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- PDB-7zxw: Catalytic domain of UDP-Glucose Glycoprotein Glucosyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zxw
タイトルCatalytic domain of UDP-Glucose Glycoprotein Glucosyltransferase from Chaetomium thermophilum in complex with the 5-[(morpholin-4-yl)methyl]quinolin-8-ol inhibitor
要素UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
キーワードTRANSFERASE / glycoprotein / misfolding / endoplasmic reticulum / GT24 / 5-[(morpholin-4-yl)methyl]quinolin-8-ol
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / unfolded protein binding / endoplasmic reticulum lumen / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain ...UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain / Glucosyltransferase 24 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(morpholin-4-ylmethyl)quinolin-8-ol / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.246 Å
データ登録者Le Cornu, J.D. / Ibba, R. / Roversi, P. / Zitzmann, N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust106272/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust204801/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust214090/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Crystal polymorphism in fragment-based lead discovery of ligands of the catalytic domain of UGGT, the glycoprotein folding quality control checkpoint.
著者: Caputo, A.T. / Ibba, R. / Le Cornu, J.D. / Darlot, B. / Hensen, M. / Lipp, C.B. / Marciano, G. / Vasiljevic, S. / Zitzmann, N. / Roversi, P.
履歴
登録2022年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation_author
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,88510
ポリマ－35,0571
非ポリマー1,8289
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13180 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)118.009, 118.009, 68.373
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量: 35056.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0048990 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G0SB58
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 202分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-JM3 / 5-(morpholin-4-ylmethyl)quinolin-8-ol / 5-(モルホリノメチル)キノリン-8-オ-ル


分子量: 244.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 % / 解説: Chunky polyhedra
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20.6% v/v PEG 500 MME; 10.3 % w/v PEG 20000, Tris-Bicine 0.1 M pH 8.5
PH範囲: 8.4-8.6 / Temp details: N2 Cryo-stream

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.246→59.27 Å / Num. obs: 16926 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.16 / Rrim(I) all: 0.226 / Net I/σ(I): 2.4
反射 シェル解像度: 2.246→2.67 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2464 / CC1/2: 0.423 / Rpim(I) all: 0.51 / Rrim(I) all: 1.14 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (3-FEB-2022)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6FSN

6fsn


解像度: 2.246→59.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.302 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.307 / SU Rfree Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.215
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2405 965 -RANDOM
Rwork0.2025 ---
obs0.2048 16926 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7747 Å20 Å20 Å2
2---2.7747 Å20 Å2
3---5.5494 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.246→59.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 114 194 2679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082592HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.953527HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d907SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes459HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2592HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion326SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2393SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.25
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.26 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2933 24 -
Rwork0.3258 --
obs0.3235 353 99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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