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- PDB-7zxf: Pfs48/45 bound to monoclonal antibodies 10D8 and 85RF45.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zxf
タイトルPfs48/45 bound to monoclonal antibodies 10D8 and 85RF45.1
要素
  • 10D8 heavy chain
  • 10D8 light chain
  • 85RF45.1 heavy chain
  • 85RF45.1 light chain
  • Gametocyte surface protein P45/48
キーワードCELL ADHESION / Pfs48/45 / malaria / transmission-blocking / Plasmodium falciparum / gamete / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gametocyte surface protein P45/48
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Ko, K.T. / Lennartz, F.L. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R001138/1 英国
Wellcome Trust218482/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust101020/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the malaria vaccine candidate Pfs48/45 and its recognition by transmission blocking antibodies.
著者: Ko, K.T. / Lennartz, F. / Mekhaiel, D. / Guloglu, B. / Marini, A. / Deuker, D.J. / Long, C.A. / Jore, M.M. / Miura, K. / Biswas, S. / Higgins, M.K.
履歴
登録2022年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gametocyte surface protein P45/48
B: 85RF45.1 heavy chain
C: 85RF45.1 light chain
D: 10D8 heavy chain
E: 10D8 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,0437
ポリマ－202,5455
非ポリマー1,4972
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.880, 156.880, 148.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 BCDE

#2: 抗体 85RF45.1 heavy chain


分子量: 49338.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#3: 抗体 85RF45.1 light chain


分子量: 23638.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#4: 抗体 10D8 heavy chain


分子量: 51485.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#5: 抗体 10D8 light chain


分子量: 26537.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Gametocyte surface protein P45/48 / Pfs48/45


分子量: 51545.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PF45/48, PFS45-48, PFS45/48, PF13_0247, PF3D7_1346700
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8I6T1
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Lithium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.0 and 20 % w/v Polyvinylpyrrolidone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.72→108 Å / Num. obs: 456518 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 26.8 % / Biso Wilson estimate: 189.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 3.72→4.06 Å / Num. unique obs: 56247 / CC1/2: 0.377 / Rpim(I) all: 0.875

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H5N

6h5n


解像度: 3.72→70.16 Å / SU ML: 0.5504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.7104
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2976 869 5.13 %RANDOM
Rwork0.2809 16068 --
obs0.2817 16937 84.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 216.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.72→70.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9284 0 100 0 9384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00289606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.599613061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00471645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.60413486
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.72-3.960.4436650.3899919X-RAY DIFFRACTION30.22
3.96-4.260.38151130.37612487X-RAY DIFFRACTION79.1
4.26-4.690.3211430.31513025X-RAY DIFFRACTION96.56
4.69-5.370.32221630.29943147X-RAY DIFFRACTION100
5.37-6.760.31552130.32283150X-RAY DIFFRACTION99.97
6.76-70.160.26841720.24413340X-RAY DIFFRACTION99.69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.01200235145-1.1758339509-0.3498470177860.6651927230741.004157296275.54582380696-0.4141201760490.3612382622320.2747907983420.491772026372-0.289061437958-0.266612580064-0.510780268947-0.5299551852820.6793705820882.066091036750.1337669173890.02368782070211.47102212475-0.4640957484971.95950896312-5.0553665463929.450962806135.7111288642
21.54640512445-0.9276467102270.7093982968013.000815157610.7699527369161.65476551118-0.147972484464-1.501828281310.3353960705810.5544095203330.558599376807-0.0538069690323-0.519007273820.524647101774-0.4704428316972.528965904150.345460758886-0.3496838822361.72261818514-0.4834324367731.83531453499-0.35086934379342.538754223147.8201401173
34.959029051881.80158753395-0.2391922082340.6157697152880.2444600700841.356193160980.116387818490.4600761484280.2330928508280.156377039389-0.0794542482052-0.421819551581-0.2178877528210.1727854949150.02685041826221.772977588940.319464761794-0.1647970843761.47398910391-0.1513751848252.0079769245727.23230944944.096307677929.93827476635
40.675677699856-1.32044304408-0.5899432074067.88739862244-2.400825902182.62095669524-0.20195124878-0.275393098996-0.1833944982540.014964984501-0.00126631090511-0.7393457179790.643645441893-0.1910560013750.2297435766451.67046057097-0.0535563305125-0.3030449843991.6672012835-0.3827252224871.9230755323714.8930133351-48.272195288616.2136976087
51.36562630509-0.337345698480.1732619674823.21652913105-2.655271136732.200599355-0.0877570492244-0.266666527088-0.510029762604-0.8258311454630.4127641195060.5548052530350.818206113016-1.19401499852-0.3243004311711.79572159784-0.40271063453-0.3637617701982.82818276344-0.3106591872211.57318532377-2.30948864869-52.17738699711.3480571072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ D|1-220 }D1 - 220
2X-RAY DIFFRACTION2{ E|1-217 }E1 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|43-428 }A43 - 428
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|2-218 }B2 - 218
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|1-216 }C1 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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