, Brain Penetrant, Orally Active HDAC2 Inhibitor.
著者: Tamanini, E. / Miyamura, S. / Buck, I.M. / Cons, B.D. / Dawson, L. / East, C. / Futamura, T. / Goto, S. / Griffiths-Jones, C. / Hashimoto, T. / Heightman, T.D. / Ishikawa, S. / Ito, H. / ...著者: Tamanini, E. / Miyamura, S. / Buck, I.M. / Cons, B.D. / Dawson, L. / East, C. / Futamura, T. / Goto, S. / Griffiths-Jones, C. / Hashimoto, T. / Heightman, T.D. / Ishikawa, S. / Ito, H. / Kaneko, Y. / Kawato, T. / Kondo, K. / Kurihara, N. / McCarthy, J.M. / Mori, Y. / Nagase, T. / Nakaishi, Y. / Reeks, J. / Sato, A. / Schopf, P. / Tai, K. / Tamai, T. / Tisi, D. / Woolford, A.J.
履歴
登録2022年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 2
B: Histone deacetylase 2
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,94123
ポリマ－169,6813
非ポリマー2,26020
水14,646813
1
A: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0886
ポリマ－56,5601
非ポリマー5285
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,70210
ポリマ－56,5601
非ポリマー1,1429
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1507
ポリマ－56,5601
非ポリマー5906
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.221, 98.018, 139.402
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Histone deacetylase 2 / HD2 / Protein deacylase HDAC2


分子量: 56560.285 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92769, histone deacetylase, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 9種, 833分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-KRU / 1,3-dihydroisoindol-2-yl-[(2R,4S)-4-phenylpyrrolidin-1-ium-2-yl]methanone


分子量: 293.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 33.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 41% PEG 300 .1M pH=8.8 CHES/NaOH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.746→80.18 Å / Num. obs: 124593 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.746→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 8563 / Rrim(I) all: 0.877

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (16-JUL-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.746→67.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Blow DPI: 0.095 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.093
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED U VALUES : WITH TLS ADDED WITH FULL OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 1 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ...詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED U VALUES : WITH TLS ADDED WITH FULL OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 1 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 6193 4.97 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.1661 124498 96.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 89.25 Å2 / Biso mean: 32.91 Å2 / Biso min: 14.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0497 Å20 Å20 Å2
2---7.1064 Å20 Å2
3---4.0568 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.746→67.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8879 0 203 813 9895
Biso mean--30.96 44.95 -
残基数----1102
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3950SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2946HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it18037HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1126SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15209SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d18037HARMONIC20.013
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg32415HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.23
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 124 4.98 %
Rwork0.2355 2366 -
all0.2369 2490 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1521-0.0663-0.23680.1282-0.03450.6393-0.0171-0.0554-0.0063-0.0736-0.02090.00230.01950.02580.038-0.0032-0.02270.02780.0078-0.0182-0.024312.4743-22.9203-1.5465
20.342-0.2466-0.03520.2884-0.08760.4232-0.0011-0.0333-0.0071-0.0204-0.0227-0.00740.00010.03680.0238-0.0048-0.02440.0014-0.0150.0196-0.00531.0214-38.216336.687
30.6846-0.1212-0.32590.40790.19290.2649-0.00350.0110.03740.1128-0.04430.05790.04240.00150.0478-0.0199-0.02920.0281-0.0063-0.04240.002849.531-23.755347.6712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|11 - A|379 }A11 - 379
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|13 - B|379 }B13 - 379
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|14 - C|379 }C14 - 379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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