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万見
- PDB-7zzu: Inhibitory Ligand binding to HDAC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zzu
タイトルInhibitory Ligand binding to HDAC2
要素Histone deacetylase 2
キーワードTRANSCRIPTION / protein deacetylation / transcriptional repressor complex / chromatin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / positive regulation of male mating behavior / negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / negative regulation of dendritic spine development / histone decrotonylase activity / behavioral response to ethanol / fungiform papilla formation / positive regulation of interleukin-1 production ...protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / positive regulation of male mating behavior / negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / negative regulation of dendritic spine development / histone decrotonylase activity / behavioral response to ethanol / fungiform papilla formation / positive regulation of interleukin-1 production / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / regulation of stem cell differentiation / NuRD complex / ESC/E(Z) complex / cellular response to dopamine / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / histone deacetylase / cardiac muscle hypertrophy / protein lysine deacetylase activity / positive regulation of signaling receptor activity / response to caffeine / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / embryonic digit morphogenesis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / histone deacetylase activity / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / Notch-HLH transcription pathway / dendrite development / eyelid development in camera-type eye / odontogenesis of dentin-containing tooth / RNA Polymerase I Transcription Initiation / response to amyloid-beta / positive regulation of proteolysis / histone deacetylase complex / hair follicle placode formation / Regulation of MECP2 expression and activity / NF-kappaB binding / positive regulation of collagen biosynthetic process / response to hyperoxia / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / heterochromatin formation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cellular response to retinoic acid / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / heat shock protein binding / response to amphetamine / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of cell migration / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / response to cocaine / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / response to nicotine / NoRC negatively regulates rRNA expression / protein modification process / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / histone deacetylase binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of neuron projection development / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cellular response to heat / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / response to lipopolysaccharide / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KKI / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Histone deacetylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Cleasby, A. / Tisi, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other private 英国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Fragment-Based Discovery of a Novel, Brain Penetrant, Orally Active HDAC2 Inhibitor.
著者: Tamanini, E. / Miyamura, S. / Buck, I.M. / Cons, B.D. / Dawson, L. / East, C. / Futamura, T. / Goto, S. / Griffiths-Jones, C. / Hashimoto, T. / Heightman, T.D. / Ishikawa, S. / Ito, H. / ...著者: Tamanini, E. / Miyamura, S. / Buck, I.M. / Cons, B.D. / Dawson, L. / East, C. / Futamura, T. / Goto, S. / Griffiths-Jones, C. / Hashimoto, T. / Heightman, T.D. / Ishikawa, S. / Ito, H. / Kaneko, Y. / Kawato, T. / Kondo, K. / Kurihara, N. / McCarthy, J.M. / Mori, Y. / Nagase, T. / Nakaishi, Y. / Reeks, J. / Sato, A. / Schopf, P. / Tai, K. / Tamai, T. / Tisi, D. / Woolford, A.J.
履歴
登録2022年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 2
B: Histone deacetylase 2
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,94233
ポリマ－169,6813
非ポリマー3,26130
水7,440413
1
A: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,08015
ポリマ－56,5601
非ポリマー1,52014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,64311
ポリマ－56,5601
非ポリマー1,08310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2187
ポリマ－56,5601
非ポリマー6586
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.350, 98.352, 139.291
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Histone deacetylase 2 / HD2 / Protein deacylase HDAC2


分子量: 56560.285 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92769, histone deacetylase, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 9種, 443分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-KKI / 2-[4-[(2~{R},4~{S})-4-phenylpyrrolidin-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]pyridine-3-carbonitrile


分子量: 361.440 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 43% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 108658 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.7 % / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.85→1.86 Å / Num. unique obs: 11470 / Rrim(I) all: 0.428

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.85→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.271 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1818 5334 5 %RANDOM
Rwork0.1537 ---
obs0.1551 101782 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.91 Å2 / Biso mean: 25.873 Å2 / Biso min: 7.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8883 0 357 413 9653
Biso mean--37.67 30.32 -
残基数----1103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0159436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3861.75712712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5031.75119396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4085.3111159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58420.92452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74215.1351517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5971554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.02110561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021835
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 357 -
Rwork0.2 6477 -
all-6834 -
obs--85.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8162-0.65350.12821.0222-0.26691.4049-0.0094-0.02150.0103-0.0014-0.0371-0.05670.00070.07050.04650.016-0.0165-0.00550.02340.01040.00651.1282-38.512136.651
20.9374-0.3115-0.43421.3692-0.00151.4768-0.0443-0.0723-0.0356-0.0448-0.0164-0.0070.03140.03770.06070.0274-0.02010.01880.0474-0.01190.015212.4035-23.0048-1.4091
32.0223-0.1557-0.66651.13080.11641.4279-0.0129-0.09630.06920.2252-0.03260.1642-0.0031-0.0260.04550.1131-0.01640.03170.1284-0.03020.123749.6851-23.973647.8254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3C14 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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