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- PDB-7zyh: Crystal structure of human CPSF30 in complex with hFip1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zyh
タイトルCrystal structure of human CPSF30 in complex with hFip1
要素
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
  • Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
キーワードGENE REGULATION / Complex / 3' end processing / CPSF
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA processing / sequence-specific double-stranded DNA binding ...Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA processing / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / zinc finger / Zinc knuckle ...Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Muckenfuss, L.M. / Jinek, M. / Migenda Herranz, A.C. / Clerici, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Fip1 is a multivalent interaction scaffold for processing factors in human mRNA 3' end biogenesis.
著者: Muckenfuss, L.M. / Migenda Herranz, A.C. / Boneberg, F.M. / Clerici, M. / Jinek, M.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
B: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
C: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
D: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
E: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
F: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
G: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
H: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
I: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
J: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
K: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
L: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,38020
ポリマ－92,85712
非ポリマー5238
水1,76598
1
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
B: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
C: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3455
ポリマ－23,2143
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
E: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
F: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3455
ポリマ－23,2143
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
H: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
I: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3455
ポリマ－23,2143
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
K: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
L: Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3455
ポリマ－23,2143
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.127, 115.125, 66.444
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.781, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 123 through 169 or resid 1001 through 1002))
d_2ens_1(chain "D" and (resid 123 through 169 or resid 1001 through 1002))
d_3ens_1(chain "G" and resid 123 through 1002)
d_4ens_1(chain "J" and (resid 123 through 169 or resid 1001 through 1002))
d_1ens_2(chain "B" and resid 148 through 182)
d_2ens_2chain "E"
d_3ens_2(chain "H" and resid 148 through 182)
d_4ens_2chain "K"
d_1ens_3(chain "C" and resid 129 through 180)
d_2ens_3chain "F"
d_3ens_3(chain "I" and resid 129 through 180)
d_4ens_3(chain "L" and resid 129 through 180)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPPHEA2 - 48
d_12ens_1ZNZNB
d_21ens_1ASPPHEF1 - 47
d_22ens_1ZNZNG
d_31ens_1ASPPHEK3 - 49
d_32ens_1ZNZNL
d_41ens_1ASPPHEP1 - 47
d_42ens_1ZNZNQ
d_11ens_2LYSMETD2 - 36
d_21ens_2LYSMETI1 - 35
d_31ens_2LYSMETN1 - 35
d_41ens_2LYSMETS1 - 35
d_11ens_3ALAILEE1 - 52
d_21ens_3ALAILEJ1 - 52
d_31ens_3ALAILEO2 - 53
d_41ens_3ALAILET3 - 54

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.997803280571, -0.0637806974475, -0.0179063093413), (-0.0633831450009, -0.997747736823, 0.0219551951746), (-0.019266297281, -0.0207720075694, -0.999598586179)-2.49796323191, -73.1132936395, -1.68842349914
2given(-0.995807449046, 0.0868745407859, 0.0286415535097), (0.0864255475656, 0.996120661199, -0.0165605875774), (-0.0299691366608, -0.0140157945249, -0.999452554327)56.9532265313, -0.58716884791, -1.33557015728
3given(-0.999887971639, 0.0029441267102, 0.014675704039), (-0.00293192153936, -0.999995338014, 0.000853104129741), (0.0146781472678, 0.000809980545106, 0.999891942124)53.3391390133, -73.160689244, -0.107329656098
4given(0.997376315468, -0.0708151390887, -0.0150233624326), (-0.0705761280607, -0.997379913814, 0.0158845103299), (-0.0161088637366, -0.0147825436349, -0.999760961887)-2.98509394604, -72.8440297673, -1.50701691521
5given(-0.99827513904, 0.0564635043083, 0.0160816496418), (0.0561277140253, 0.998210687465, -0.0206180296824), (-0.0172170407523, -0.0196798402158, -0.999658080244)55.5445229236, 0.00700685105384, -1.85486622684
6given(-0.999674928482, 0.0247892150272, 0.00596088771851), (-0.0248504217846, -0.999636841691, -0.010423112364), (0.00570034219896, -0.0105678546811, 0.999927910675)54.6596181974, -72.8010002506, -0.559171389967
7given(0.999056279157, -0.0434032233721, -0.00164659563481), (-0.0434153190285, -0.999023415636, -0.0082051864694), (-0.00128885605411, 0.00826893053871, -0.999964981206)-1.54471429187, -73.2024611327, -0.582483457703
8given(-0.997390791238, 0.0658362833743, 0.0296174500046), (0.066451523302, 0.99758332082, 0.0202907139558), (-0.0282100089359, 0.0222058959163, -0.999355338997)56.2020819218, 0.074619428344, 0.166404051483
9given(-0.999995134378, -0.000946910729018, -0.00297230216509), (0.00100429622241, -0.999811976294, -0.0193650057536), (-0.00295340637011, -0.0193678966027, 0.999808062566)53.4244695888, -73.226570754, -0.83995003446

-
要素

#1: タンパク質
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 30 kDa subunit / CPSF 30 kDa subunit / NS1 effector ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 30 kDa subunit / CPSF 30 kDa subunit / NS1 effector domain-binding protein 1 / Neb-1 / No arches homolog


分子量: 7482.701 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF4, CPSF30, NAR, NEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95639
#2: タンパク質
Isoform 4 of Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1 / hFip1 / FIP1-like 1 protein / Factor interacting with PAP / Rearranged in hypereosinophilia


分子量: 7865.756 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FIP1L1, FIP1, RHE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6UN15-4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.626 M (NH4)SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.2809 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.65 Å / Num. obs: 226720 / % possible obs: 92.25 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.53
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 15294 / CC1/2: 0.557

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDS2019-03-15データ削減
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→48.65 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 15.66 / 位相誤差: 29.424
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 3840 5.21 %
Rwork0.2472 69904 -
obs0.2498 73744 91.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4625 0 8 98 4731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00734777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00766429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0537588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0109840
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.90281793
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.16004845049
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.07664242861
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.15628504486
ens_2d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.40040361299
ens_2d_3DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.36937882268
ens_2d_4DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.26301404846
ens_3d_2EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.01475027436
ens_3d_3EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.39582164675
ens_3d_4EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.2806632212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.32091470.32042772X-RAY DIFFRACTION70.21
2.24-2.280.29741610.3083162X-RAY DIFFRACTION77.81
2.28-2.320.32221710.30973263X-RAY DIFFRACTION80.97
2.32-2.370.33231720.30393239X-RAY DIFFRACTION80.67
2.37-2.420.28811720.31393373X-RAY DIFFRACTION83.82
2.42-2.480.33741820.33463398X-RAY DIFFRACTION83.76
2.48-2.540.3521810.33043451X-RAY DIFFRACTION85.63
2.54-2.610.37021810.3283469X-RAY DIFFRACTION85.78
2.61-2.690.33591810.32583483X-RAY DIFFRACTION86.64
2.69-2.770.34431840.31773539X-RAY DIFFRACTION86.87
2.77-2.870.32981890.29623562X-RAY DIFFRACTION88.5
2.87-2.990.27761880.27933530X-RAY DIFFRACTION88.81
2.99-3.120.27741900.26973578X-RAY DIFFRACTION89.54
3.12-3.290.25981980.26553770X-RAY DIFFRACTION92.13
3.29-3.490.281930.26173739X-RAY DIFFRACTION92.64
3.49-3.760.23871960.23093714X-RAY DIFFRACTION92.46
3.76-4.140.26231950.21253771X-RAY DIFFRACTION93.32
4.14-4.740.20092030.19693771X-RAY DIFFRACTION93.34
4.74-5.970.23461990.21073757X-RAY DIFFRACTION93.3
5.97-48.650.2811950.24973725X-RAY DIFFRACTION92.87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.8427481368 Å / Origin y: -36.6836251916 Å / Origin z: -0.459703028978 Å
111213212223313233
T0.383499308591 Å20.00903965134129 Å20.00334945802547 Å2-0.398363707929 Å20.00327701268292 Å2--0.246102567543 Å2
L0.478253828579 °20.152279705398 °2-0.00498572926366 °2-0.585099713692 °20.0129709679903 °2--0.133587138008 °2
S-0.00606189418842 Å °0.0692951317083 Å °0.000533468901828 Å °-0.0408478135915 Å °0.0317103089703 Å °0.0164738466774 Å °0.0261776003822 Å °0.0015723553906 Å °-0.0314070018932 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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