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- PDB-7zzl: Crystal structure of CYP106A1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zzl
タイトルCrystal structure of CYP106A1
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / OXYGEN MOLECULE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Carius, Y. / Kiss, F. / Hutter, M. / Bernhardt, R. / Lancaster, C.R.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2022
タイトル: Structural comparison of the cytochrome P450 enzymes CYP106A1 and CYP106A2 provides insight into their differences in steroid conversion.
著者: Carius, Y. / Hutter, M. / Kiss, F. / Bernhardt, R. / Lancaster, C.R.D.
履歴
登録2022年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
C: Cytochrome P450
D: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,50633
ポリマ－193,8394
非ポリマー4,66729
水18,4111022
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6538
ポリマ－48,4601
非ポリマー1,1937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,85911
ポリマ－48,4601
非ポリマー1,39910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6689
ポリマ－48,4601
非ポリマー1,2088
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3275
ポリマ－48,4601
非ポリマー8684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.690, 82.870, 84.860
Angle α, β, γ (deg.)95.360, 90.000, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cytochrome P450


分子量: 48459.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア)
株: DSM 319 / 遺伝子: BMD_1855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: D5DF35, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: D5DF35, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む

-
非ポリマー , 8種, 1051分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#7: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#8: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.3 M LiSO4, 30 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25.92 Å / Num. obs: 168988 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 7.05
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Num. unique obs: 23968 / CC1/2: 0.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YT3

4yt3


解像度: 1.7→25.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.118 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 8441 5 %RANDOM
Rwork0.1689 ---
obs0.1707 160539 88.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.25 Å2 / Biso mean: 22.634 Å2 / Biso min: 7.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å20.04 Å20.23 Å2
2---0.83 Å2-1.32 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→25.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12597 0 285 1022 13904
Biso mean--28.97 30.75 -
残基数----1558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01313342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01712027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.66618198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4831.58227915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.69551595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.87922.619737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.781152187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3911578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022932
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 583 -
Rwork0.236 10873 -
all-11456 -
obs--81.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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