[日本語] English
万見
- PDB-7zwm: Pfs48/45 central and C-terminal domains bound to Fab fragments of... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zwm
タイトルPfs48/45 central and C-terminal domains bound to Fab fragments of monoclonal antibody 10D8 and 32F3
要素
  • 10D8 heavy chain
  • 10D8 light chain
  • 32F3 heavy chain
  • 32F3 light chain
  • Gametocyte surface protein P45/48
キーワードCELL ADHESION / Pfs48/45 / malaria / transmission-blocking / Plasmodium falciparum / gamete / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gametocyte surface protein P45/48
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Ko, K.T. / Lennartz, F.L. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R001138/1 英国
Wellcome Trust218482/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust101020/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the malaria vaccine candidate Pfs48/45 and its recognition by transmission blocking antibodies.
著者: Ko, K.T. / Lennartz, F. / Mekhaiel, D. / Guloglu, B. / Marini, A. / Deuker, D.J. / Long, C.A. / Jore, M.M. / Miura, K. / Biswas, S. / Higgins, M.K.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gametocyte surface protein P45/48
B: 32F3 heavy chain
C: 32F3 light chain
D: 10D8 heavy chain
E: 10D8 light chain
F: Gametocyte surface protein P45/48
G: 32F3 heavy chain
H: 32F3 light chain
I: 10D8 heavy chain
J: 10D8 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)400,98015
ポリマ－398,99710
非ポリマー1,9835
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.583, 158.451, 186.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "D" and (resid 2 or resid 4 through 88...
d_2ens_1(chain "I" and (resid 2 or resid 4 through 88...
d_1ens_2(chain "E" and (resid 2 through 30 or resid 32...
d_2ens_2(chain "J" and (resid 2 through 30 or resid 32...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALVALH1
d_12ens_1LEUSERH3 - 87
d_13ens_1ASPALAH89 - 123
d_14ens_1THRSERH125 - 159
d_15ens_1SERGLNH161 - 172
d_16ens_1LEUTHRH175 - 205
d_17ens_1VALPROH207 - 213
d_21ens_1VALVALH1
d_22ens_1LEUSERH3 - 87
d_23ens_1ASPALAH89 - 123
d_24ens_1THRPROH125 - 135
d_25ens_1METSERH138 - 161
d_26ens_1SERGLNH163 - 174
d_27ens_1LEUTHRH177 - 207
d_28ens_1VALPROH209 - 215
d_11ens_2ILEPHEI2 - 30
d_12ens_2SERTHRI32 - 108
d_13ens_2LEULEUI110
d_14ens_2ILEILEI112
d_15ens_2ARGPROI114 - 147
d_16ens_2ASPARGI149 - 161
d_17ens_2ASNSERI163 - 174
d_18ens_2ASPHISI176 - 204
d_19ens_2THRARGI206 - 217
d_21ens_2ILEPHEJ1 - 29
d_22ens_2SERTHRJ31 - 107
d_23ens_2LEULEUJ109
d_24ens_2ILEILEJ111
d_25ens_2ARGPROJ113 - 146
d_26ens_2ASPARGJ148 - 160
d_27ens_2ASNSERJ162 - 173
d_28ens_2ASPHISJ175 - 203
d_29ens_2THRARGJ205 - 216

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99170684398, 0.0399090139083, 0.122167124104), (0.0863966694305, 0.910751750739, 0.403815383607), (-0.0951480483994, 0.411021312264, -0.906646750257)-64.29399236, 4.71393512275, -2.52143646167
2given(-0.979840701231, 0.113290570507, 0.164552261748), (0.172756268932, 0.894156453695, 0.413085351787), (-0.10033679164, 0.433185275547, -0.895702542864)-67.2630055362, 7.91098870871, -2.76304161899

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AF

#1: タンパク質 Gametocyte surface protein P45/48 / Pfs48/45


分子量: 49180.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PF45/48, PFS45-48, PFS45/48, PF13_0247, PF3D7_1346700
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8I6T1

-
抗体 , 4種, 8分子 BGCHDIEJ

#2: 抗体 32F3 heavy chain


分子量: 49105.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 32F3 light chain


分子量: 23189.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 10D8 heavy chain


分子量: 51485.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#5: 抗体 10D8 light chain


分子量: 26537.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 3種, 5分子

#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 % (w/v) PEG monomethyl ether 5000, 0.1M 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid pH 6.5 and 12% (v/v) 1-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.69→108.58 Å / Num. obs: 230227 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 138.73 Å2 / CC1/2: 0.971 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3.69→3.75 Å / Num. unique obs: 11072 / CC1/2: 0.438 / Rpim(I) all: 0.338

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H5N

6h5n


解像度: 3.69→93.79 Å / SU ML: 0.5723 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 30.4429
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 1806 5.12 %
Rwork0.2552 33480 -
obs0.2565 35286 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 161.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.69→93.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16839 0 130 0 16969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003617374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67223629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04412697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00442980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7156282
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.6563238316
ens_2d_2IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.85773726862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.69-3.790.36511240.36692534X-RAY DIFFRACTION98.7
3.79-3.90.37751080.34322561X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.030.3591290.3172558X-RAY DIFFRACTION100
4.03-4.170.37531420.2872530X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.340.30911300.24972555X-RAY DIFFRACTION99.96
4.34-4.530.27841160.23922581X-RAY DIFFRACTION100
4.53-4.770.25291430.24832539X-RAY DIFFRACTION100
4.77-5.070.28141460.24052547X-RAY DIFFRACTION100
5.07-5.460.26951490.23492573X-RAY DIFFRACTION100
5.46-6.010.31331450.26272570X-RAY DIFFRACTION100
6.01-6.880.31471620.27422580X-RAY DIFFRACTION100
6.88-8.670.27831270.24482643X-RAY DIFFRACTION100
8.67-93.790.2331850.23092709X-RAY DIFFRACTION99.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97537836588-1.54171718522-0.0003511963013193.24122126324-1.1051733673-0.4796864534410.1011884807110.07943930051840.575078803053-0.6328800061430.06806361694130.3944691259120.428158386764-0.189455153205-0.05228809444771.466069030480.0692567365556-0.234816578911.343695006890.1846981223391.23034805707-21.656214609730.4210917590.0583832730754
20.772483459536-0.243610286261-0.7811082036443.309879039790.102073191697-0.14207736588-0.27141932881-0.264861102692-0.05655253343990.789885532946-0.0933474777-0.4589058726970.03765063505470.07497261789770.3559837644051.253106307240.0551820897559-0.1291953310911.480371178760.4550568544061.45243564793-2.7088650994-19.844722493418.236233276
30.9249569068040.0888355477003-1.198668961244.38798889172-0.8338105923930.584811651204-0.247613740104-0.405286171831-0.570506650660.8491387686780.07744585074561.056216284520.04733800361640.1837201877770.3616225609931.295863134620.05965583581020.09175776830381.464176984470.4763645374391.49494651905-20.1042894378-19.458633326425.1961107998
42.54114277927-0.1388259917220.1535705097632.06227681466-2.380460073114.582584735150.4303687224140.259952720554-0.0673821221019-0.7172556939940.1060251594680.08560574399381.268994123891.45472207556-0.04295553135321.344729968750.250373749096-0.3213465261311.24445421845-0.3018086734171.47845153274-17.519933886354.9928552441-40.3829444161
51.212506692770.0367234438105-0.04668002078690.876636260066-3.771313484735.522291997630.6282329316180.258258410745-0.2137041513920.01162979122830.3487275451850.727600976544-0.322789406919-0.0737371234171-0.2038167440181.209054269240.0882962854486-0.3009306245171.22942666622-0.1339069406391.67026996734-27.363347817370.0896884377-43.2247710782
62.399342664332.392402471352.201069006153.26150306391.8327172584-1.36045830486-0.2068200574230.05917078595670.5277913872510.6136304432710.08199262389190.8141017451140.2164680627150.0963138119368-0.2810778052861.3847341991-0.1373122179490.1746734652931.138621489210.2366814688151.090647088-42.541338589127.959264432514.2118702612
71.62753413369-0.225335868878-2.440553088014.297602635982.077990177050.682168405554-0.280111276529-0.1179202919850.129724938478-0.01525510593640.1528743805861.087028428050.234245922470.05580887682190.04726300061141.17892183016-0.138238686161-0.386371815841.622063332210.2655570440671.31723818415-52.9334407319-15.0507163269-15.7361849975
8-0.623805953719-2.2462388268-2.825388177843.704977960992.509451131460.718294130611-0.268522025807-0.1529152021150.225547171813-0.5811958657650.5517807718460.28056381420.04189648038730.299815430542-0.06593885484351.39026109339-0.187000992616-0.4515035913581.729564179010.1188371494251.3474893384-34.6617107083-12.6280296511-18.5819863453
91.93410156-0.442396942542-2.234006406933.06866167072-2.060482284064.56893876551-0.307592628172-0.2690050452270.836405928370.440346206190.7262128203560.5009500096130.0768791860614-0.445412463149-0.357160321021.46663262068-0.2181670057610.08778024445141.39546550429-0.5242575003531.86097442885-49.694745458837.092859732158.6890661795
102.115814924141.248134257410.916542893660.8243795765082.719136544232.820121729990.0172045355911-0.8515129398751.319410587171.28885697320.0332799558517-0.7890755206920.171246472730.421931917805-0.1317883896532.464862369570.03841861474940.2206274500921.10323553735-0.9652045238511.66681682604-39.62985621148.05463473569.1286861343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|182-428 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1-220 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1-211 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|2-222 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|1-217 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|183-428 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|1-221 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|1-211 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|2-222 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|2-217 }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る