[日本語] English
万見
- PDB-7zy4: Crystal structure of human CstF77 in complex with hFip1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zy4
タイトルCrystal structure of human CstF77 in complex with hFip1
要素
  • Cleavage stimulation factor subunit 3
  • hFip1
キーワードGENE REGULATION / Complex / 3' end processing / CstF / CPSF
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cleavage stimulating factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA 3'-end processing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
mRNA 3'-end-processing protein Rna14-like / Suppressor of forked / Suppressor of forked protein (Suf) / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage stimulation factor subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Muckenfuss, L.M. / Jinek, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Fip1 is a multivalent interaction scaffold for processing factors in human mRNA 3' end biogenesis.
著者: Muckenfuss, L.M. / Migenda Herranz, A.C. / Boneberg, F.M. / Clerici, M. / Jinek, M.
履歴
登録2022年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cleavage stimulation factor subunit 3
B: Cleavage stimulation factor subunit 3
C: hFip1
D: hFip1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,10911
ポリマ－81,4644
非ポリマー6457
水64936
1
A: Cleavage stimulation factor subunit 3
C: hFip1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0085
ポリマ－40,7322
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cleavage stimulation factor subunit 3
D: hFip1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1006
ポリマ－40,7322
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.612, 157.612, 161.005
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and resid 244 through 552)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNASPA1 - 305
d_12ens_1GOLGOLB
d_13ens_1GOLGOLC
d_14ens_1GOLGOLD
d_21ens_1GLNASPE2 - 306
d_22ens_1GOLGOLF
d_23ens_1GOLGOLG
d_24ens_1GOLGOLH

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.982795530837, -0.18213725633, 0.0306425263796), (-0.184341994966, 0.957032937474, -0.223843663037), (0.0114443635997, -0.225641256083, -0.974143239003)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.982795530837, -0.18213725633, 0.0306425263796), (-0.184341994966, 0.957032937474, -0.223843663037), (0.0114443635997, -0.225641256083, -0.974143239003)
ベクター: 12.3436814681, 2.34421588695, 10.4047139735)

-
要素

#1: タンパク質 Cleavage stimulation factor subunit 3 / CF-1 77 kDa subunit / Cleavage stimulation factor 77 kDa subunit / CSTF 77 kDa subunit / CstF-77


分子量: 36598.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSTF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12996
#2: タンパク質・ペプチド hFip1


分子量: 4133.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.4 %
結晶化温度: 278.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bicine pH 9.0, 10% w/v PEG 20k, 2% v/v Dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→56.31 Å / Num. obs: 38981 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 40.5 % / Biso Wilson estimate: 70.93 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 2.55→2.641 Å / 冗長度: 42.3 % / Num. unique obs: 3836 / CC1/2: 0.836 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROC20211020データ削減
autoPROC20211020データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OOE

2ooe


解像度: 2.55→56.31 Å / SU ML: 0.4593 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 23.6984
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 1916 4.9 %
Rwork0.2121 37185 -
obs0.2138 38981 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→56.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5219 0 42 36 5297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01275371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35347219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0548756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01907
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.24362029
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.62018133605 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.610.46881410.49242586X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.680.48431280.43292635X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.760.42211410.34972599X-RAY DIFFRACTION99.96
2.76-2.850.31881270.2862605X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.950.26971500.24612593X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.070.28651420.23922616X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.210.31521270.25222640X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.380.33741410.28692622X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.590.31651280.2492656X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.870.23741370.18632648X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.260.21281380.17862674X-RAY DIFFRACTION100
4.26-4.870.14511310.1582695X-RAY DIFFRACTION100
4.87-6.140.24411430.17842719X-RAY DIFFRACTION99.97
6.14-56.310.20151420.18612897X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.01762852962 Å / Origin y: 45.770957828 Å / Origin z: -0.0107682085167 Å
111213212223313233
T0.51901038976 Å2-0.00803830352213 Å20.00586667437425 Å2-0.515449692414 Å20.0242783429866 Å2--0.542210925187 Å2
L1.54430060743 °20.184101863563 °21.0072648907 °2-0.0937793055355 °20.153895649296 °2--0.894132902935 °2
S0.0299845444123 Å °-0.00190447146756 Å °-0.21232026218 Å °0.00291595302125 Å °0.0683163684649 Å °-0.0356074531667 Å °-0.0590108345139 Å °0.0115894965045 Å °-0.0728221727744 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る