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- PDB-7zyf: Insulin regulated aminopeptidase (IRAP) in complex with a nanomol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zyf
タイトルInsulin regulated aminopeptidase (IRAP) in complex with a nanomolar alpha hydroxy beta amino acid based inhibitor.
要素Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
キーワードHYDROLASE / insulin regulated aminopeptidase / IRAP / hsplap / bestatin analogues / alpla hydroxy beta amino acid based inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cystinyl aminopeptidase / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / negative regulation of cold-induced thermogenesis / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptide binding / cytoplasmic vesicle membrane / early endosome lumen / Endosomal/Vacuolar pathway ...cystinyl aminopeptidase / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / negative regulation of cold-induced thermogenesis / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptide binding / cytoplasmic vesicle membrane / early endosome lumen / Endosomal/Vacuolar pathway / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / protein catabolic process / female pregnancy / regulation of blood pressure / protein polyubiquitination / metallopeptidase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cell-cell signaling / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy ...Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KFR / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Leucyl-cystinyl aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Mpakali, A. / Stratikos, E. / Giastas, P. / Papakyriakou, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)European Union
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Selective Nanomolar Inhibitors for Insulin-Regulated Aminopeptidase Based on alpha-Hydroxy-beta-amino Acid Derivatives of Bestatin.
著者: Vourloumis, D. / Mavridis, I. / Athanasoulis, A. / Temponeras, I. / Koumantou, D. / Giastas, P. / Mpakali, A. / Magrioti, V. / Leib, J. / van Endert, P. / Stratikos, E. / Papakyriakou, A.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
B: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,24137
ポリマ－200,2802
非ポリマー9,96135
水1,874104
1
A: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,63817
ポリマ－100,1401
非ポリマー4,49816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,60420
ポリマ－100,1401
非ポリマー5,46419
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.478, 120.051, 141.246
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.281, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A158 - 221
121(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A227 - 270
131(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A273 - 338
141(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A342 - 389
151(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A392 - 497
161(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A500 - 596
171(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A600 - 637
181(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A649 - 792
191(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A795 - 833
1101(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A836 - 1024
1111(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A1026 - 1027
1121(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A1033 - 1034
1131(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A1044 - 1045
1141(chain 'A' and (resid 158 through 186 or (resid 187...A1048
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211(chain 'B' and (resid 158 or (resid 159 and (name...B158 - 221
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2101(chain 'B' and (resid 158 or (resid 159 and (name...B836 - 1024
2111(chain 'B' and (resid 158 or (resid 159 and (name...B1036 - 1037
2121(chain 'B' and (resid 158 or (resid 159 and (name...B1632 - 1633
2131(chain 'B' and (resid 158 or (resid 159 and (name...B1641 - 1642
2141(chain 'B' and (resid 158 or (resid 159 and (name...B1645 - 1646

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form


分子量: 100139.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A and B chain differ at the end regarding sugars, ZN molecule and Ligand positions
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LNPEP, OTASE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UIQ6

-
糖 , 5種, 20分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 119分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-KFR / methyl (2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,3R)-3-azanyl-2-oxidanyl-4-(4-oxidanylphenoxy)butanoyl]amino]-4-methyl-pentanoyl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)propanoate / (2S-3R)-3-Amino-2-Hydroxybutyryl derivative


分子量: 540.608 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H36N4O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H10O3
#11: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 278.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M MMT (Malic acid, MES, Tris) 25% w/v PEG 1500 20% EG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月11日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→137.5 Å / Num. obs: 58003 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 35.28 Å2 / CC1/2: 0.951 / Rmerge(I) obs: 0.1019 / Net I/σ(I): 6.56
反射 シェル解像度: 2.81→2.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 5657 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 97.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MJ6

5mj6


解像度: 2.81→137.47 Å / SU ML: 0.4661 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.8531
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3143 2881 4.97 %
Rwork0.2713 55089 -
obs0.2734 57970 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→137.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14350 0 57 105 14512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00514821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.898820092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00522445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.67542138
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.81-2.860.38881260.31822541X-RAY DIFFRACTION96.91
2.86-2.910.3911410.31062548X-RAY DIFFRACTION98.82
2.91-2.960.3281620.29132606X-RAY DIFFRACTION99.68
2.96-3.010.36111480.2962619X-RAY DIFFRACTION99.89
3.02-3.080.35761360.28942638X-RAY DIFFRACTION99.89
3.08-3.140.34781310.28522624X-RAY DIFFRACTION99.89
3.14-3.220.34041360.28452624X-RAY DIFFRACTION99.89
3.22-3.30.2891310.29532591X-RAY DIFFRACTION99.49
3.3-3.390.30861340.28772634X-RAY DIFFRACTION99.89
3.39-3.490.29351390.26922631X-RAY DIFFRACTION99.78
3.49-3.60.34041250.26792636X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.730.32191100.25752647X-RAY DIFFRACTION99.93
3.73-3.880.25961270.2542661X-RAY DIFFRACTION99.93
3.88-4.050.29211410.25082625X-RAY DIFFRACTION99.93
4.05-4.270.30131360.23922625X-RAY DIFFRACTION99.89
4.27-4.530.29371370.24142623X-RAY DIFFRACTION99.67
4.53-4.880.28291450.24142635X-RAY DIFFRACTION99.64
4.88-5.380.29371480.25412626X-RAY DIFFRACTION99.93
5.38-6.150.34671390.28352659X-RAY DIFFRACTION99.75
6.15-7.750.3311220.30492649X-RAY DIFFRACTION99.46
7.75-137.470.311670.29122647X-RAY DIFFRACTION98.36
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 54.1781077673 Å / Origin y: -4.21193997869 Å / Origin z: 182.344213252 Å
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S-0.0599213401954 Å °0.0868390169694 Å °0.00972432259693 Å °0.00184720042559 Å °0.0375073897135 Å °-0.0271728108664 Å °-0.0374240198643 Å °-0.286934717407 Å °-0.237626757068 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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