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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zwl | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human STING in complex with 3',3'-c-di-(2'F,2'd![]()
![]() ANTIVIRAL PROTEIN / sting / antiviral / activator | 機能・相同性 | ![]() SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / septin ring ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / septin ring / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / SUMOylation of SUMOylation proteins / cyclic-di-GMP binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / reticulophagy / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / protein sumoylation / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / condensed nuclear chromosome / PML body / protein tag activity / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 生物種 | ![]() ![]() ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Klima, M. / Smola, M. / Boura, E. | 資金援助 | 1件 |
![]() ![]() タイトル: Crystal structure of human STING in complex with 3',3'-c-di-(2'F,2'd 著者: Klima, M. / Smola, M. / Boura, E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 908.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 913.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ksyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23189.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 11204.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-K43 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Lithium acetate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→15.96 Å / Num. obs: 35943 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 22.7 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2265 / Rpim(I) all: 0.04809 / Rrim(I) all: 0.2316 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 22.9 % / Rmerge(I) obs: 3.083 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 3515 / CC1/2: 0.438 / CC star: 0.781 / Rpim(I) all: 0.653 / Rrim(I) all: 3.152 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ksy 解像度: 2→15.96 Å / SU ML: 0.2546 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4384 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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