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- PDB-7zxg: Pfs48/45 bound to Fab fragment of monoclonal antibody 10D8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zxg
タイトルPfs48/45 bound to Fab fragment of monoclonal antibody 10D8
要素
  • 10D8 heavy chain
  • 10D8 light chain
  • Gametocyte surface protein P45/48
キーワードCELL ADHESION / Pfs48/45 / malaria / transmission-blocking / Plasmodium falciparum / gamete / antibody
機能・相同性6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / side of membrane / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P45/48
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Ko, K.T. / Lennartz, F.L. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R001138/1 英国
Wellcome Trust218482/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust101020/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the malaria vaccine candidate Pfs48/45 and its recognition by transmission blocking antibodies.
著者: Ko, K.T. / Lennartz, F. / Mekhaiel, D. / Guloglu, B. / Marini, A. / Deuker, D.J. / Long, C.A. / Jore, M.M. / Miura, K. / Biswas, S. / Higgins, M.K.
履歴
登録2022年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.22022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gametocyte surface protein P45/48
B: 10D8 heavy chain
C: 10D8 light chain
D: Gametocyte surface protein P45/48
E: 10D8 heavy chain
F: 10D8 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,45813
ポリマ－254,4076
非ポリマー3,0517
水00
1
A: Gametocyte surface protein P45/48
B: 10D8 heavy chain
C: 10D8 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,8197
ポリマ－127,2043
非ポリマー1,6154
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Gametocyte surface protein P45/48
E: 10D8 heavy chain
F: 10D8 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6396
ポリマ－127,2043
非ポリマー1,4353
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.771, 125.803, 216.601
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "B" and (resid 2 through 124 or resid 126...
d_2ens_1(chain "E" and (resid 2 through 124 or resid 126...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 1 through 23 or resid 25...
d_2ens_2(chain "F" and (resid 1 through 23 or resid 25...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALALAB1 - 123
d_12ens_1THRGLYB125 - 136
d_13ens_1SERPROB138 - 151
d_14ens_1PROTHRB153 - 191
d_15ens_1PROTHRB193 - 196
d_16ens_1THRSERB198 - 206
d_17ens_1VALLYSB210 - 212
d_21ens_1VALALAE1 - 123
d_22ens_1THRGLYE125 - 136
d_23ens_1SERPROE140 - 153
d_24ens_1PROTHRE155 - 193
d_25ens_1PROTHRE195 - 198
d_26ens_1THRSERE200 - 208
d_27ens_1VALLYSE212 - 214
d_11ens_2ASPCYSC1 - 23
d_12ens_2SERLYSC25 - 85
d_13ens_2ASPILEC88 - 112
d_14ens_2ARGLEUC114 - 131
d_15ens_2SERTRPC133 - 154
d_16ens_2GLYASNC164 - 216
d_21ens_2ASPCYSF1 - 23
d_22ens_2SERLYSF25 - 85
d_23ens_2ASPILEF88 - 112
d_24ens_2ARGLEUF114 - 131
d_25ens_2SERTRPF133 - 154
d_26ens_2GLYASNF156 - 208

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.533054048146, 0.348372814131, -0.771031623301), (-0.388976393926, 0.910186941943, 0.142327424217), (0.751365920656, 0.224044890793, 0.620687634955)20.9246116747, -61.2762565283, 6.22295079184
2given(0.535035923136, 0.336745213471, -0.774815605262), (-0.37072738495, 0.917691423066, 0.142841373832), (0.759142784331, 0.210820096848, 0.615838550079)20.9405778009, -61.5057290152, 5.85788430636

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Gametocyte surface protein P45/48 / Pfs48/45


分子量: 49180.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PF45/48, PFS45-48, PFS45/48, PF13_0247, PF3D7_1346700
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8I6T1

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抗体 , 2種, 4分子 BECF

#2: 抗体 10D8 heavy chain


分子量: 51485.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 10D8 light chain


分子量: 26537.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 4種, 7分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10 % (w/v) PEG 1000 and 10% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→76.27 Å / Num. obs: 109594 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 171.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 4.2→4.7 Å / Num. unique obs: 31747 / CC1/2: 0.543 / Rpim(I) all: 0.668

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H5N

6h5n


解像度: 4.2→65.36 Å / SU ML: 0.6066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.2274
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2761 1691 10 %
Rwork0.2593 15226 -
obs0.261 16917 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 212.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→65.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12398 0 201 0 12599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002912891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.642217487
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05072001
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00392194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.34194720
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2JX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.14531795754
ens_2d_2KX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.08967608095
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2-4.320.37481390.35241247X-RAY DIFFRACTION99.71
4.32-4.460.3361360.33231228X-RAY DIFFRACTION99.56
4.46-4.620.31651390.30491249X-RAY DIFFRACTION99.86
4.62-4.810.28961400.2931260X-RAY DIFFRACTION99.72
4.81-5.030.28851380.27111242X-RAY DIFFRACTION100
5.03-5.290.25951380.26021243X-RAY DIFFRACTION100
5.29-5.620.3181390.2831253X-RAY DIFFRACTION99.93
5.62-6.060.31581420.28741275X-RAY DIFFRACTION99.93
6.06-6.670.30751410.2791270X-RAY DIFFRACTION99.93
6.67-7.630.30481430.28921284X-RAY DIFFRACTION99.72
7.63-9.60.23951440.23621298X-RAY DIFFRACTION99.93
9.61-65.360.23531520.21051377X-RAY DIFFRACTION99.03
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.27462774155-1.503454990270.3820098386454.730181332080.6682117506663.61370348216-0.0568084677104-0.6416244905270.1659279218960.1898469440110.1925888581920.387003506441-0.4337437609340.0954518075691-0.1590778100361.527879840310.1292390630070.01793555058791.81987673108-0.4498020616231.88700110892-6.27502258296-7.479901911874.2249394867
21.87239203612-1.911189018560.0210737003962.898376989481.808573036553.32785934785-0.428143585353-0.2151545121540.6365632710480.3716296335730.353300458803-0.0577820536732-0.66720157621-0.116532232008-0.04810344867161.601820166960.0177313661724-0.08037026498491.02000773092-0.05149155214491.3679583700511.700776896-34.00780170428.7444851377
31.14909820573-1.0137557829-2.54116719292.536203616423.896592982647.079557290210.09907263749450.0808443846897-0.00264699592083-0.757598810133-0.2010830231250.0344699491891-1.45742972219-0.5746455739510.25157104951.770835098440.132816452284-0.1679320079611.714965739050.005446941357491.673276646194.88796245381-28.900812865312.648168922
42.198488030540.694476648691-0.5302940793732.95380926244-2.391474009971.81603030382-0.208040514587-0.0336602898680.5809723519660.2907922107990.1958972711430.65148784806-0.406414514524-0.585272528653-0.07695342873741.989741552030.3484838625110.07038045821091.7109121023-0.2714788095821.95751541728-39.4551835898-55.990606859446.7076974855
54.72471799943-1.34610177317-2.709224312533.87410465662-0.2094549399476.90812822809-0.953878927141-0.362094995648-1.27486466964-0.05697198035620.137699559164-0.1617823819340.8684998918611.059511695980.7991438415481.54755187422-0.1246048642980.2284979698111.58994778090.09373270066781.76878275203-7.12379902666-92.149344722125.2110385333
64.92214557022-1.52828860198-1.545515198873.022449552710.3776565446962.396343610760.03647854654830.0887107503871-0.862769889613-1.21399916909-0.14813501267-1.542679434080.3933666151680.5179273555670.1139624927281.83677595520.0620300105860.6379552221362.007560838410.02275817856552.423462015913.87995289048-86.986395826811.7285782169
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 45 through 428)AA45 - 4281 - 363
22(chain 'B' and resid 2 through 224)BB2 - 2241 - 218
33(chain 'C' and resid 1 through 217)CC1 - 2171 - 217
44(chain 'D' and resid 45 through 428)DD45 - 4281 - 352
55(chain 'E' and resid 2 through 219)EE2 - 2191 - 215
66(chain 'F' and resid 1 through 217)FF1 - 2171 - 209

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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